武德三年十二月，就在李世民與王世充大戰於東都時，李子通也渡長江南下，大舉進攻沈法興，占領京口（今江蘇鎮江市）。沈法興命仆射蔣元超在庱亭（今江蘇常州市西北）阻擊李子通，結果戰敗陣亡。沈法興遂放棄毗陵，亡奔吳郡（今江蘇蘇州市）。此後，丹陽、毗陵等郡全部被李子通占據。
其時杜伏威已被唐朝封為東南道行台尚書令、上柱國、吳王，並賜姓李，寵遇甚隆，自然負有平定一方之責。為了遏製李子通的擴張勢頭，杜伏威命行台左仆射輔公祏、大將闞稜、王雄誕率數千精銳渡過長江，攻克了丹陽，並在溧（lì）水（今江蘇溧水縣）與李子通展開會戰。唐軍起先取得了優勢，在追擊時卻遭到李子通反撲，結果失利。當天夜裏，勇將王雄誕率數百名親兵襲擊吳軍大營，大破李子通，俘虜數千人；李子通狼狽逃回江都。
不久，李子通糧草告罄，隻好放棄江都，退守京口。於是和州以西全部被杜伏威占據。杜伏威將總部遷至丹陽，步步進逼李子通。李子通再次放棄京口，轉而攻擊退守吳郡的沈法興，並將其徹底擊潰。沈法興僅帶著數百人逃亡，最後身陷絕境，投江而死。
消滅沈法興後，吳帝李子通聲勢複振，於是遷都餘杭（今浙江杭州市），將沈法興原有地盤全部吞並，其勢力範圍北至太湖、南到仙霞嶺、東至會稽（今浙江紹興市）、西到宣城（今安徽宣州市），成為與梁帝蕭銑、楚帝林士弘鼎足而立的南方三大割據政權之一。
武德四年十一月初，亦即李孝恭和李靖掃平蕭梁的半個月後，杜伏威派遣麾下猛將王雄誕率部進攻餘杭，李子通親率精銳駐防獨鬆嶺（今浙江安吉縣南）。王雄誕命部下在獨鬆嶺上遍插唐軍軍旗，並在夜晚燃起大量火把綁在樹上；於是不管白天黑夜，隻要李子通從營寨中向外望，似乎漫山遍野都是唐軍。李子通大為恐懼，遂焚燒大營，退守餘杭。王雄誕揮師追擊，在餘杭城下大敗李子通。
十一月七日，走投無路的李子通不得不向唐軍投降。隨後，王雄誕又接連逼降當地的變民首領汪華、聞人遂安等人，於是徹底平定江表。王雄誕因功被李唐朝廷擢為歙（shè）州（今安徽歙縣）總管，封宜春郡公。
至此，帝國的南方隻剩下據守餘幹（今江西餘幹縣）及附近幾個州縣（約今江西省大部）的楚帝林士弘了。
在所向披靡的唐軍麵前，這最後一個割據政權還能苟活多久？
答案可想而知。
武德五年（公元622年）十月，林士弘命其弟林藥師進攻循州（今廣東惠州市），結果戰敗身亡。隨後林士弘的大將王戎又以南昌州（今江西永修縣）降唐。林士弘在四麵唐軍的強大壓力下放棄餘幹，帶著殘部逃到安成（今江西安福縣）的一個山洞裏，最後又被唐軍擊敗。林士弘憂懼而亡，其部眾作鳥獸散。
至此，林士弘的割據政權前後曆六年而亡，帝國南部的半壁江山宣告平定。
掌握時代的話語權
自從武德四年五月平定竇建德與王世充後，李世民就成了大唐王朝獨一無二的中流砥柱。
光是如何對他進行封賞，天子李淵就大傷了一番腦筋。
朝廷現有的職位顯然都與李世民的蓋世功勞不相匹配。為此李淵絞盡腦汁地想了兩個多月，終於在武德四年十月挖空心思地創造出了一個前無古人的官銜——天策上將，將它隆重授予了李世民。
這個官銜位在所有王公之上，極盡尊寵。此外李世民還兼任司徒、陝東道行台尚書令，並且增加食邑二萬戶，與前共計三萬戶；同時李淵還特許他開設天策府，給予他任命各級官屬之權。
至此，李世民可謂威震朝野、勢傾天下，成為大唐帝國除了天子李淵和太子李建成之外的第三號人物。
然而，李世民絕不滿足於當這個“二人之下、萬人之上”的第三號人物。
因為他的心中裝著一個東西——天下。
他現在所取得的一切都是通往這個終極目標的一道橋梁。
如何取得天下？
吸納人才。
這個世界上所有的競爭歸根結底都是人才的競爭。
李世民深諳此道。
通過幾年來的南征北戰，天下的英雄豪傑已悉數入其彀中，包括享有時譽的眾多文人學士也陸續歸附了李世民。此刻的秦王麾下可謂精英薈萃、人才濟濟。李世民知道，如今雖然海內大抵平定，金戈鐵馬的征戰生涯也已告一段落，但是等待他的將是另一種更為殘酷的戰爭。
那就是，秦王集團與東宮集團之間的政治博弈。