按照教育部的原則，教育複員開始時，西北師院未被列入複員名單，這很快引起全校師生的不滿，從而掀起群眾性的複校運動。此後，在“北師大校友總會”、“北平師大複校運動聯合會”公推代表多次交涉、幾經申訴，加之各方麵的支持、呼籲，教育部終於同意在北平複校，校名定為北平師範學院，並任命袁敦禮為院長。同時，西北師範學院仍設蘭州，該院一部分教職員和300多名學生即轉赴北平，大多數仍留在蘭州，複校運動結束。之後，北平師範大學恢複原名，西北師範學院建製保留，兩校並存。這一決定對促進蘭州及甘肅高等教育和中等教育的發展與提高，都有深遠影響和重要意義。到1949年，西北師範學院已成為西北地區曆史悠久、規模較大、係科設置齊全的一所高等師範院校。當時，全院有本科學生700多人，教師近百人，其中教授23人。從1942年在蘭州建校招生到1949年，共畢業本科生793人，專科生498人，研究生29人，為甘肅和西北輸送了一批高級專門人才，其中主要是中等學校師資。西北師院已經是一所“桃李滿天下”的知名高等院校。
受複員影響的另一所學校是國立西北醫學專科學校。1944年，教育部令設在陝西南鄭的國立西北醫學院遷往蘭州，並將蘭州的國立西北醫專並入辦理。令頒不久，西北醫專即行並入，成為西北醫學院的一部分，隨後抗戰勝利，複員開始，而西北醫學院遷蘭卻未能實現。
總體來看，抗戰勝利後的教育複員對蘭州高等教育的影響並不大，主要損失在於由內地來西北師院的教授、教師返回原地。而戰時形成的蘭州高等教育規模、結構基本得到保持並有所擴充。
在教育複員的同時，蘭州高等教育在隨後的調整中又得到一定充實與發展，主要表現在設立國立蘭州大學、獨立設置國立獸醫學院和調整充實西北技藝專科學校等方麵。國立蘭州大學的設立。創建國立蘭州大學是甘肅各界的共同願望，申請多次，企盼已久，抗戰勝利前已基本定案，在其後的教育調整中即將順勢實現。1946年3月，國民政府決定設立國立蘭州大學，並任命著名生物學家、教育家辛樹幟為校長，來蘭州籌建。在甘肅省政府、省參議會和社會各界的支持下，籌備進展較為順利。依照教育部的意圖和《大學法》的規定，經辛樹幟與甘肅省、蘭州市有關方麵會商，於當年6月向教育部呈送了辦理蘭州大學的《計劃大綱》，初步擬定了蘭州大學的院係組成與規模。據此大綱，國立蘭州大學由四部分組成：一是以原甘肅學院為基礎的法學院；二是調整組建的文理學院；三是以原國立西北醫學院蘭州分院為基礎的醫學院；四是特設的獸醫學院。同年7月，教育部即修訂批準了《計劃大綱》，劃撥開辦經費10億元，並確定了每年的經常費數額和教職員編製等。1946年8月，國立蘭州大學正式成立。
由於蘭州僻處西北，交通不便，延聘教授、購置設備等各項事宜都相當困難，所以國立蘭州大學是在極其艱難的環境中創建和發展的。確定校址、購辦設備、延聘教授即是建校之初必須解決的三大問題。對此，辛樹幟等全力以赴，上下溝通，四處奔走，得到了相當程度的解決。在校址選擇方麵，蘭州大學剛剛成立，省府、省參議會即作出決定，劃撥蘭州翠英門內全區為蘭大校址。當時該區內除國立甘肅學院外，還有省參議會、工業試驗所等8個單位，搬遷相當費事。由於有省府的支持，教育廳長出麵商定，又有省參議會帶頭遷出，蘭大擴展校址得以解決。後經“辟築改建”，即成為蘭州大學文理學院、法學院及附屬中學的校舍；醫學院仍在原西北醫專上西園舊址；獸醫學院屬過渡性質，待獨立設置後即另辟新址。1947年後，蘭州大學在翠英門增建校舍，被命名為“天山”、“祁連”、“昆侖”、“中山”堂的幾座建築先後竣工。兩三年之內已形成一座規模宏偉，頗具西北特色的高等學府。
設備購置，同樣凝聚著主持者和主辦者的心血。據資料記載，為使蘭大真正成為西北邊疆文化之重心，籌備之始，即先盡量充實圖書設備儀器。為搶在外彙、圖書提價之前少花錢多購物，采取呈請預支開辦費的辦法，派人去南京、上海搶購搶運，輾轉運抵蘭州，當年即有大批圖書上架，儀器裝妥，用於提供教學試驗。醫學院所需儀器、藥品種類繁多，購辦運輸困難更大，雖經數月之購置經營，到第二學年開始時，尚未達到預期願望。學校特從教育部劃撥的購置費中抽出三分之二，專為進口醫學臨診前期儀器設備之需；再加上美國醫藥助華會的援助，才達到基本所需，在教學上當不至於遇到大的困難。
至於延聘教授，由於西北地理環境、交通梗阻、物質條件差及待遇菲薄等因素，致使教員延聘遇到諸多困難。這種情況下，校長辛樹幟禮賢下士，多方邀約，先後聘請了史學大師顧頡剛、古文獻學家張舜徽等一批教授來蘭大任教。有的教授雖已聘定，但由於交通阻斷而未能到校。尤其是新組建的文理學院，設有八九個係，急需充實師資，經一年多的努力，各係的教師陣容已初具規模，而且一批知名學者領導係務，主講教壇，從而提高了蘭州大學的地位與聲望，受到報考學子的好評。