一是自動化分揀係統的一次性投資很大。自動分揀係統本身需要建設短則40～50米、長則150～200米的機械傳輸線，還有配套的機電一體化控製係統、計算機網絡及通信係統等。這一係統不僅占地麵積大，動輒2萬平方米以上，而且一般自動分揀係統都建在自動主體倉庫中，這樣就要建3～4層樓高的立體倉庫，庫內還需要配備各種自動化的搬運設施，這絲毫不亞於建立一個現代化工廠所需要的硬件投資。這種巨額的先期投入要花10～20年才能收回，還要求有可靠的貨源作保證，所以這種係統大多由大型生產企業或大型專業物流公司投資，小企業是無力進行此項工程的。
二是對商品外包裝要求高。自動分揀機隻適於分揀底部平坦且具有剛性的包裝規則的商品。袋裝商品，包裝底部柔軟且凹凸不平，包裝容易變形、易破損、超長、超薄、超重、超高、不能傾覆的商品都不能使用普通的自動分揀機進行分揀。因此為了使大部分商品都能用機械進行自動分揀，必須采取兩條措施：一是推行標準化包裝，使大部分商品的包裝符合國家標準；二是根據所分揀的大部分商品的統一的包裝特性定製特定的分揀機，但是要讓所有商品的供應商都執行國家的包裝標準是很困難的，而且定製特定的分揀機又會使硬件成本上升，越是特別的其通用性就越差。所以公司一定要根據經營商品的包裝情況來確定是否建或建什麼樣的自動分揀係統。
自動分揀係統至少包括5個關鍵要素：
①多個轉向點和多個分揀裝置的動力輸送線用以輸送貨物，並將貨物從主輸送線分揀到對應支線的指定位置；②包裝上的分揀標識或信息，如條形碼等；③分揀信息辨識、讀取裝置，如條形碼掃描儀等；④控製係統，在小規模係統中可使用可編程序控製器（PLC），在大型係統中，接收主控計算機指令，並用來控製相應的分揀裝置；⑤數據信息，給計算機提供分揀控製決策信息。
在配送作業的各環節中，分揀作業是非常重要的一環，是整個配送作業係統的核心。
在配送搬運成本中，分揀作業的成本約占90%，分揀時間約占整個配送中心作業時間的30%～40%。因此，合理規劃、設計分揀係統，對提高配送中心以至整個物流倉儲係統的作業效率和質量、提高運行速度、擴大係統運行能力、降低係統硬件及運作成本具有決定性的影響。日本一位物流專家認為，在用戶需求表現為多品種、小批量的時代，物流技術的三大關鍵自動化係統是自動分揀機、自動化倉庫和AGV。自動化倉庫（AS/RS）是基本成熟的產品，AGV是發展中的產品，自動分揀機是接近於成熟的產品。這是國外物流專家對於自動分揀係統在物流技術中的地位和現狀的一個較好的概括。
5.3.2 自動分揀係統的分類
自動化分揀係統主要分為堆塊式分揀係統、交叉帶式分揀係統、斜導輪式分揀機、軌道台車式分揀機、搖臂式分揀機、垂直式揀選係統等。各種自動分揀係統的差別僅在於所用的分類裝置可針對不同種類的貨物酌情選用。
堆塊式分揀係統是一種特殊的板式輸送機，其板麵由金屬板或管子組成，鏈板上裝有獨特形狀的滑塊在鏈板間左右滑動進行商品分揀和推塊。當分揀貨物到達指定道口時，控製器發出指令使導向滑塊順序地向道口方向滑動，把貨物推入指定的分岔道口。
由於導向滑塊可以朝兩側滑動，所以可在輸送機兩側設置分揀道口，以節約場地。它的特點是：可適應不同大小、重量、形狀的各類商品；分揀時輕柔、準確，適宜多種形狀、體積和質量在1～90千克的貨物；可向左、右兩側分揀，占地空間小；分揀時所需商品間隙小，分揀能力高達18000個/小時；機身長，最長達110米，出口多。堆塊式分揀係統的分揀準確率為99.9%，是當代最新型的高速分揀裝置。
交叉帶式分揀係統由主驅動帶式輸送機和載有小型帶式輸送機的台車（簡稱“小車”）聯接在一起，當“小車”移動到所規定的分揀位置時，轉動皮帶完成把商品分揀送出的任務。因為主驅動帶式輸送機與“小車”上的帶式輸送機呈交叉狀，故稱交叉帶式分揀機。它具有分揀出口多、可左右兩側分揀等特點，適宜於分揀各類小件商品，如食品、化妝品、衣物等。大型交叉帶式分揀係統一般應用於機場行李分揀和安檢係統。分揀能力一般達6000～7700個/小時。
斜導輪式分揀機的主要工作原理是：由轉動著的斜導輪在平行排列的主窄幅皮帶間隙中浮上、下降，達到商品的分揀目的。它的主要優點是對商品衝擊力小，分揀輕柔；分揀快速準確；適應各類商品，隻要是硬紙箱、塑料箱等平底麵商品都適用；分揀出口數量多。