首先根據企業內部的崗位，把員工分類，按照不同崗位的特點來決定員工保密協議的形式、保密對象的範圍及相應違約責任等。
科技企業一般包括以下崗位：高級研究開發人員、高級經營管理人員，一般技術人員及技術工人，市場計劃及銷售人員，財務會計人員，秘書人員，一般行政內勤人員、保安人員等。對於像一般行政內勤人員、保安人員這樣不直接接觸本企業核心秘密的員工，其保密義務相對其他人員來說並不特定且內容較簡單，類似於第三人負有的不得侵犯企業商業秘密的義務。因此，這類人員未必一定要簽訂專門的保密協議，可以考慮在其的勞動合同加入相應的保密義務條款。而其他類人員依據其工作性質，在其工作範圍內均有可能接觸到企業的商業秘密，包括技術信息和經營信息，特別是高級研發技術人員和高級經營管理人員，通常掌握著企業最核心的商業秘密。對這些人員則應該簽訂專門的保密協議，而且依據其接觸商業秘密的程度和範圍，協議內容應盡可能地細化。
一、保密協議主要條款
通常保密協議應包括以下條款：
1.三人合同義務條款。（此條款主要針對新聘用員工）
企業在聘用新員工時應調查其在進入本企業前是否承擔了對原企業的保密義務及競業禁止義務。如未承擔此類義務，應在合同中明確聲明或保證，如“乙方保證在甲方工作期間使用任何知識均與前受聘單位無關，乙方承擔甲方交付的任何工作或任務，均不會侵犯前受聘單位的商業秘密”。如承擔了對前單位的保密義務，則應保證在本企業工作期間不利用前單位的保密信息為本企業服務。
2.明示條款。
此條款主要是把法定的、默示的保密義務明示為合同義務。員工應保證對在本企業工作期間知悉的本企業的商業秘密承擔無條件的保密義務。
3.商業秘密範圍條款。
首先，按照技術信息和經營信息的劃分，列舉所有屬於本企業商業秘密的內容。其次，對該員工所在崗位涉及的技術信息或經營信息作進一步的詳細規定。
4.義務的具體描述。
如：對上述所列商業秘密，不得直接或間接向企業內部無關人員泄露；不得複製、披露包含企業商業秘密的文件及文件副本等。
5.領域的排除。
此款主要是給員工以對某些保密信息的秘密性提出不同看法的機會。“如果能證明有關信息沒有秘密性，那麼該職工可以解除對該信息的保密義務”。
6.職務成果條款。
對包括員工在職期間的產生成果應及時報告。對職務成果的實施、轉讓、歸屬等明確約定，對於非職務成果應由企業確認。並規定對職務成果的獎勵和報酬的額度或比例。
7.離職後保密信息載體的交還。
8.關於補償。
明確由於企業已經支付員工工資、獎金等勞動報酬，上述保密義務作為員工的忠誠義務的重要體現，不以任何額外報酬支付為代價。可以考慮將員工現有工資中的一部分的名目列為“保密津貼”等。並約定員工離職後承擔的商業秘密保護義務，不以得到任何額外補償為條件。