學校大力推行管理體製改革，繼續深化於2000年在蘇州市普教係統首創的“首席教師製”及其配套的“職級工資製”，從而極大調動了教師的工作熱情。為推進教育教學改革，學校先後製定了《專任教師考核條例》等一係列職責考核條例，從而完善了各項考核製度，形成了較為可行的各類評價體係。
學校提出了“一手抓教學質量生命線，一手抓特色教育風景線”的口號，專設奧賽中心，實行主教練負責製，各級各類學科競賽成績卓著，近三年有146人次獲省級競賽獎項，91人次獲全國級競賽獎項，5人進入國家冬令營。數學奧賽更是異軍突起，名列江蘇省前茅，學校也因此被授予“省數學奧林匹克培訓基地”稱號。
學校不斷進行教學改革，努力創設民主、平等、和諧的教學環境，在教學方式上倡導互動性教學，在學習方式上倡導反思性學習，在蘇州市中學係統首創分層次跑班教學。在教學管理上積極實施“調研製”，在考試管理上實施授課、命題、閱卷“三權製”，有力強化了教風建設和學風建設。積極推進信息技術與學科課程的整合，探索網絡環境下教學改革，取得了較豐富的成果和經驗，2位青年教師榮獲全國信息技術與課程整合競賽一等獎，1位獲二等獎。
學校大力倡導“務實科研”，努力貫徹“以研導行”策略，開發有《新大綱·新高考探秘》等三種係列校本課程，大型課改教材《新課程係列教材》已逐步啟動，其中《體育與健康·球類部分》、《體育與健康·休閑運動》已正式出版使用。
學校努力建設數字化校園，學校網站被評為蘇州市十大優秀校園網站，各教研組網頁和教師、學生個人主頁不斷湧現，質量日趨提高。
學校在實施“青藍工程”，加大青年教師培養力度的同時，加快築巢引鳳的步伐，積極引進省內外名師，近年先後有多名省內外名師加盟，從而增強了師資隊伍的實力和活力。
一係列的改革舉措，使木瀆中學這所傳統名校再度煥發青春，充滿朝氣與活力。
2002年，吳中區區委、區政府和區教育行政部門高瞻遠矚，運籌大略，從未來戰略高度出發，下決心將江蘇省木瀆高級中學易地新建，2004年6月正式破土動工。這是木瀆中學發展史上的一個裏程碑，木瀆中學從此進入一個新天地。
江蘇省木瀆高級中學新校區位於蘇州市木瀆鎮著名天平山、靈岩山風景區三級保護區內，規劃用地500餘畝，規劃總建築麵積9萬平方米，總投資2億多元，規劃招收30軌90班，3600名在校生。
木瀆中學新校由蘇州市建築設計院規劃設計，新木瀆中學將打造成省內一流、國內知名、國際標準的開放型校園、生態化校園、網絡化校園。2005年春季，吳中大地即呈現出一所既有江南園林風格、又有濃鬱現代氣息的，規模宏偉、設施一流的新學校。
同時，學校將依托特定的地域特點和人文環境，以“公平競爭，先憂後樂”作為學校的文化內涵，以訓誡學子既要通過“公平競爭”來實現自我價值，又要培養自己責無旁貸的社會責任感。
隨著外部環境的改善，木中人將進一步追求高品位、精致化的管理，在保持學校原有特色的基礎上進一步深化和提升其文化內涵。規劃要點為：有機整合學校現有的各種優勢資源，努力開發各種潛在資源，加強國際對話與融通；既要提高學生的科學素質，又要提升學生的人文素質，實現科學教育與人文教育的無縫對接，著力打造高品位的學校文化；根據發展性原則，詳細科學地規劃學校的發展，從實際出發，奉行“做精做強不盲目做大”的原則，在就讀學生數量有序增長的前提下著力推進小班化教學，以實現可持續發展；進一步了解世界教育前沿性理論，結合實際，集思廣益，總結出先進的、能科學地指導教育實踐的辦學理念，並明確實施；進一步開發優質的課程體係，在不違背國家課程體係的前提下，開發富有本校和時代特色，更適合於張揚學生個性、開發學生潛力、順應學生認知發展的校本課程體係；進一步加強師資隊伍建設，加快建立教師專業發展的平台，促使教師在業務能力和專業學力上不斷提升。