隨著工業化和城市化的不斷推進，農業的現代化、農村勞動力的轉移，以及農村土地征用等將農村土地製度推上風口浪尖，農村土地製度存在的問題受到越來越多的關注，土地製度改革的呼聲也越來越高。
（一）現行農村土地製度存在的問題
1.農地流轉損害了農民利益
錢忠好等的調查數據顯示，盡管現行的土地征用製度曾對中國社會和經濟發展起到了一定的積極作用，但是，這一製度安排在相當大的程度上侵害了農民的土地權益，並引發農民的不滿。楊宏力等指出，我國的農地非農化過程過多地運用了行政手段，無論公益性目的還是非公益性目的，在征用中對失地農民實行的補償政策不足夠彌補其經濟損失，造成較大的效率損失。高進雲等指出，農地流轉後農民家庭經濟狀況和社會保障方麵較差的狀況非但沒有得到改善，反而進一步惡化了，農地城市流轉對絕大多數被征地農戶的福利狀況產生了很大的影響，農戶福利格局發生變化。其中，農地城市流轉後家庭經濟狀況最差的農戶增加了15.2%。石瑩等認為，現階段表現出的農民土地權利被侵害的現象，其實質是土地所有權分離狀態下，城市經濟利益集團通過地方政府向上侵蝕中央政府的終極土地所有權，向下侵占農民土地使用權的不穩定狀態造成的。即便是從法權上明晰了農民的土地產權，隻要界定和保護成本過高，侵占就不會停止。
2.耕地資源流失
郭貫成等指出，盡管我國采取了世界上最為嚴格的耕地保護措施，但我國耕地依然在逐年減少。這主要是因為由計劃經濟體製向社會主義市場經濟體製轉變過程中，地方經濟權力分化日益明顯，地方政府為了自身的利益，出於發展地方經濟的需要，有強烈的占用耕地的衝動。同時，“分灶吃飯”的財政體製驅動地方政府通過低價征用耕地然後高價出讓的辦法獲取巨大收益，刺激地方政府將耕地轉化為建設用地的欲望。另外，“搭車收費”的獲利方式，也使地方政府部門難以關心耕地保護，反而形成占用耕地的惡性循環。田淑英認為，中國耕地資源流失與經濟增長存在較大的相關性，耕地資源的超常流失緣於粗放的經濟增長方式，而錯誤的發展觀與政績觀是地方政府盲目征地致使耕地資源超常流失的政治根源，土地征用出讓的收益則是地方政府征地擴張的經濟動因。
3.農村土地權力配置不合理
汪軍民認為，首先，我國現行法律中，將發包權配置給主體地位模糊的集體經濟組織、村委會或村民小組，致使土地承包合同關係中主體要素“殘缺”，土地承包經營製度的目標很難達到，發包權配置存在著不合理的狀況；其次，現行土地承包經營權配置的原則是一種靜態的、絕對的平均主義原則。這種配置原則帶來了土地承包經營權配置中公平與效率的矛盾，為適應土地功能變化，從而帶來的土地供求關係的變化；再次，不合理的土地權利配置導致了拋荒現象，而拋荒現象的經濟原因在於農戶的拋荒成本低，責任小。
4.農村土地使用權製度影響新農村建設
程利仲指出農村土地使用製度影響了新農村建設。一是農村土地承包經營權流轉滯後阻礙了現代農業發展；二是農村承包田調整困難造成了村莊規劃難落實；三是農村宅基地置換機製不健全製約了農民向城鎮轉移；四是集體建設用地使用權流轉受限影響村集體和農民共享土地增值收益，大大阻滯了農村內在的發展活力。五是征地製度不完善導致失地農民的長遠利益缺乏保障。一方麵，現行的征地補償辦法和補償標準還是計劃經濟時代的產物，已不適應當前農村經濟的發展水平，不足以解決失地農民的長遠生計。另一方麵，目前的征地主體還存在不規範、不合法（誰用地誰征地），影響到征地補償標準的統一和落實。
5.新農地製度調整依據不充分
王士海等認為，新農地製度有兩個明顯的政策蘊涵，一是強化承包權；二是突出效率。即以穩定的承包權和促進土地流轉及勞動力轉移為手段提高農業效率。然而新農地政策的調整依據不夠充分，土地承包權對農業績效的影響，以及土地分配的福利化限製了土地流轉和農村勞動力轉移。另外，新農地製度的效率意圖能在多大程度上得以實現值得懷疑，而且其內部還存在著邏輯上的矛盾，還會帶來嚴重的社會後果。重效率的新農地製度在現階段和未來相當長的時期是不可取的，農地製度應該兼顧公平和效率且略偏公平，新農地製度的政策傾向應該進行一定的調整。
（二）農村土地製度改革建議
1.堅持集體所有製
陳誌剛等認為，在中國轉型期間，農地集體所有製無疑要優於私有產權和國有產權。這主要是由於市場化程度的相對落後以及國有製下多層委托-代理關係的高成本弊端等因素的限製，使得農地所有權的私有化和國有化往往是低效或是無效的；而農地集體所有製則隨著排他性權利的賦予、農地市場的開放以及村民自治等方麵的完善，彌補了私有製和國有製的諸多缺陷，成為一種相對較優的所有權安排模式。