（一）公共部門的邊界
劉小玄等認為，中國公共部門存在著政府失靈，其根源在於政府目標的錯位，在於缺乏公共需求對於公共供給的決定機製和信息互動反饋機製。由此導致了以政府目標為基礎的公共部門的邊界經常是模糊不清的，對部門利益的追逐則產生了負麵的社會效應，大大縮減和侵蝕了公共部門的實際邊界。公共部門的合理邊界的決定，首先取決於社會資源在公共物品與私人物品之間的最優配置，對於混合性質的公共部門，合理邊界應當以社會效益最大化為目標，以社會效益的零邊際值為界，以滿足市場無法解決的公共需求目標為宗旨。其次，在社會正效應的前提下，實際的公共邊界取決於政府的可支配收入在各個不同的公共部門之間的合理配置，公共資源優先投入到社會效益較大的部門，能夠有效擴大公共部門的邊界。再次，最優邊界的確定很大程度上取決於公共部門的經營效率，否則名義上的公共部門投入很龐大，而實際上公共需求目標無法滿足，公共部門的邊界事實上將被大大縮小。因此，無論是國營方式，還是民營方式，選擇那些最有利於實現公共需求目標的較高效率的供給方式是必要的。
林義等則指出，由於新型農村合作醫療發展中存在著市場失靈，要實現新型農村合作醫療的可持續發展和效用最大化，政府必須充當新型農村合作醫療發展的公益人、監管人、調控人和守夜人的角色。當前，政府應主要在設計和創新製度、提供法律公共品、基金籌集與監管、人才培養等方麵為新型農村合作醫療製度發展提供積極支持。朱四海認為，反哺農業的主體包括政府、市場、公民社會多個反哺主體，其中政府反哺主要圍繞農村公共品供給、糧食安全、生態安全以及政府對農業的支持與保護四方麵展開。所謂政府反哺的實現機製，也就是在財政支農資金、生態建設基金等財力保障下，以各級政府及其職能部門為反哺主體、完成“四項基本任務”的過程，包括製度供給、決策機製、運行機製和激勵約束機製四方麵的內容。工業反哺農業首先要明確的是政府與市場、政府與社會、政府與農民之間的分工，但分工離不開協作。統籌政府反哺與社會化反哺的要義就在於在明確分工的前提下搞好協作，構建政府、市場、社會和農民相結合的反哺機製。
（二）政府治理模式改革
1.中國政府治理（公共治理）存在的問題
（1）官僚製麵臨危機。陳國富認為，官僚製是政府治理的一種組織形式。在工業社會時期，官僚製曾經發揮過重要作用，但在信息社會，官僚製正麵臨深刻的危機，官僚製內部信息結構和激勵結構的困境是引起危機的根源。
（2）地下市場困擾。劉聖中指出，當前公共治理存在一個死結，即地下市場。地下市場具有寄生性、隱蔽性、分散性和流動性的特征，傳統的治理策略沒有特殊的效果。必須改變傳統的粗放-運動式的治理策略為精細-日清式治理。這種治理的特征是常態性、日清式、小範圍調適、職能明晰。而要建立這種機製又必須依靠三種變量來建立具體的運作機製，這三種要素是信息、風險和價格。以此三種要素為核心建立的新機製將能夠有針對性地克服地下市場這一難題。
（3）文化對管理公平的影響。蔣廉雄等指出，對處於轉型社會中的公共管理而言，當文化概念對管理的結果公平發生影響時，文化概念在製度結構層次上的集體目標、在意義和社會行為層次上的管理者個人目標以及公共管理的公平目標具有“不一致性”，中國文化對公共管理公平的影響表現為“偏向效應”：即文化概念對管理公平的影響偏向於讓社會期望發生的沒有發生或相對少地發生，“好”的社會期望出現“不好”的結果。
（4）政府危機績效評估不完善。吳建勳認為，現階段我國政府危機管理績效評估存在政府與市場關係的偏差、激勵機製和懲罰機製不健全、績效評估體係不科學等問題。我國政府危機管理研究體係中，績效評估研究是薄弱的一環，需要進一步研究績效評估在政府危機管理體係中的地位及其與該體係中其他因素之間的關係，進一步提升我國各級政府的公共危機管理意識和應對能力。
（5）行政壟斷的危害。薑付秀等指出，壟斷者所具有的市場勢力一般而言將導致高價，從而造成整個社會的福利損失；不僅如此，在我國，由於行政性壟斷行業較高的工資福利所導致的收入分配效應也是極大的，即它可能拉大社會各行業職工的收入差距。我國的行政性壟斷對社會福利性損失已經到了嚴重威脅國民經濟平衡發展和導致初次收入分配嚴重不均衡的地步，利益集團的形成有可能使改革難以深化，從而危及執政的社會基礎。行政性壟斷的改革勢在必行！陳愛貞等則指出，擁有行政壟斷地位或政府權力資源的企業，是實現行政壟斷市場效應的載體。為獲取政府權力資源，國有企業、跨國公司、民營企業會與地方政府展開博弈，使政府權力資源向非國有企業滲透，出現行政壟斷載體泛化趨勢。由此，一些非國有企業也成為行政壟斷載體，並依靠政府權力資源獲取市場競爭優勢。這不但擴大了競爭機會不均等的範圍，而且也使一些行政壟斷與經濟性壟斷等交織在一起，增加了行政壟斷的隱蔽性，導致反行政壟斷甚至反經濟性壟斷的難度加大。於良春等也指出，行政壟斷是政府機構利用行政權力對競爭進行限製和排斥，行政壟斷會造成資源配置扭曲、社會福利損失、收入分配不均以及地方保護和區域市場分割等惡性問題，但行政壟斷又是客觀和普遍存在的。