（一）區域合作與協調的理論基礎
李立華認為可以將區域間的乘數效應作為理論出發點，從而為區域合作中的協調機製提供有效的衡量標準。當前，我國四種主要的區域合作協調發展機製均存在一定的缺陷：東中西合作機製缺乏不同地區間的產業規劃、轉移和對接等問題，導致中西部地區資源優勢並沒有轉化為現實的經濟增長；培育增長極機製在促進經濟發展的同時卻加劇了地區差距；區域協調機構、協調機製因忽視了地區利益而往往流於形式；梯度機製、開放機製因忽視地區差異而沒有形成適當的區域聯動發展機製。而區域乘數理論則表明，區域的經濟發展應增加輸出產品的生產，並提高這種產品競爭力，以此開拓、占領越來越廣泛的市場，此外，如果收入的其餘部分用來擴大輸出基礎和非輸出基礎的生產，那麼它的最終收入會以乘數效應增長，即輸出及其收入對區域經濟增值的大小，取決於輸出產品的輸出淨收入和區域經濟的結構機製。可見，我們可以利用區域乘數效應提高所有區域發展的總體效應，區域協調發展機製設計必須是能夠對所有區域的總體效應呈現正的狀態，從而實現區域發展的增長目標、穩定目標和平衡目標。
（二）區域合作與協調的現實基礎
僅有理論的證明是不夠的，基於對理論的梳理，潘文卿等測算了我國沿海與內陸地區經濟的區域內乘數效應、區域間溢出效應和區域間反饋效應。總體來看，與內陸地區相比，由於沿海地區內部產業間的關聯性強於內陸地區，沿海地區有著較強的區域內聯係，經濟合作的成效最為顯著。從區域間的溢出效應看，內陸地區對沿海區的外溢效應高於沿海地區對內陸地區的外溢效應。進而，從區域間的反饋效應來看，內陸地區低於沿海地區，這說明內陸地區的發展極大推動了沿海地區的發展，而沿海地區的發展尚未充分拉動內陸地區的發展，所以這些地區目前仍以自身獨立發展為主，與沿海地區的合作動力不足。來自17個不同產業的實證研究表明，產業關聯度較低可能是出現這種狀況的主要原因，所以解決產業關聯度就是解決這一問題的核心。可以考慮從提高內陸地區的產品工藝水平與性能、提高內陸向沿海的交通運輸能力、降低運輸成本等方麵入手。
陳安平則研究了區域經濟的互動關係，深入挖掘了區域合作的現實基礎。研究首先把全國分為南部沿海、東部沿海、北部沿海、東北、長江中遊、黃河中遊、西南和西北等八大區，然後以八個區域的產出為變量建立向量自回歸VAR模型研究區域經濟的互動關係。來自格蘭傑因果檢驗和脈衝響應函數的分析表明，東部沿海、北部沿海、長江中遊、黃河中遊和西南地區的經濟增長產生明顯的溢出效應，東北、西北和南部沿海地區的產出增加對其他區域的帶動作用不大。因此，促進“長三角”和沿江地區、黃河中遊以及京、津、唐地區的經濟增長，有利於全國總體經濟；推動西北、東北和“珠三角”的發展，僅對這些地區自身有利。
（三）區域合作與協調麵臨的困境和出路
1.區域合作麵臨的困境
卓凱等認為，區域合作麵臨兩個根本性的難題：第一，如何跨越現有行政區劃的體製性障礙；第二，如何解決不同發展水平的成員參與合作的激勵問題。與此相似的是，嚴漢平等也認為，區域合作道路並非一帆風順，麵臨著諸多的困境。具體而言，有四個方麵：第一，發展目標一致性與各個區域約束條件差異性的困境，這是區域發展麵臨的前提約束條件；第二，國家目標與地區目標差異性的困境，不同地區有不同的發展目標，而國家的目標是發展總體經濟，二者勢必存在分歧；第三，整體發展與區域協調發展戰略選擇差異性的困境，我國各地區改革的初始條件不同，發展初期從國家獲得的支持也不同，從而導致了顯著的地區差距，而我國與發達國家也存在著顯著差異，所以麵臨著縮小國內、國際差距的雙重任務，二者的發展戰略必然存在差異；第四，發展戰略多元化從而導致發展重點模糊性的困境，我國實施了西部大開發、東北振興、中部崛起、東部率先發展的多元化發展戰略，然而卻導致了發展重點模糊，不利於區域協調與合作。
2.走出困境的製度建設
由於歐盟各加盟國與我國各省區都可以視為一個利益主體，卓凱等認為，為解決我國區域合作中兩個體製性難題，可以從歐盟的“跨界治理體係”中尋找一個供參考的政策方案，這有利於構建區域合作的製度基礎，健全區域協調互動機製。從歐盟的經驗來看，區域合作中，必須構建一個類似於“歐共體”或“歐盟”的“特殊政體”，該政體是超越行政區劃的組織機構，它的權力邊界必須要超越單一行政區的權力邊界，以協調和解決區域合作中跨行政邊界的各種難題。這是一種全新的權力再分配模式，有助於提高區域合作的效率和政策的執行力。為了避免區域發展中發生“短板現象”——即個別地區發展緩慢影響了總體經濟的發展，區域合作的法律工作必須先行，法治既可以約束政府，限製政府對經濟的肆意幹預，又可以約束經濟人，通過界定和保護產權，使經濟主體有序競爭，並通過維護市場環境，促進經濟良性發展。可喜的是，目前我國“泛珠三角合作”已初步確立了在各省、區輪流召開行政首長聯席會的製度。然而，這僅是一個基於友情或道義的協商會，它無法執行政策製定、執行和監督的職能，對協商結果的執行也沒有強製約束力，因而僅有行政首長聯席會議還不能構成一個科學的和有效的合作組織體係。嚴漢平等則進一步細化了操作措施：首先，積極發揮中央政府的作用，用軟約束替代硬約束，即把製度創新放在第一位；其次，建立健全區域協調互動機製，包括市場機製、合作機製、互動機製和扶持機製，全方麵加強區域間的經濟聯係和社會聯係；再次，依據資源稟賦，明確不同區域的功能定位，在共同建設經濟的同時充分利用各地區自身的比較優勢，發展特色的區域發展模式；最後，把東部率先發展作為重要基礎，把西部大開發作為突破口，因為東部地區加快發展有利於增強國力，更好支持中西部地區的發展，而西部地區發展滯後，影響了全麵建設小康社會的步伐，隻有加大力度建設西部，才能實現各地區的協調統一和快速發展。