政府職能的實施與完善是區域經濟發展的重要外生變量，而在市場化進程中，中央政府和地方政府麵臨著角色的調整和轉換。2007年區域經濟發展的有關研究中，學者們特別重視政府在推動地區經濟發展和區域協調發展方麵的作用。政府的財稅政策能否有效促進區域經濟的發展，政府職能能否在中央政府和地方政府之間合理分配，將直接影響不同地區的經濟發展進程。
（一）區域經濟發展中的財稅體係
我國地域遼闊，在改革開放進程中，各地區麵臨著不同的初始條件，而財稅體係及其變革也將對不同地區產生不同的效果。
在財政分權方麵，王文劍等認為1994年分稅製改革是中央和地方政府分權關係法製化的標誌，而分稅製改革時不同地區的市場經濟製度水平已存在顯著差異，並且財政分權促進地區經濟增長的效果存在地區差異，這與其對市場經濟製度增長效應的影響所呈現出地區差異基本對應。在市場經濟較為發達的東部，較早的改革開放為地方政府提供了充足的稅源，地方政府有強烈的動機加強改革開放的力度，為非公有製經濟的發展提供了優越的外部環境，這就強化了本地區的經濟發展優勢。在市場經濟相對落後的中西部地區，市場經濟發展滯後，無法為地方政府的財政收入提供充足的稅源，而且背負包括國有經濟在內的沉重曆史包袱，尚需要地方政府予以財源方麵的支持。為緩解財政稅收的壓力，地方政府勢必要通過預算外收入加大對非公有製經濟的攫取，非公有製受壓抑意味著地區市場經濟發展滯後，如果再考慮到計劃經濟的路徑依賴效應，我們可以得出結論，中西部地區的市場經濟滯後具有很強的自我強化效應。
在財政政策效應方麵，靳春平認為財政政策的經濟增長效應在空間上存在明顯差異，而經濟發展水平較低地區的增長效應大大好於經濟發展水平較高的地區。基於資本邊際生產力遞減規律，從9個方麵考察了影響財政政策在不同經濟體中的經濟增長效應差異性的主要原因——初始資本存量、公共資本支出的效率損失、基礎設施建設的飽和性差異、財政性投資的引致性差異、公共資本支出對民間投資的基礎效應、公共資本支出對技術創新的影響、公共資本支出對人力資本產出的影響、公共資本支出對人力資本積累的影響以及經濟發展缺乏第一推動力的迫切程度等。9個方麵綜合分析的結果表明，由於經濟發展水平較低經濟體的資本產出彈性增幅、資本存量的增幅、人力資本產出彈性的增幅、技術進步水平的增幅都大於經濟發展水平較高經濟體的相應指標增幅，所以同一單位的財政資本支出產生的GDP增長幅度在經濟發展水平較低經濟體相對要大，也就是同一財政政策的經濟增長效應對於較低發展水平的經濟體來說更大。中國東、西部地區在經濟發展程度方麵的差別就很符合如上理論邏輯，而實證檢驗的結果也支持如上觀點。實證分析同時發現，地方政府財政收支對地區經濟增長的短期效應非常明顯，特別是對西部地區短期產出影響衝擊很大。