無論是自然資源、人才、資金、技術、管理，都隻有借助一個好的經濟體製和經濟製度保障才能發揮出更好的作用。因此，體製與製度創新在我國區域經濟發展中有著極為重要的作用。
一、完善市場經濟體製與統籌區域發展
建成完善的社會主義市場經濟體製和更具活力、更具效率、更加開放的經濟體製是中共十六屆四中全會提出的推進中國經濟社會現代化進程的重大戰略部署，其中，統籌區域發展、建成區域經濟協調發展機製，對於更大限度地發揮區域優勢、促進資源優化配置具有重要的理論意義和實踐意義。
（一）區域經濟非均衡增長是完善市場經濟體製的主要障礙之一
導源於地區傾斜或循序推移戰略所形成的東、中、西部地區經濟的非均衡增長構成了改革開放以來我國國民經濟空間發展的基本特征，由於市場化發展態勢不平衡，東部地區經濟發展速度很快，中部地區綜合優勢沒有充分發揮，東北等老工業基地振興尚未起步，西部地區的全麵開發也有待時日。區域經濟的傾斜發展，使長期形成並在解放後逐步縮小的東西部經濟級差又被迅速拉大。在目前我國的空間結構中，東富西貧的經濟格局和東貧西富的資源格局，既是地區經濟發展不平衡的外在表現，又是影響空間經濟協調發展和國民經濟整體素質提高的深層次根源。更值得關注的是，我國農村處於貧困線以下人口為3000萬人，他們主要就分布在中西部經濟不發達地區和少數民族地區，這種狀況的存在，除了有可能因為地區經濟發展失衡而觸發一係列區域性或整體性社會政治問題外，而且從經濟發展的角度上講，資源富集而開發程度低下的中西部地區經濟現代化進程的相對緩慢和數千萬人口的長期落後，勢必對國民經濟長期穩定、協調地向前發展和建立競爭、統
一、開放、有序的社會主義市場經濟體製產生強烈的拖曳作用。
（二）統籌區域發展是完善市場經濟體製的基本任務
《中共中央關於完善社會主義市場經濟體製若幹問題的決定》指出，完善社會主義市場經濟體製的目標是，按照統籌城鄉發展、統籌區域發展、統籌經濟社會發展、統籌人與自然和諧發展、統籌國內發展和對外開放的要求，更大程度地發揮市場在資源配置中的基礎性作用，增強企業活力和競爭力，健全國家宏觀調控，為全麵建設小康社會提供強有力的體製保障，在完善社會主義市場經濟的發展過程中，通過深化經濟體製改革，切實轉換政府職能。加強國民經濟和社會發展中長期規劃的研究和製訂，提出發展的重大戰略、基本任務和產業政策，促進國民經濟和社會全麵發展，宏觀經濟增長與人口資源環境良性循環，加強區域發展的協調和指導，積極推進西部大開發，有效發揮中部地區綜合優勢，支持中西部地區加快改革發展，振興東北地區等老工業基地，鼓勵東部有條件地區率先基本實現現代化，是繼續改善宏觀調控、實現區域經濟協調發展最基本的任務。
（三）統籌區域發展的主要戰略措施
按照完善社會主義市場經濟體製的要求，統籌區域發展必須根據東、中、西部地帶的經濟發展情況和資源條件，確定不同的投資重點和恰當的投資比例，並通過發展橫向聯合，互通有無，互相支持，使東部地帶的發展同中西部地帶的開發更好地結合起來。中央政府經濟管理的重點是在有效實施“十五”期間國民經濟和社會發展計劃的基礎上，根據優勢互補、整體協調的原則，對各個區域經濟進行規劃、指導和管理，根據不同區域的資源狀況、發展潛力、地區優勢實施有區別的區域發展政策，並保證區域發展政策的穩定性和連續性。在區域經濟管理體製上，要調整中央與地方的管理職能，協調中央與地方的利益關係，在重視利益經濟手段的前提下，充分運用行政手段，發揮中央政府的組織、協調、調控、指導、行政執法和經濟杠杆等功能，調動中央和地方兩個積極性，在確認地方利益的前提下，適當加強中央政府的財力、物力，明確劃分和嚴格界定中央和地方的權力，逐步完善中央和地方的分級管理體係。