然而，公有製經濟的主體地位也麵臨著嚴峻的挑戰。這主要表現在：（1）有相當一部分公有資產的質量比較差。全國國有企業的不良資產占總資產的比重為11%，中央企業的不良資產占總資產的比重為5%。另據保守估計，在國有銀行的資產中，約有 25%是不良資產。（2）國有經濟布局和結構不合理，影響了主導作用的發揮。據初步調查，全國符合破產關閉條件的資源枯竭礦山和國有大中型工業企業還有2500多戶，涉及職工近510萬人，涉及金融債權2400多億元。受各種因素的製約，這些企業一時還難以退出市場，影響著國有經濟主導作用的發揮。（3）國有資產管理體製改革滯後，國有資產流失嚴重。僅對1994年12 。 4萬戶國有企業清產核資調查統計，資產損失及掛賬就達4438億元。2002年，國家審計署查出由於違規擔保、投資和借款以及決策嚴重失誤等原因所造成的國有資產損失就高達72 。 3億元。經濟學界流傳的一個“比較認可”的數據是，近年來，“國有資產每天流失1個億”，一年就是365個億。有人曾估算，在20世紀80年代，全國國有資產每年流失量為500億元，進入20世紀90年代，每年至少流失800億～1000億元，加上壞賬、偷稅漏稅、公款消費以及決策失誤造成的浪費等，國有資產的損失已經是一個相當大的數目。（4）國有企業改革尚未到位，國有經濟的生產效率和經濟效益受到嚴重影響。目前，國有企業仍然占有工業總資產約1／2，占用工業貸款約2／3，但創造的工業產值卻隻有約1／3.大型國有企業占有國家大量資產，除有壟斷性資源和特殊條件的企業外，多數企業產出效率很低。按國有及國有控股企業和全部規模以上企業共17 。 1萬戶的口徑計算，2001年，國有企業淨資產所占比例為67 。 8%，但其銷售收入和利潤總額所占比例僅分別為47 。 4%和50 。 5%；淨資產收益率為6. 7%，比非國有企業的11. 9%低5個百分點；國有企業比重大、利潤高的6個行業（石油、煙草、鋼鐵、交通設備、電子和通信、發電），除煙草外，非國有企業淨資產利潤率都顯著高於國有及國有控股企業，平均高近6個百分點。（5）隨著我國加入WTO和市場化程度的提高，國有企業生存和發展的外部環境已發生很大變化，那些不改革或改革滯後的國有企業必然失去生存和發展的空間。（6）集體經濟盡管發展較快，但發展後勁明顯不足。一是絕大多數集體企業，特別是鄉鎮集體企業，技術工藝比較落後，生產規模小而分散，生產設備大部分是由國有企業淘汰下來的老設備或舊設備，企業類型多數為勞動密集型，資金和技術密集型企業很少。二是集體企業改革進展緩慢，絕大多數集體企業的組織機製和管理水平比較落後。總體來看，集體企業無論是資產數量還是資產質量，也無論是組織機製還是管理水平，都製約著集體企業的進一步發展。
（二）非公有製經濟的發展受到來自各個方麵的製約和影響
個體、私營等非公有製經濟在促進經濟增長、擴大就業和活躍市場等方麵發揮著重要作用。中國轉軌時期所有製結構演進的一個突出的亮點，就是非公有製經濟的快速發展。轉軌以來，隨著非公有製經濟的迅速發展，它的地位不斷提高，其發展環境也在不斷得到改善。但我們也要看到，現實中人們對個體、私營等非公有製經濟仍然存在著認識上的偏差，個體、私營等非公有製經濟的發展仍然受到來自各個方麵的製約和影響。
首先，製約非公有製經濟發展的體製性障礙仍然存在，主要表現在：（1）非公有製企業在市場準入或投資領域上仍麵臨著諸多限製。（2）在非公有製企業投資經營的各個環節中存在著比其他企業嚴得多的政府部門的審批限製。（3）非公有製企業融資難、貸款難，是延續多年，至今仍沒有解決好的問題。（4）非公有製企業及其私有財產的正當權益得不到有效保護。