惹惱了魯迅可不是一件讓人輕鬆的事。魯迅開始對顧頡剛進行全方位“轟炸”，上到學術觀點，下到外貌，無一不成了他的攻擊對象。
先說學術，魯迅對顧頡剛最著名的“禹是一條蟲”的觀點大加撻伐，魯迅倒不是認為顧頡剛以禹為動物的觀點不妥，而是從自己雄厚的文字學根底（他可是章太炎的親傳弟子）出發論證“禹”不是蟲，而是“禺”，也就是“猴子”。魯迅專門寫了一篇小說《理水》，其中一段就是諷刺顧頡剛的：
“禹來治水，一定不成功，如果他是鯀的兒子的話，”一個拿拄杖的學者說。“我曾經搜集了許多王公大臣和豪富人家的家譜，很下過一番研究工夫，得到一個結論：闊人的子孫都是闊人，壞人的子孫都是壞人——這就叫作‘遺傳’。所以，鯀不成功，他的兒子禹一定也不會成功，因為愚人是生不出聰明人來的！”
“OK！”一個不拿拄杖的學者說。
“不過您要想想咱們的太上皇，”別一個不拿拄杖的學者道。
“他先前雖然有些‘頑’，現在可是改好了。倘是愚人，就永遠不會改好……”
“OK！”
“這這些些都是費話，”又一個學者吃吃的說，立刻把鼻尖脹得通紅。“你們是受了謠言的騙的。其實並沒有所謂禹，‘禹’是一條蟲，蟲蟲會治水的嗎？我看鯀也沒有的，‘鯀’是一條魚，魚魚會治水水水的嗎？”他說到這裏，把兩腳一蹬，顯得非常用勁。
“不過鯀卻的確是有的，七年以前，我還親眼看見他到昆侖山腳下去賞梅花的。”
“那麼，他的名字弄錯了，他大概不叫‘鯀’，他的名字應該叫‘人’！至於禹，那可一定是一條蟲，我有許多證據，可以證明他的烏有，叫大家來公評……”
於是他勇猛的站了起來，摸出削刀，刮去了五株大鬆樹皮，用吃剩的麵包末屑和水研成漿，調了炭粉，在樹身上用很小的蝌蚪文寫上抹殺阿禹的考據，足足化掉了三九廿七天工夫。但是凡有要看的人，得拿出十片嫩榆葉，如果住在木排上，就改給一貝殼鮮水苔。
橫豎到處都是水，獵也不能打，地也不能種，隻要還活著，所有的是閑工夫，來看的人倒也很不少。鬆樹下挨擠了三天，到處都發出歎息的聲音，有的是佩服，有的是疲勞。但到第四天的正午，一個鄉下人終於說話了，這時那學者正在吃炒麵。
“人裏麵，是有叫作阿禹的，”鄉下人說。“況且‘禹’也不是蟲，這是我們鄉下人的簡筆字，老爺們都寫作‘禺’，是大猴子……”
“人有叫作大大猴子的嗎？……”學者跳起來了，連忙咽下沒有嚼爛的一口麵，鼻子紅到發紫，吆喝道。
“有的呀，連叫阿狗阿貓的也有。”
“鳥頭先生，您不要和他去辯論了，”拿拄杖的學者放下麵包，攔在中間，說。“鄉下人都是愚人。拿你的家譜來，”他又轉向鄉下人，大聲道，“我一定會發見你的上代都是愚人……”
“我就從來沒有過家譜……”
“呸，使我的研究不能精密，就是你們這些東西可惡！”
“不過這也用不著家譜，我的學說是不會錯的。”鳥頭先生更加憤憤的說。“先前，許多學者都寫信來讚成我的學說，那些信我都帶在這裏……”
“不不，那可應該查家譜……”
“但是我竟沒有家譜，”那“愚人”說。“現在又是這麼的人荒馬亂，交通不方便，要等您的朋友們來信讚成，當作證據，真也比螺螄殼裏做道場還難。證據就在眼前：您叫鳥頭先生，莫非真的是一個鳥兒的頭，並不是人嗎？”
“哼！”鳥頭先生氣忿到連耳輪都發紫了。“你竟這樣的侮辱我！說我不是人！我要和你到皋陶大人那裏去法律解決！
這段文字中的“鳥頭先生”指的就是顧頡剛，因為“顧”的繁體“顧”的左邊本是“鳥頭”的意思。這大概是中國最早的“惡搞”，雖有人身攻擊之嫌，但倒也合乎其所諷刺的顧頡剛的考據方法，如果因為大禹的名字是“蟲”的意思就說明他是一條蟲，那顧頡剛的姓是鳥頭的意思豈不也說明顧頡剛是一個鳥頭了？這套論證一針見血。
單說名字還罷了，魯迅還時時不忘諷刺顧頡剛的生理特征——大紅鼻子。小說中的“鳥頭先生”一生氣就漲紅了鼻子，甚至“紅得發紫”，就是諷刺這一點，甚至語帶雙關，連帶諷刺顧頡剛在學術界“紅得發紫”名聲。那位拄著杖的先生自然也就是力挺顧頡剛的胡適之了。
顧頡剛對魯迅的諷刺終於有些忍不住了，他打聽到魯迅的行蹤，決定通過法律手段來解決，於是發了一封信給魯迅：
魯迅先生：
頃發一掛號信，以未悉先生住址，由中山大學轉奉，嗣恐先生未能接到，特探得尊寓所在，另鈔一分奉覽。敬請大安。頡剛敬上。十六，七，廿四。
鈔件
魯迅先生：
頡剛不知以何事開罪於先生，使先生對於頡剛竟作如此強烈之攻擊，未即承教，良用耿耿。前日見漢口《中央日報副刊》上，先生及謝玉生先生通信，始悉先生等所以反對頡剛者，蓋欲伸黨國大義，而頡剛所作之罪惡直為天地所不容，無任惶駭。誠恐此中是非，非筆墨口舌所可明了，擬於九月中回粵後提起訴訟，聽候法律解決。如頡剛確有反革命之事實，雖受死刑，亦所甘心，否則先生等自當負發言之責任。務請先生及謝先生暫勿離粵，以俟開審，不勝感盼。敬請大安，謝先生處並候。
這封信有些搞笑，顧頡剛說不知道哪裏得罪了魯迅，以至於“良用耿耿”，其實他本人心知肚明，在他的日記裏，他早就承認其中原因：
“魯迅對於我的怨恨，由於我告陳通伯，《中國小說史略》剿襲鹽穀溫《支那文學講話》。他自己抄了人家，反以別人指出其剿襲為不應該，其卑怯驕妄可想。此等人竟會成群眾偶像，誠青年之不幸。他雖恨我，但沒法罵我，隻能造我種種謠言而已。予自問胸懷坦白，又勤於業務，受茲橫逆，亦不必較也。”（《顧頡剛日記》第二卷）
顧頡剛推說自己不知道，未免有些故作無辜。他的信還有一處“萌點”就是要求魯迅留在廣州不要走，要“候審”，這未免有點越權，因為隻有司法機關可以強令當事人候審，而沒有原告強令被告候審的。魯迅抓住了這個萌點，好一陣奚落，並且把回信發表，讓天下人一起來觀萌：
頡剛先生：
來函謹悉，甚至於嚇得絕倒矣。先生在杭蓋已聞仆於八月中須離廣州之訊，於是頓生妙計，命以難題。如命，則仆尚須提空囊賃屋買米，作窮打算，恭候偏何來遲，提起訴訟。不如命，則先生可指我為畏罪而逃也；而況加以照例之一傳十，十傳百乎哉？但我意早決，八月中仍當行，九月已在滬。江浙俱屬黨國所治，法律當與粵不異，且先生尚未啟行，無須特別函挽聽審，良不如請即就近在浙起訴，爾時仆必到杭，以負應負之責。倘其典書賣褲，居此生活費綦昂之廣州，以俟月餘後或將提起之訴訟，天下那易有如此十足笨伯哉！《中央日報副刊》未見；謝君處恕不代達，此種小傀儡，可不做則不做而已，無他秘計也。此複，順請著安！
魯迅
顧頡剛被魯迅奚落得體無完膚，想通過法律解決卻惹來一陣更大聲的嘲笑，官司隻好不了了之。
顧頡剛與魯迅的恩怨核心是“抄襲”問題。這件事因為信息的不對稱一直說清楚。後來，魯迅的《中國小說史略》出了日文譯本，而鹽穀溫的《支那文學概論講話》也出了中譯本。讀者可以任意對比勘校，是否“抄襲”非常明了，魯迅專門寫了文章來表明自己的如釋重負：
在《中國小說史略》日譯本的序文裏，我聲明了我的高興，但還有一種原因卻未曾說出，是經十年之久，我竟報複了我個人的私仇。當一九二六年時，陳源即西瀅教授，曾在北京公開對於我的人身攻擊，說我的這一部著作，是竊取裏麵的“小說”一部分的；《閑話》裏的所謂“整大本的剽竊”，指的也是我。現在鹽穀教授的書早有中譯，我的也有了日譯，兩國的讀者，有目共見，有誰指出我的“剽竊”來呢？嗚呼，“男盜女娼”，是人間大可恥事，我負了十年“剽竊”的惡名，現在總算可以卸下，並且將“謊狗”的旗子，回敬自稱“正人君子”的陳源教授，倘他無法洗刷，就隻好插著生活，一直帶進墳墓裏去了。
這段回應仍然是咬牙切齒，看來這項“抄襲”的指控確實嚴重傷害到了魯迅的自尊。麵對事實，曾經相信“抄襲”的一方也感到不妥。魯迅逝世後，胡適曾建議陳西瀅拿出紳士的姿態寫一篇短文，聲明當初說魯迅抄襲是因“誤信一個小人張鳳舉之言”。但是，並沒有人像他說的那樣做，來給魯迅“平反”，陳西瀅沒有，顧頡剛也沒有。
魯迅固然不原諒他的論敵們，他的論敵也大都不原諒他。包括顧頡剛在內的很多人直到死都沒停止對魯迅做負麵評論。在“文革”時期，顧頡剛等和魯迅有過過節的人都成了被打擊對象，這種情況恐怕是當年魯迅怎麼也想不到的，不管怎樣，他一定不會同意用公共權力來對自己的敵人們做肉體上的摧殘。
魯迅和顧頡剛打了一場不了了之的官司之後竟然莫名其妙地遇見了一次。那是1929年5月，魯迅到北京省親，25日到孔德學校看舊書，不知為什麼顧頡剛也恰好到那裏。二人見麵，煞是尷尬。魯迅在事後描述道：顧頡剛“叩門而入，見我即踟躕不前，目光如鼠，終即退去，狀極可笑也”。顧頡剛的描述是：“今日到孔德，竟與魯迅撞見，不巧甚”。兩位學問大師竟然以這樣尷尬的方式見了最後一麵，真是讓人唏噓不已。