接下來就是辯護律師的時間了。章士釗從辯護席上站起來，宣讀他費盡心思寫就的五千言辯護書詞。辯護詞是用章士釗最推崇的文言文寫成，在法庭上宣讀，聽眾聽得頗有些吃力，這無形中讓辯護力道大打折扣。章士釗的辯護意見主要抓住下麵幾條：一、陳獨秀反國民黨是言論自由，國家既然有言論自由，就不能治陳獨秀的罪；二、陳獨秀隻有反國民黨的“心”，沒有反國民黨的“行為”，法律不能“誅心”；三、陳獨秀的政治觀點和孫中山的政治理想很一致，不能視為錯誤。這些辯護意見確實抓住了要害，甫一說出，就讓法官心中讚歎。但是，一旁的陳獨秀聽了卻頗不以為然，這些辯護有意把他和國民黨拉到一起去。他陳獨秀是要當理想主義的烈士，並不想當苟且偷生的叛徒，所以並不以為然，尤其是聽到下麵這一段的時候，他更惱火，好幾次都要站起來打斷章士釗，但被法警強行製止：
審判長又問獨秀：“究以何故成為蘇俄幹部派(即斯丹林派)之反對派？”獨秀答雲：“以意見不同耳。”再問是何意見？即慘然不答，並求審判長勿複進叩黨事，致陷彼於自作偵探之嫌。此其哀情苦誌，實已洋溢言表。而獨秀黨籍之被開除，與聯合汪精衛發表宣言一事之不見悅於莫斯科幹部派人物，不無草蛇灰線，因果相尋之跡，明眼者不難一目得之。己雖不言，而要不失為法院應采之證。當是時也，容共為國民黨公開政策，凡共產黨同時為國民黨，反之，凡國民黨亦多同時為共產黨。陳獨秀適為大團結中之一人，其地位與當今國民黨諸要人，雅無二致。清共而後，獨秀雖無自更與國民黨提攜奮鬥，而以已為幹部派擯除之故，地位適與國民黨最前線之敵人為敵，不期而化為緩衝之集團。即以共產黨論，托洛斯基派多一人，即斯丹派少一人，斯丹林派少一人，即江西紅軍少一人，如斯輾轉，相輔為用，謂托洛斯基派與國民黨取犄角之勢以清共也，要無不可。即此以論功罪，其謂托洛斯基派有功於國民黨也，且不暇給，罪胡為乎來哉？此義獨秀必不自承，而法院裁決是案，倘不注意及此，證據、方法既有所未備，裁判意旨複不得謂之公平。
這段話的意思是陳獨秀的存在對國民黨不僅“無害”，而且“有益”。這怎麼會不讓陳獨秀惱火呢？那豈不是意味著陳獨秀的革命是玩假的？明著是革命，暗地裏是幫了國民黨？陳獨秀越聽越惱火。章士釗這不是在幫忙，而是在拆台了。
章士釗的辯護詞終於宣讀完畢了。陳獨秀急忙起身聲明：“章律師等之辯護，以其個人之觀察與批評，貢獻法院，全係其個人意見。至本人之政治主張，不能以章律師之辯護為根據，應以本人之文件為根據。”當事人親自當庭宣布辯護人的辯護錯誤，這在民國司法史上可謂絕無僅有了。章士釗沒料到陳獨秀這麼不給麵子，神情頗為尷尬，但他畢竟對陳獨秀的為人有很深的了解，作為辯護律師，他能做的也隻有這樣了。
章士釗的辯護詞雖然遭到了陳獨秀的反對，但法庭畢竟還是要講法理，在最終判決的時候，確實采用了章士釗的辯護意見。判決書在列舉了陳獨秀的“罪行”之後說：
惟念該被告等均為刻苦深思之學者，其犯罪原因，蓋由於研究社會主義誤入歧途，而對於已身並無權利思想。且反對史丹林派利用土匪潰兵領導鄉村農民為武裝暴動，時時加以抨擊，即從證據上觀察，該反對派亦尚無實施暴動之準備。審按情節，尚可矜原，自應量予減科，以昭平允。
陳獨秀被判刑13年，後來經過上訴又改判8年。章士釗的辯護功勞可是大大的。但人們隻記住了陳獨秀對他的當庭駁斥，已經不記得他的功勞了。
章士釗並不責怪陳獨秀，到上海後，還特意來到亞東圖書館，拿出一些錢托人帶去給陳獨秀貼補獄中生活。抗戰爆發後，陳獨秀得到提前釋放，一家逃難來到四川江津，過著清貧的生活。這時，章士釗也在重慶，偶有閑暇便來看望，並盡其所能予以生活幫助。