它使後金“某一宗我國行得，某一宗我國行不得，參漢酌金，漸就中國之製，日後得了蠻子（指漢明王朝）地方，不至於手忙腳亂”。同時，它的設置，又使後金政權在封建化過程中前進了一大步。
六部設立以後，皇太極的權威仍沒有完全淩駕於諸貝勒之上，一些權勢很大的貝勒仍舊視君權於不顧，甚至有所挑釁。為了進一步加強君權，鞏固後金統治，皇太極又開始了旨在削除異己、摧毀三大貝勒的改革。
削除異已
被禁錮的功臣
明崇禎二年、後金天聰三年（1629年）十二月十七日，皇太極親率八旗和蒙古聯軍十餘萬兵出關內，直撲北京城。結果在永定門外遭到了大同總兵滿桂的重創，隻得大肆掠奪一番後班師返回關外，於天聰四年三月初二，抵達盛京。
但放棄關外、偏安遼東又豈是皇太極的心願？一次的挫折算不了什麼，壯大自己的實力，伺機而動才是王道。於是，他派二貝勒阿敏、貝勒阿巴泰、濟爾哈朗等人率領5000八旗軍駐守在關內的灤州、遷安、永平、遵化四座軍事重鎮。
此時的明廷遼東經略一職再度起用孫承宗。在孫、袁二人的部屬下，明軍開始由戰略防禦轉變為集中優勢兵力收複遼東失地。他們首先要收複的，當屬永平四鎮。
率先迎來明軍攻勢的是灤州。然而作為此地的最高軍事長官，阿敏卻對灤州的被動無動於衷，拒不發援。灤州為明軍所收複。
這時候的阿敏犯了一個更大的錯誤：他將降金的漢將、並且是由皇太極欽定的永平巡撫白養粹處死，在永平城中大開殺戒，屠戮無數，緊接著趁著夜色棄城出關，逃亡關外。
身在盛京的皇太極對阿敏在永平城裏的作為毫不知情。得知永平四鎮被明軍所攻打的戰報之後，忙派貝勒杜度星夜率兵馳援永平，同時讓杜度帶去一張敕令，告誡阿敏要對城中官民加以善撫，不得胡作非為。為了保住永平四鎮，他甚至已經做好了親征的準備。
然而阿敏棄城出逃的行徑徹底將皇太極的戰略計劃打亂，屠城的暴行也對皇太極的權威造成了嚴重的不利影響。永平保衛戰之前，皇太極剛頒布一項厚待俘虜的上諭，結果阿敏就將之糟踐得體無完膚，不但投降的漢人心寒如冰霜，就連皇太極費盡心思在關內布下的“棋子”也被輕易葬送。這怎能不讓皇太極怒火中燒？
阿敏輾轉逃回盛京，盛怒之下的皇太極拒絕放他入城。六月初七，皇太極召集諸貝勒大臣，議定阿敏之罪。議畢，命嶽托當眾宣布，曆數其十六大罪狀，遂命奪其人口、財物給其弟濟爾哈朗，隻留莊園八所，將阿敏“送高牆禁錮，永不敘用”。
皇太極為何要除掉功臣阿敏永平四城的失守，其實隻不過是皇太極欲除掉阿敏這個隱患的導火線。
當年努爾哈赤屍骨未寒之時，阿敏便向皇太極提出了一個擁立他為嗣位之人的條件：“我與諸貝勒議立爾為主，爾即位後，使我出居外藩可也。”分裂之心昭然若揭。後來皇太極回憶說：“若令其出居外藩則兩紅、兩白、正藍等旗亦宜出居於外藩，朕統率何人，何以為主乎。”
盡管他在支持皇太極繼承汗位的過程中起過積極作用，但實質上是不讚同，並放言“誰畏誰，誰奈誰何”。先汗病死，對於後金是何等危急時刻，而阿敏的三位福晉卻“盛裝列坐”。
出征朝鮮時，嶽托等勸阿敏班師，阿敏卻說羨慕明朝皇帝及朝鮮王宮，一定要到王京去看看，還有“屯種以居”的話語。皇太極發現阿敏“頗懷異誌”，卻隱忍不發。這一招正是帝王常用的手段，要令對方欲加張狂，以便處之有道。
天聰三年十月，皇太極統兵擾明，阿敏留守沈陽。次年春，嶽托、豪格率軍先還。阿敏出迎，居中而坐，令留守諸臣坐於兩側，“儼如國君”。
次年，阿敏受命駐守永平後，對皇太極委任的城中漢族降官、招徠的鄉民其為反感，任意殺害。又擅自在明軍將至之時棄城逃回沈陽。
皇太極先拿堂兄開刀，采取故意放縱的策略，不動聲色地除掉三大貝勒之一，又使其餘諸人無法反對，高明之至。削奪二貝勒之舉自然引起了另外兩大貝勒的警惕，尤其三貝勒莽古爾泰，對皇太極的做法大為不滿。
莽古爾泰的悲劇
莽古爾泰性格魯莽、暴躁，因為心有怨言，自然在行為舉止上表現出來。這正是皇太極所希望的。
天聰五年（1631年）皇太極統軍進行了大淩河之役。一天，皇太極到嶽托營巡視。莽古爾泰與嶽托一同上奏說：“昨日之戰，我旗中將領受傷者較多，我旗下的士兵，有的跟著阿山出哨去了，有在達爾漢額附的營中當差者，能不能讓我把他們收回來？”
皇太極故意用怒氣的語調說：“我聽說你所率領的部隊，凡是被差遣到外麵去的，都是違反軍令的。”
莽古爾泰不服氣，道：“我的部隊哪裏曾違反了軍令？”
皇太極回答說：“果然，是別人的誣告；我回去後親自追究誣告者的責任。”