莽古爾泰一時按捺不住，憤怒地說：“大汗你應當公正處事，為什麼非要與我為難？我出於考慮到大汗的顏麵，無論什麼命令都完全服從，你們不肯放過我，難道還想要置我於死地不成？”並伸手將佩刀拔出刀鞘五寸許，用眼斜睨著皇太極。
當時莽古爾泰的弟弟德格勒也在場。德格勒勸阻他，不聽；揮拳毆打他，他仍怒罵不止。事情發生後的第二天，莽古爾泰以“飲酒過度狂態失言”為辭，向皇太極叩頭請罪。
眾貝勒大臣議論說，莽古爾泰拔刀露刃，“欲犯上，大不敬”。皇太極遂降其秩（降和碩貝勒，秩同諸貝勒），罰銀萬兩及馬匹甲胄。
同年十二月，禮部參政李伯龍奏定朝儀說，諸貝勒皆言莽古爾泰不當與皇太極並坐。
皇太極說：“從前跟諸位平起平坐，今天卻不是這樣，要是讓外人知道，會懷疑我怠慢了各位兄長。”
代善主動說：“我們既然已經擁立大汗為君，再與大汗平起平坐，恐怕會遭到國人的議論，說我們已經奉大汗為君，還與大汗平起平坐，於禮不合。如果仍像以前那樣，必定會受到上天的懲罰。所以自今以後，大汗在南麵中間坐，我與莽古爾泰在側麵陪坐，其餘蒙古諸貝勒等人，就坐在我和莽古爾泰的下麵。”
這種座位的變易，不隻是表示朝儀的形式，也是後金內部漸趨統一的明證。
次年，三貝勒莽古爾泰在憂鬱中死去，又一大貝勒的勢力被皇太極輕易削除了。
完全掌握大權
削除阿敏、莽古爾泰十分容易，二人一個有不臣之心，一個性如烈火，容易做出授皇太極以口實的事，而削除大貝勒代善就比較困難了。代善素無異心，且性格平和，並曾力主擁立皇太極，想將他削除，必須找到理由。而代善此時已是權力僅次於皇太極的人物，若不削除他，皇太極之前的努力等同於徒勞。
天聰九年（1635年）十月，大貝勒代善盛情款待了三貝勒莽古爾泰的妹妹哈達公主莽古濟格格。皇太極對莽古濟格格成見本來就很深，見代善宴請她大為震怒，聲稱“正紅旗的諸貝勒輕視我”。不久，皇太極曆數代善不遵旨令、悖亂多端等罪，但這些罪名不足以作為削除代善的借口，因此皇太極聲言“別舉一強有力者為君”，從此杜門不出。眾貝勒大臣聞訊人人惶恐，到朝門外跪請皇太極出朝聽政，還哀告說：“大小綱紀，俱聽睿裁。”從此，大貝勒代善幾乎被削奪了大貝勒的名號，其子貝勒嶽托、薩哈廉也因此受到牽連，俱同時獲罪任罰。
十一月，莽古濟家仆冷僧機，忽然到刑部自首，告發正藍旗主莽古爾泰、德格勒生前曾與莽古濟、索諾木（原蒙古敖漢部長，歸附後金後，娶莽古濟公主為妻）屯布祿、愛巴禮等跪焚誓詞，結黨為亂，圖謀不軌，於是構成驚動一時的大案。在抄沒莽古爾泰的家時，果然查獲“所造木牌印十六枚，視其文，皆曰：‘金國皇帝之印’”。皇太極於是嚴厲鎮壓參與其事者。莽古濟及其夫索諾木以“謀危社稷”“逆跡彰著”的罪名被處死。屯布祿、愛巴禮及其親支兄弟子侄俱磔於市。莽古爾泰有兩個兒子被殺，其餘六子同德格勒之子皆廢為庶人。正藍旗附入皇太極旗，被吞並。皇太極長子豪格由兩黃旗分出，專門主管重新編製的正藍旗。
天聰末年，皇太極實際上已經控製了兩黃、兩藍、兩白六族，勢力還滲入到鑲紅旗，結束了“八和碩貝勒共理朝政”的局麵，開始“製令統於所尊”。後金的朝政大權完全掌握在了他的手中。
民族政策的調整
四伏的危機
皇太極雄才大略，不滿足做個守成之君，決心要開創嶄新的局麵。這位從小就在開國創業中成長起來的政治家冷靜沉著，並有遠大的抱負，他想君臨全中國，使其父子群臣艱難創立的國家由後世子孫永久統治下去。他很講究實際，不僅懂得治國之道，也懂得人君之道。他說：“若治國之道，如築室然，基礎堅固，庀材精良者，必不致速毀，世世子孫可以久居。其或苟且成工者，則不久圮壞，梓材作誥，古人所以諄諄垂誡也。”一切都不能簡單從事，建造房屋就是如此，“惟築地堅固，疊石為基，經營構造，方堪久遠。”
皇太極即位之初，麵臨許多重大的問題：階級矛盾尤其是民族矛盾相當尖銳；漢族奴隸大量逃亡，滿族人不斷遭到漢人的襲擊；更為嚴重的是，武裝暴動震憾著後金在遼東的統治。到了努爾哈赤晚年，這種反抗鬥爭日見激烈。這一嚴重的局勢，是努爾哈赤進入遼東地區後實行錯誤政策帶來的直接後果。他在進駐遼沈後，推行民族歧視與壓迫的政策，對遼東地區的人民主要是漢人肆意屠殺與奴役。
經濟狀況同樣很糟糕。經過戰爭蹂躪的遼沈地區，經濟慘遭破壞，沒有得到充分的恢複。由於後金實行屠殺與奴役的政策，人口大量逃亡，壯丁銳減，田園荒廢，加上天災接踵而來，經濟情況更加惡化。清太宗即位才半年，即第二年春就遇到了大荒年，“國中大饑”，糧食奇缺，物價飛漲，社會秩序混亂，盜竊盛行，牛馬成了盜竊的主要對象，凶殺、搶劫到處發生。皇太極歎息說：“民將餓死，是以為盜耳。”可以說，經濟已到了破產的地步。