在出巡的十幾天中，康熙帝將試卷瀏覽了一遍，大致說來還算滿意；但也有一些應試者故意敷衍。康熙帝並不以為意，與閱卷官大學士李霨、杜立德、馮溥和翰森院掌院學士葉方藹等共同商量錄取。對那些最有影響、名氣極大者，康熙帝認為應一律錄取。本著這一原則，最後取中彭孫遹等12人為一等，李來泰等30人為二等。其中朱彝尊、潘耒等人甚至詩句不通、不合韻，毛奇齡詩中甚至有違礙字樣，而嚴澠孫竟借口眼睛不好，隻寫了一首《省耕詩》了事，但他們照樣被錄取，並全部被授給翰林之職。其中朱彝尊、潘耒、李因篤等人從未涉足官場，康熙帝特加優待，都授為翰林院檢討。盡管授官後，有的人認為這是一種“失節”行為，心中極為不快，如李因篤授官之後不久，便數請“終養”，康熙帝也並不勉強他，最終讓他回家奉養老母了。這種對遺民的寬忍重用，不但使清朝堂中滿漢官員的對立情緒得到了緩和，而且在社會上產生了很大的影響，使漢族知識分子減輕了他們對清王朝的敵視與仇恨，康熙帝收服人心之策取得了初步成功。
其實康熙帝早在舉“博學鴻詞”之前，便注意到，開科舉設特科、延攬山林隱逸這些辦法還有局限性。對讀書人召用，固然可以發揮廣泛影響，但漢族地主有財勢者和科舉落第者對人心的向背也有了很大的影響。因此，康熙十三年（1674年），康熙帝在“三藩之亂”發生不久，他下旨在全國實行捐納製度。允許那些熱衷於功名卻屢試不第、仕進無望而有家財者，出錢即可捐得知府、知州、知縣或者監生、生員出身。以此來增強新政權對他們的吸引力，既可減少參與叛亂的人，穩定地方，又可擴大清王朝的統治基礎，使他們自己的利益與清朝統治者的利益統一起來。而且，當時清廷的財政極為緊張，兵餉支出困難，正好借此一舉兩得。這一辦法很快便顯出成效。江南大批家有餘資的地主文士中，每年都有相當多的人捐官、捐出身。僅蘇州府屬長洲和吳縣在三藩之亂平定前3年，捐文武生員的即達到了800餘人，而全國在3年之中竟有500餘人捐為知縣，占全部知縣的1/3。
清政府每年僅捐納一項就可收入白銀達200多萬兩。這不僅大大緩解了軍費的緊張，也對平定三藩之亂起到重大作用。此舉在籠絡人心方麵比“博學鴻詞”特科更加有效，且影響麵也廣泛得多。
那時，康熙皇帝盡管還年輕，但這些政策足以顯示出他的成熟與老練。當他的目的達到後，他心中也很清楚，捐納隻是權宜之計，絕非揀選人才之法。那些花錢買官的人是不會白下本錢的，他們中的很多人一旦上任，便會瘋狂地搜刮民脂民膏，魚肉百姓，最終會導致吏治敗壞，社會出現不穩定局麵。他也多次下令禁止捐納，指出那不過是一時權宜之計。不過他萬萬沒有想到的是，其後代子孫也把這一弊政“發揚光大”，一再實施捐納，最後使清朝的官場變成了市場，嚴重地損害和瓦解了清王朝的統治基礎。
康熙創辦博學鴻詞科，進一步爭取了漢族士大夫階層和上層知識分子的合作，削弱了反清力量，使全國政局日益穩定。明清之際，江浙一帶既是戰亂之地，又是反滿之士的薈萃之地，因而該地區受到了“博學鴻詞科”的照顧。據統計，江南與薦者58人，浙江與薦者47人，兩者合占總數的50%以上。經過應試，他們大多接受了清廷的官職，逐漸與清朝統治者走到了一起。另外，清政府以博學鴻詞科錄取人員纂修明史，在漢族知識分子中確立了正統地位，削弱了漢族人反滿的思想意識。當年，莊廷私修明史一書，因有不滿清王朝的思想而遭鎮壓，株連極廣，成為轟動一時的大案。現在清政府主持編修明代曆史，繼續了後一朝代修前朝曆史的中國修史傳統，把清王朝置於了正統王朝的地位，鞏固了清王朝的統治。
初興文字獄
明史案
《明史輯略》招致禍端
康熙二年（1663年）五月，莊廷因私修明史，頌揚明王朝，被清王朝以毀謗當朝的罪名，把莊、朱兩家和參與該書編撰的人及其父兄弟子侄年15歲以上者70人斬決，近千人被牽連，這即是清初最有名的文字獄——明史案。
莊廷，湖州吳興人，其父莊允城為當地豪富。莊廷15歲經考試入國子監學習，中拔貢，後因病雙目失明，以盲史自居，欲著書立說，傳於後世。莊家與明天啟年間文淵閣大學士朱國禎家為鄰，朱國禎一生寫有大量著作，晚年編纂《明書》一部，書中沒有誌、表、帝紀、世家，隻有列傳，但沒有刊刻發行。朱國禎死後，家道敗落，其孫輩窮困潦倒，打算將《明史》的書稿出售。莊廷聞訊，遂以銀一千兩購得，並聘請當時江浙名士茅元銘、吳之銘、吳之鎔、張、唐元樓、嚴雲起、韋全佑、蔣麟征等十餘人，對全書加以修改潤色；對明崇禎朝一事，則采用茅瑞征《五芝紀事》《明末崇禎遺事》對照刪補。書編成後遂取名《明史輯略》。