順治十二年（1655年）莊廷病死，其父莊允城為了卻兒子心願，邀請當時名士、崇禎十三年（1640年）進士李令皙為該書寫序，並將參與修纂此書的18人的姓名寫入書中，由莊廷瓏的嶽父、大富豪朱佑明出資，在南潯鎮北圓通庵召工匠刻印。順治十七年（1660年）冬，該書刊刻完成，開始流傳於世。
莊允城在書中列出的編纂者都是一時名士，其中查繼佐、陸圻、範驤三人名列其中，但並未征得這三人的同意，是莊允城久慕三人大名而擅自列入的。書刊行後，範驤舊友左布政使周亮工，發現書中所記明朝降表出自現任都察院左都禦史龔鼎孳之手，怕龔因此惱羞成怒，追究起莊廷而使範驤等三人也受牽連，遂建議範驤等三人向官府檢舉，以此來脫離幹係。順治十八年（1661年），三人遂將此事報告給浙江學道。浙江學道胡尚衡接到範驤等三人呈報，即命湖州府學調查此事。
湖州府學教授趙君宋在接到浙江學道的命令後，為搶功勞，即用銀六兩購買了一部《明史》，命本學廩生俞世禎、陳旦開為之檢閱磨勘，從中檢索出數十條有礙當朝的話語，在學門前張榜公布，並打算把它上報給省學道。莊允城獲悉後，立即拜訪湖州分守道張武烈，又買通前守道、現任通政司王之祚，將剩下的《明史》分送給通政司、禮部、都察院三衙門，並向李煥寧行賄賂。李因此上報朝廷說，此書已呈交給三衙門，不再是私刻史書。
此事暫時平息下來。
但事情並未停止，趙君宋告發莊氏史事，在當地廣為流傳，因莊允城為當地富戶，有不少人便想敲詐他。現任湖州知府陳永命的主考房師李廷樞，在聽說此事後，立即買了一部《明史》去見陳永命，二人商定要敲詐莊允城，得利後二人平分。莊允城知道後，立即買通官員周國泰，要他送給陳永命數千兩銀子，陳永命得到賄賂後，即命將原書版毀掉。
李廷樞送書本為勒索，但現在竟沒得到一絲好處，他一怒之下，將交給陳永命的書要了回來，把它送給了親家吳之榮。
吳之榮，曾是湖州歸安縣令，在任期間，由於貪贓枉法，為鄉人告發入獄，在獄中與李廷樞結好，遇赦出獄後二人結為親家。吳之榮從李廷樞那裏得到書後，立即拿著書到莊家勒索銀兩，莊允城以知府陳永命為後台，沒理會吳之榮。吳之榮不甘心，又持書告於浙江將軍柯奎。柯奎是滿洲八旗將軍，莊家得罪不起，遂托諸生徐秩三請蘇鬆提督梁化鳳致書柯奎，同時向柯奎送重禮。柯奎受禮後，即將原書還給吳之榮，並以“我係武職衙門，不便與聞”作為托辭。吳之榮無奈之下，又到莊家，向莊家要些銀兩，以保住麵子。莊家有柯奎作後台，遂向守道張武烈告發吳之榮，張武烈即下令將吳之榮趕出境。吳之榮兩次三番敲詐莊氏不成，遂把目標轉向莊氏親家——當地富戶朱佑明。
朱佑明乃湖州巨商。清軍南下時，他屯積居奇，遂成富翁。他原住石橋浦，該地臨近太湖，為防“盜寇”，便於南潯鎮購得董氏大宅，並將朱國禎家一塊堂匾買下，題名“清美”，落款為“朱老年親台”，正好與朱姓巧合。吳之榮為敲詐朱佑明，便在此匾作文章，說他與明臣朱國禎有關係，至今還掛他的匾，並不斷到朱、莊二家索銀，兩家男人回避，以婦女數百人出來對付吳之榮。守道派官兵衙役前來幹預，朱、莊二家遂出銀兩，賄賂官兵衙役將吳之榮再次押送出境。
吳之榮勒索不成反被羞辱，他發誓要報仇雪恨。康熙元年（1662年）六月，吳之榮將《明史》中指摘清朝、維護明王朝的“悖語”十數條抄下，以刻寫逆書為名，並將書中印“朱史氏”下添刻“即朱佑明”四字，進京向刑部告發朱、莊二家。刑部接到告發，即於康熙元年（1662年）十一月，派滿洲官員羅多至湖州府，調查此事。由於書板已被前任知府陳永命毀去，羅多遂將莊、朱二人及其家人押解入京，打入刑部大獄。同年十二月，莊允城病死於獄中。
千人大案
本來，吳之榮因痛恨莊、榮二人羞辱他才向刑部告發，又與作序者李令皙交情很深，故在告發時已將書中序文及參訂者數麵撕毀，因此案發時，對作序及編纂者並沒有多少關係。但在有關案犯押解至杭州時，朱佑明恰與原湖州府學教授趙君宋同在一處。朱佑明認為趙君宋首告有功，必得重賞，遂以家產一半相贈，要求趙君宋包庇他。趙君宋即在審訊時說湖州府學藏有《明史》原本一部，其書無朱史氏之下“即朱佑明”四字，督撫官員不敢怠慢，急忙令官員到湖州府學，搜出原莊氏《明史輯略》一部，這樣，作序的李令皙和10餘名編纂者都被牽連在內，案情擴大了。康熙二年（1663年）正月二十日，湖州府城中文武官員率數百八旗兵，關閉城門，將書中所列之人的合家老小及仆役統統拿並歸案，牽涉之人達到近千人。
康熙二年（1663年），刑部將此案上報朝廷，時值四大臣輔政時期，四大臣獲知後，惱怒萬分，決定從嚴追查此事，以達到殺一儆百的目的。五月，刑部審訊完畢後，擬定罪名上報朝廷。四大臣稱旨，以莊氏《明史輯略》中有毀謗當朝之語，實屬大逆不道之極，著將莊、朱兩家和參與該書編撰及其父兄弟子侄年十五以上者70人斬決，其中有18人被淩遲處死。因莊廷瓏已於順治十二年（1655年）病死，清廷仍對其處以掘墳、劈棺、碎屍之刑，以示懲處；其父莊允城於康熙元年（1662年）冬死於刑部獄中，亦被處以戮屍。書中列出的18名編纂者中，除董二酉於決案前三年身死，查繼佐、陸圻、範驤由於吳六奇為之說情而被釋放外，其餘全被淩遲處死。被淩遲處死的還有莊廷之弟莊廷鉞、莊廷嶽父朱佑明和為莊氏史作序的李令皙。