李令皙字霸回，歸安縣人，明崇禎進士，寫得一手好文章。莊氏史書成時，因慕其名而請他作序。事發後，曾出資賄賂吳之榮，吳之榮遂將《明史》書中的序撕去，但等趙君宋舉出其所藏原書後，李令皙也被捉拿歸案，最後被淩遲處死，全家籍沒，一家老小亦被斬決。
朱佑明，本隻與朱國禎同姓而已，“朱史氏”也是朱國禎纂史時的自稱，朱佑明與之毫無牽涉，但吳之榮痛恨朱佑明羞辱他，便拿“清美”匾與朱佑明對質。朱佑明因而也被淩遲處死，其三個兒子和侄子朱繹亦被處斬，全部家產籍沒。
其他受牽連者，柯奎因滿族人不識漢字，免予處死，但其將軍之職被革去；原湖州知府陳永命因銷毀書板之罪，自殺死於店中；刻工湯達甫、印刷匠李甫及賣書商等人，都被處以死刑。查、陸、範三名士在案發時即被抓獲，但由於其沒有參與修訂，同時又最早向浙江學道揭發此事，加上查繼佐舊友平南王手下廣東提督吳六奇的開脫說情，康熙二年（1663年）三月，三人便回到浙江聽侯審訊。浙江督撫上疏指出時，查、陸、範等三人在揭發中雖不及吳之榮堅決，但畢竟是首告，遂議不僅無罪，還應對此三人加以賞賜，最後釋放。查等三人獲釋後，朝廷以其三家最先揭發有功，遂將莊、朱二家之家產，一半給告發人吳之榮，一半分給查、陸、範三家。陸圻謝而不受，莊、朱的家產全部為查、範及吳之榮所有。
吳之榮因揭發有功，名利雙收，不僅得到了朝廷賜給他的朱佑明的家產，還加官晉級，至右僉都禦史。但康熙三年（1664年）夏，吳之榮患惡疾而死。
《明史》案牽連千人，有70餘人被處死，數十家慘遭滅門之災，是清初最大的一起文字獄。那麼，莊氏所著《明史輯略》哪些地方觸犯了清廷的忌諱呢？據《明史輯略》傳鈔殘本三冊及陳寅清《榴龕隨筆》所記，書中犯忌的文字，大概有以下幾類：
第一，不尊稱愛新覺羅皇室祖先，直呼其名，是犯了大不敬之罪。
第二，對太祖努爾哈赤大加貶低和歪曲，並將清之龍興說成“滋患”“賊”“夷”等。
第三，對明清交戰態度，站在明朝一邊，維護明朝。
第四，清入關後不用清朝年號，而奉南明政權為正統。
清廷為何抓住此事而大加牽連呢？甚而抄書匠、刻字工人、裝訂者及書商都要被處以死刑呢？這種鎮壓是滿洲貴族為鞏固統治、壓製漢族士人中的反抗思潮而采取的措施。滿洲人以少數民族問鼎中原，自然遭到受“夷複之防”思想影響的漢族人的強烈的反抗，而清入關後實施的民族高壓政策進一步激化了漢族的反抗情緒。而江南又是漢族知識分子大量集中之地，他們把南明小朝廷奉為正統，對剛剛入關的滿洲統治者抱有強烈的不滿情緒和蔑視之情。他們或隱跡山林，或削發為僧，而不願與清王朝合作。同時，士子社盟活動也逐漸發展起來。士子集社結盟，對清王朝構成了潛在的威脅。順治十七年（1660年）頒布的嚴禁盟令，即是出於對這一威脅的擔心。《明史》案發生後，清王朝立即抓住此千載難逢的機會，向江南知識分子揮舞起屠刀，大肆殺戮士人，借此教訓讀書人的念舊厭新之情，打擊他們心中存在的反清情緒，以鞏固清王朝的統治。
《明史》案的懲處之嚴，株連之廣，是以前的文字獄所無法相比的。它開創了有清一代文化禁錮的先河，對清人文化學術思想的發展產生了極惡劣的影響。
《南山集》案
從消弭民族矛盾、鞏固清朝統治出發，康熙帝對於漢族士大夫始終采取以拉攏為主的手法，但是有些人的行動由於對其皇權有所威脅，因此他也堅決鎮壓。當時最使康熙帝不安的，就是漢族知識分子懷著民族感情，有複明的傾向。康熙五十年（1711年）十月，都察院左都禦史趙申喬上奏皇帝，彈劾現任翰林院編修戴名世私刻《南山集偶鈔》，有很多有悖於清朝皇室的話語，於是請求嚴加處分，康熙看後立即派人嚴查。這樣，戴名世被投入監獄，從而引出清初又一起文字獄案——《南山集》案。