《南山集》作者戴名世，江南桐城人，生於順治十年（1653年），自幼好學苦讀，尤擅長古文（即散文），因家世零落，20歲起即授徒養親。康熙十九年（1680年），戴入縣學為諸生，二十六年（1687年）以選貢生取補正藍旗教習，又考授知縣，但是放棄了。此後，他一直穿梭在京師、山東、江南、浙江和福建之間，為人充當幕賓，以賣文為生。康熙四十四年（1705年），戴名世應順天鄉試，取為舉人，四十八年（1709年）又中進士，授翰林院編修。這時，他已是57歲的人了。戴名世在古文經學方麵造詣頗深，主張振興古文，改造時文（八股文），是桐城文派的先驅。出於對曆史的興趣，尤其因為一直非常注意明史，於是他便想仿照《史記》的形式，廣泛搜集材料，決心寫成一部有價值有意義的力著。
在戴名世搜集明史資料過程中，同鄉中有個叫方孝標的，把他遊曆滇黔時候所看到的聽到的，以及明季清初的“彼邦時事”，寫了一本《滇黔紀聞》。戴看到了這本書，把所談的南明曆史並弘光、隆武、永曆年號，引用到自己的著作裏。正在這時，戴名世又聽得前桂王宮中宦官犁支和其門人餘石民談及桂王政權的消息，因此急忙前去訪問，可犁支已走，沒有見到，戴名世遂請餘石民將聽到的情況寫出寄給他。戴名世將此材料與方孝標《滇黔紀聞》對照後，遂於康熙二十二年（1683年），再次給餘石民寫了書信，指出弘光、隆武、永曆三個朝廷，方圓千裏，共十七八年，應該有一部曆史著作，並要求餘石民為之聯絡，召來犁支與他談論此事，這就是戴名世的《與餘生書》。同年，戴名世參加鄉試，被選拔為貢生，康熙二十五年（1686年）入京師國子監。
在京城這一時期，是戴名世學術思想和品格發展的一個重要階段，他結交當時名士朱書、方苞、王源、萬斯同等，研討古文，縱論當時政治，並寫了很多雜文，猛烈抨擊社會時弊。
康熙三十九年（1700年），戴名世受聘於浙江學政薑棣，於署中任職。康熙四十年（1701年），其學生龍雲鶚將平日藏抄戴名世一百多篇文章，刊刻出來，以戴名世故居南山岡命名，取名為《南山集偶鈔》,《與餘生書》一文也收在這裏，並請方苞、朱書等人為之作序（其中龍雲鶚序為戴名世自作），同時還成《孑遺錄》一書，由王汪灝、方正玉為之作序。《南山集偶鈔》一經發行，文人士子都想盡辦法獲讀此書，其影響遠遠大於同類其他私家著作。
康熙四十一年（1702年），戴從浙江回到家鄉居住在南山岡。門生龍雲鄂和方氏族人方正玉，把包括上述內容的文章、書信收集在一起，取名《南山集》，正式刊刻發行於世。
康熙四十四年（1705年），戴名世從蘇州回到京城，參加順天鄉試，中第59名舉人，康熙四十八年（1709年），參加會試，中第一名貢士，殿試後獲一甲第二名進士，於是被清廷授予翰林院編修，參編明史。
戴一向為人直率，喜歡結交朋友，但恃才傲物，放蕩不羈，這在文壇、政壇上很容易得罪人。康熙五十年（1711年）十月，左都禦史趙申喬根據《南山集》中的內容，對戴提出奏劾。康熙帝覽疏後十分重視，立即指示刑部嚴察審明具奏。於是，開始了一場文字獄。
刑部接旨後即提審戴名世，戴名世稱《與餘生書》內方學士即方孝標，其所寫南明永曆人物傳記材料大多源於方孝標《滇黔紀聞》一書，於是由戴名世案引出方孝標《滇黔紀聞》
一案，整個方氏家族由此受到牽連。
方孝標，安徽桐城人，原名玄成，字孝標，為避康熙帝之諱，改字為名，別號樓岡。
順治六年（1649年）中進士，授翰林院編修，順治十二年（1655年）授經筵講官。順治十四年（1657年），江南科場案發，因其弟方章鉞考試舞弊受牽連，一同流放到寧古塔，順治十八年（1661年）釋放，返回故鄉。康熙九年（1670年），受平西王吳三桂之邀到雲南。
康熙十二年（1673年），清廷撤藩，吳三桂在雲南造反，貴州巡撫曹申吉也相附叛亂，並把外籍在滇者全部扣留。方孝標裝成瘋子，趁防衛疏忽的機會逃開，削發為僧，名方空，間道奔湖南衡州，拜謁大將軍順承郡王，順承郡王以其忠孝兩全授以國書龍牌，因此方孝標才回到了故鄉。
返回故裏後，方孝標將其在雲南、貴州所記的民間士民傳說，特別是永曆皇帝的死、南明忠臣義士、遺民政老舊聞掌故，以及大西農民軍李定國北伐等史事，進行整理成篇，稱為《滇黔紀聞》，收入所撰《鈍齋文集》中刊行。戴名世立誌修纂明史，遍訪遺書。他在研究了《滇黔紀聞》後，認為其關於史事的記載準確、屬實，於是在寫傳記、筆記的時候，凡是有關晚明史事，都采用了此種資料。
康熙五十一年（1712年）正月，刑部審查戴名世案，以《南山集偶鈔》刪除本朝年號，尊稱故明亡君等罪名，決定淩遲處死戴名世。方孝標因著《滇黔紀聞》中也有以上的話語，亦被棄其屍骸。二人之祖父子孫兄弟及伯叔父兄之子年16歲以上者都被判以立斬之罪；15歲以下者及母女妻妾姊妹、子之妻妾，給功臣家為奴；方氏族人擬發往烏喇、寧古塔；所有為戴名世的書籍寫序的人也都要處以斬刑。其實，《南山集偶鈔》中並未直接毀謗和藐視清王朝，它隻是在有關南明人物傳記中使用了南明各朝年號，說明南明三朝在曆史上是有一定的地位的。因此，康熙帝看到刑部奏議後，對書中承認南明一事並沒有放在心上，卻十分重視案內方姓族人。吳三桂反叛時，安徽歙州方光琛為其宰相，其子侄九人均被吳三桂授以要職，其子方學詩、方學禮最為著名。吳三桂病死後，方光琛輔助吳世璠與清廷對抗。“三藩之亂”平定後，方氏家族皆伏法，隻有方學詩一人逃掉了。刑部在奏南山集案時，引用《南山集偶鈔》原文，對方孝標隻稱方學士，但東北方言“士”與“詩”同音，翻譯為滿文為同一字。康熙帝審閱之後，以為方孝標就是方學詩，是方光琛的族人，因此批旨道：案內方姓人俱係惡亂之輩，伊等族人，不可留本處也。既然方氏族人曾任叛逆吳三桂所授之職，自然是與叛逆為伍，戴名世所著《南山集偶鈔》中引用方孝標書籍，也就有與叛逆同謀之罪，罪不可赦，這樣就使《南山集》案帶有了政治問題的性質。