在趙申喬參劾戴名世的同時，在江南又出現了督撫互參案，《南山集》案越加複雜。江蘇巡撫張伯行參劾兩江總督噶禮攬賣舉人，索取賄賂50萬兩。噶禮身為康熙乳母之子，又是皇太子胤礽黨羽，勢力強大，被張伯行所參並不甘心，遂發動其智囊搜羅張伯行7條罪狀反加彈劾，包庇為《南山集偶鈔》作序之方苞、致使此書在蘇州私自印行3000餘部，就是其中的一條，企圖把張伯行打入戴名世、方苞一黨。這樣就使《南山集》案與朋黨之爭混在一起，更為複雜。
方苞，字靈皋，號望溪，為戴名世同鄉，為《南山集偶鈔》作了序，與方孝標是同一家族，是方孝標的孫子。其實康熙當時並沒有把主要精力放在處理《南山集》案上，太子之間爭奪皇位問題正使康熙焦頭爛額。康熙四十七年（1708年），初廢皇太子胤礽,各皇子隨即展開激烈的角逐，皇八子胤禩最為積極。康熙四十八年（1709年），康熙被迫重新立胤礽為皇太子，讓其他諸子死心。但胤礽複立後，不思悔改，仍拉幫結黨，企圖早日登基。
《南山集偶鈔》案既與朋黨之爭絞在一起，使康熙皇帝必須慎重處理此案。
康熙五十一年（1712年）十月，皇太子胤礽再次被廢，同時，其黨羽兩江總督噶禮亦被革職。《南山集》案張伯行雖被牽涉，但因曾是康熙親譽的“天下第一清官”，又與太子黨人互為參劾，故康熙對張伯行特別偏袒，將他繼續留任，令他將方苞押送刑部處理；《南山集偶鈔》刻版在江寧起出，其餘免議；明確表示張伯行與《南山集》案無關。
康熙五十二年（1713年）二月，《南山集》案有了結果。戴名世從寬免淩遲，即處斬，燒毀《南山集偶鈔》《孑遺錄》書板，其家人等均加恩寬免；由之而發的方孝標案，此時康熙已知方孝標並非方光琛族人，遂降旨將其子方登峰、方雲旅、孫方世樵都從寬處理；為《南山集偶鈔》作序的汪灝因在內廷纂修多年，職務被革，也從寬處理，但令家口入旗；免去了方苞的死罪，家口入旗，後因其篤於經學，對古文十分精通，康熙特命其入值南書房，以備文學顧問，康熙五十二年（1713年），又負責編校禦製樂律算法諸書。
康熙五十二年（1713年）二月初十，處斬了戴名世，他的弟弟戴輔世把他的屍首葬在南山岡，《南山集》一案於是結束了。
乾隆年間對於修史時有關南明政權的稱謂，進行了專門的規定。乾隆四年（1739年），詔修明史成，幾年之後皇帝又專門下令：修明史的時候，可使用南明諸朝的年號，這方麵的文字之禍從此結束。
九子奪嫡
皇太子的兩廢兩立
太子被廢
清聖祖康熙四十七年（1708年），康熙帝廢掉已立為儲君34年的皇太子胤礽，在清朝統治集團內部引起強烈反響，幾位年長皇子拉幫結派，用盡了各種辦法來爭奪皇位。在競爭中隱蔽活動的皇四子胤禛後來居上，於康熙六十一年（1722年）君臨天下，登上皇帝的寶座。
康熙初年，輔臣鼇拜專橫跋扈，多次侵犯皇權，這就使康熙認識到皇權更換之際立皇子是何等重要，與其讓一位不會治理朝政的皇子由上三旗大臣輔佐，不如事先親手選擇，培養接班人，以避免幼帝成年收回皇權時重走老路。且滿族入關後受漢族傳統製度影響較大，康熙深悉儒家經典，知道皇權的繼續與鞏固是頭等大事。“三藩”之亂，吳三桂偽托“朱三太子”蠱惑人心，則是康熙從速立儲的直接誘因。康熙十四年（1657年）十二月，按照漢族立嫡立長的原則，聖祖詔告天下，立其皇二子、嫡長子胤礽為皇太子。