當時，還是貴人的葉赫那拉氏對她是又敬又怕。按照清朝宮中的規矩，妃嬪以下所有女子穿的服裝，都必須是窄袖長袍，不許穿裙子，頭上的發髻要統一梳成橫長式，站時要挺直腰板。待到冊立為妃時，穿著、發型和行動才能稍微自由一些。葉赫那拉氏剛進宮被選為蘭貴人後，為了討皇上喜歡，穿衣打扮超過禮製，頭型很誇張，恰巧被皇後撞到了，皇後就對她說：“拆了，重新梳妝。”大概從這時起，蘭貴人就對皇後有了不滿，隻是她當時地位不及皇後，隻能表麵上偽裝著。葉赫那拉氏是一個非常有心計的女人，她曾經公開說：“剛進宮的時候，宮裏所有的宮女都忌妒我長得漂亮，後來都被我製服了，皇帝非常寵我，等我生了皇子，地位就更加鞏固了。”她誰都可以製服，但她製服不了皇後。清代禁宮內有這樣一種規定：能夠與皇帝同房的妃嬪們都要由皇後決定，到傍晚的時候，由皇後撿出一些寫著妃嬪名號的牌子交給太監呈給皇上，皇帝留下哪個人的牌子，就召哪位妃嬪到皇帝寢宮去伺寢。如果皇帝想到哪個妃嬪宮中去住，必須先由皇後傳諭旨給那個妃嬪，告訴該妃嬪做好接駕的準備，然後皇帝才前往彼處，而且這種諭旨上必須要蓋上皇後的金印。
由此可見，皇後對各個妃嬪的製約是很大的，她不讓你見皇上，你就見不到，而妃嬪不見皇帝的麵，是無出頭之日的。在這些方麵，鈕祜祿氏皇後一向大度處之，從不心懷嫉妒，也不爭風吃醋，是個心地善良的人。葉赫那拉氏看出皇後的心腸比較軟，容易被拉攏，由於她入宮後，在皇後的住處坤寧宮當差，於是就處心積慮地逢迎，皇後逐漸對她有了很大的好感，於是對蘭貴人提供了許多方便，甚至在風流皇帝麵前時常說那拉氏幾句好話。當蘭貴人生了皇子載淳以後，地位開始慢慢地發生了變化，而鈕祜祿氏萬萬也沒能料到，她的這一做法，卻鑄成了大錯。
1860年，英法聯軍攻占大沽，兵進天津，直逼通州，欲進犯北京。鹹豐帶著妻妾和孩子倉皇逃到熱河的行宮。但仍舊沉溺於聲色之中，使他本來就已虛弱的身體越來越壞。第二年，鹹豐病逝。這一年，皇後僅僅二十四歲，葉赫那拉氏也不過二十六歲。
鹹豐死後，僅有六歲的載淳即位。尊皇後為母後皇太後，上徽號為“慈安”，稱慈安太後，尊其生母懿貴妃為聖母皇太後，徽號為“慈禧”，稱慈禧太後。因慈安居信在紫禁城東路的鍾粹宮，故稱“東太後”，慈禧居住在西路的儲秀宮，故稱“西太後”。
賢德勤儉，同治中興
慈安為人寬厚，心地善良，小皇帝載淳雖不是她親生的兒子，但她對載淳的關愛遠遠超過了載淳的生母慈禧，母子二人的感情非常好。在為載淳選後的事情上，慈安更是設身處地為他著想，怕載淳親政以後，年紀太輕，不能勝任繁重的政務，所以需要一位成熟賢淑，識大體而又能動筆墨的皇後輔助。出於這種考慮，她先同載淳商量，征得了他的同意之後，才明確堅持要立阿魯特氏為後。在二人完婚之後，慈安對皇後更是百般照顧，每次來請安時，都熱情相待。後來，在慈禧的挑撥下，皇帝和皇後開始分居，並釀成了悲劇。
在載淳去世後的幾天裏，也正是慈安細心地開導皇後，才使阿魯特氏有了重新生活的勇氣。
載淳繼位後，由於年紀還小，不能獨立理政，鹹豐臨終前曾命其寵信的王公大臣怡親王載垣、鄭親王端華，額駙景壽，大學士肅順和軍機大臣穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛八人為“讚襄政務大臣”，協助載淳處理一切政務；授予皇後“禦賞”印章，授予皇長子載淳“同道堂”印章（由慈禧掌管）。
鹹豐皇帝的原意是讓八大臣和兩宮太後的權力互相製約，顧命大臣擬旨後要請兩位太後蓋上“禦賞”和“同道堂”印章，既不讓輔臣一手遮天，又避免後宮專政。
後來，野心勃勃的慈禧，發動了“辛酉政變”，拉攏慈安一起，兩宮同治，實施垂簾聽政，在此期間，一些日常的事務由慈禧處置，但每遇朝政大事，還是要由慈安太後最後決定。
在以慈安為主的垂簾聽政時期，節儉自愛的風氣很濃，她常以東南太平天國未滅，國家正處在多事之秋為由，駁回一些大臣奏請大興土木重修圓明園的奏折。
當時，北京城內有一個名叫李三的大富豪，有錢有勢力，但是人品很壞。李三勾結廣東商人李光照，與圓明園管理大臣殷德拉上了關係。他們在小皇帝外出遊玩時前往參見，哄騙小皇帝答應重修圓明園。李三與李光照暗自高興，自以為可以大撈一把。為了能取得慈禧太後的同意，李光照用重金賄賂了大太監安德海，安德海開口要價二十萬兩白銀，經一番討價還價之後，最終以十萬兩白銀成交。不料李光照行賄的事情被恭親王等大臣知道了，於是上奏給慈安。慈安聽後大怒，立即下令刑部逮李光照入獄。而安德海因慈禧太後關照躲過了一劫，但是重修圓明園之事直到同治皇帝親政前，再也沒有被提起過。
慈安與慈禧密切配合，發揮己長，勵精圖治，在朝內重用奕、文祥、倭仁等重臣，外用一批優秀的漢族將領，如曾國藩、左宗棠、李鴻章等，使得同治年間出現了“中興之象”。