在甲午戰爭中，慈禧和光緒對日本侵略的態度截然相反。慈禧頑固保守，厭煩戰爭，特別擔心戰爭會影響她的六十大壽的慶典，於是置國家民族利益而不顧，一意主張妥協求和。以李鴻章為首的一批地方官僚為維護其私利，也力求退讓求和，屈膝投降。以翁同龢為首的一部分官僚則主張積極抵抗。在對日的和戰問題上，帝後兩黨遂產生了嚴重的分歧與激烈鬥爭。
在中日戰爭爆發前，日軍步步向中國進逼，在嚴重的侵略威脅麵前，是立足本國，積極準備抗敵，還是依賴外國調停，搞所謂的“以夷製夷”，構成了帝後兩黨的第一個分歧。
李鴻章奉慈禧旨意，竭力主張避戰，幻想通過英、俄等國的調停，和平解決爭端。針對這種情況，光緒二十年（1894年）五月二十二日光緒帝向李鴻章發出諭旨，明確指出，依照現在情形看來，口舌爭辯，已經無濟於事，並要李鴻章對俄使的調停提高警惕，說：“俄使喀布尼留津商辦究竟彼國有無助我收場之策，抑或另有覬覦別謀，李鴻章當沈幾審察，勿至墮其術中，是為至要。”李鴻章對光緒帝諭旨采取陽奉陰違的態度，仍集中主要精力會見俄、英等國使節。二十八日，光緒帝又向李鴻章發出上諭，嚴厲地斥責說：“前經迭諭李鴻章，酌量添調兵丁，並妥籌辦法，均未複奏”，並又一次強調“勢甚岌岌，他國勸阻亦徒托之空言”，要求李鴻章加強防禦。六月初二，又就李鴻章擅自乞求英國政府派艦赴日“勒令撤兵”一事，特意發出諭旨，嚴正申明：對日本的戰爭挑釁，中朝自應大張撻伐，不宜借助其他國家，以致日後別生枝節，並告誡李鴻章今後絕不要做乞求外力示弱於人的事。另一方麵，光緒帝為加強抗戰，集中國力籌備戰守事宜，又第一次公開冒犯慈禧的旨意，請求把修建頤和園工程的款項用來擴充軍費，慈禧對此勃然大怒。
愛國官僚積極支持光緒帝的主戰態度，翁同龢在戰爭烏雲密布之際，主張調東三省及旅順兵迅速趕赴朝鮮，以備抗戰。戰爭爆發後，慈禧命他去天津傳話李鴻章請俄國出麵調停時，翁以“臣為天子近臣，不敢以和局為舉世唾罵”為由，斷然拒絕了慈禧的旨意。李鴻章卻在慈禧的指使下，一再抗拒光緒帝的上諭，一味寄希望於外國調停，電令已被日軍包圍的駐朝清軍，“宜駐牙山靜守，切勿多事”“我不先與開仗，彼諒不動手”。這樣，中國軍隊完全陷入被動挨打的地位。
戰爭爆發後，是屈辱求和還是堅持抗戰，構成了帝後兩黨鬥爭的第二個回合。在日軍挑起豐島海戰與成歡之戰後，七月初一，清政府正式對日宣戰，命令李鴻章迅速派出各路大軍進剿，並諭令“沿江、沿海各將軍督撫及統兵大臣，整飭戎行，遇有倭人輪船駛入各口，即行迎頭痛擊”，於是全國出現了一個令人振奮的抗戰局麵，主戰派暫時占據了上風。
然而李鴻章等人卻對國內出現的這種奮發局麵怏怏不樂，徐用儀、孫毓汶等軍機大臣，極力幹擾破壞光緒帝組織的抗戰和試圖整頓軍政的努力，使陸軍在平壤戰敗和北洋水師在黃海之戰中遭受嚴重損失，清政府的抗戰很快出現了一落千丈的頹勢。
平壤、黃海之戰失敗的消息傳來後，舉國上下一片震驚，後黨在這時乘機散布妥協投降論調，開始同英、俄公使頻繁接觸，再次施展故伎乞求外國調停。帝黨為了堅持抗戰到底，要求嚴懲李鴻章，並把主持軍國大計的軍機大臣交部議處，從“玩法營私”的徐用儀、孫毓汶等慈禧親信手中奪回軍事指揮大權，重新起用與慈禧素有舊怨的恭親王奕主持軍機處。雙方鬥爭的結果，給予了李鴻章“革留摘頂”的處分，奕也重新主持軍機處和總理衙門。另一方麵，慈禧則下懿旨，以“幹預朝政”的罪名，將珍妃、瑾妃降為貴人，把堅決支持光緒帝抗戰的誌銳發送到烏裏雅蘇台，並撤銷滿漢書房，使光緒帝再沒有機會接近自己的親信近臣。慈禧對帝黨人物采取了上述處罰鎮懾措施之後，背著光緒帝決定對日求和。重新上台的奕,也有免於光緒帝的期望，沒有違背慈禧的求和意圖，繼續堅持反侵略戰爭，而是加緊對日進行議和活動。
當然，帝黨的反侵略鬥爭也不徹底，他們在後黨的打擊下，在戰敗的既成事實麵前，最終隻有接受辱國喪權的不平等條約，但他們比起後黨的賣國投降，多少表現了一定的愛國主義精神，從而使帝後兩黨從權力之爭的狹小圈子中跳出來，具有了抵抗和投降，愛國和賣國的鬥爭性質。
甲午戰後，光緒帝“憤外難日迫，國勢阽危，銳欲革新庶政致富強”。翁同龢認識到隻有變法才能圖存自強，必須采取西法改革清政府。在維新思想的影響下，光緒帝終於開始認真考慮康有為所提出的變法事宜。從此之後，翁同龢日益親近維新派，支持和資助康有為在北京創辦強學會，並把康有為密薦給光緒帝，溝通了維新派同光緒帝的關係，使之得以互相結合起來。於是帝黨便走上了維新變法、救國自強的道路。帝後兩黨之間的鬥爭，又圍繞變法維新展開了。