前後不到3個時辰，搗毀了平海衛倭巢，殲滅2451人，繳獲器械3961件，救出被擄掠的男女百姓3000多人。
此後，戚繼光、俞大猷、劉顯分別率軍馳騁福建沿海，橫掃攻掠連江、寧德、福清、同安、漳州等地的倭寇，使福建沿海暫告平靜。
收複平海衛的捷報傳至京師，嘉靖皇帝非常高興，特地為此舉行了一次隆重的告謝郊廟的典禮，慶祝平海衛大戰的勝利。
平海衛大捷後，福建沿海的倭寇雖然遭到了沉重的打擊，但並沒有被徹底殲滅，特別是一些倭寇把掠劫的金銀財寶運回日本後，又引來了新的倭寇。
嘉靖四十二年（1563年）冬，倭寇2萬多人，分乘上百艘的艦船，陸續在福清、興化、泉州、漳州等地登陸，福建沿海又燃起漫天烽火。
麵對蜂擁而來的倭寇，戚繼光指揮軍民在一個月時間內與倭寇水陸交戰12次，每戰必捷，斬殺倭寇3000多人。倭寇到處受到打擊，遂改變策略，由分散擄掠逐漸形成合力，攻城略地。當時，圍攻仙遊的倭寇就有2萬人。仙遊知縣陳大有和白嶺巡檢司巡檢殷功率領全城軍民誓死守城，並向戚繼光求援。但是，這時的戚家軍駐守各地，兵力分散，加之長期作戰，部隊減員較多，又得不到休整和補充，對付卷土重來的倭寇，確實存在不少困難。
這些困難，對於戚繼光來說，是不可怕的，也是難不倒的。真正使他感到可怕的是官員們缺乏一致抗倭的思想。他希望鄰近的浙江、江西、廣東三省能夠迅速派軍增援福建，解救福建的危急。可是三省督撫大官，存有地域之見，不肯輕易發兵，生怕自己轄區兵力削弱，導致倭患。特別是浙江，是他戰鬥多年的地方，過去胡宗憲任總督期間，對他還是器重的。去年（1562年）首輔嚴嵩被罷職，胡宗憲因巴結嚴嵩，同年十一月也遭彈劾，被捕下獲。戚繼光因此也受到一些官員的指責，他從浙江調動戚家軍士兵，也遭到重重阻撓，遲遲不能入閩。此外，他的官職是個副總兵，還沒有令行禁止那樣大的權力，他的命令還不能在防守的福建和浙江地區內暢通無阻，使他非常焦急。為了取得抗倭戰爭的勝利，為了盡快消滅福建的倭寇，戚繼光毛遂自薦，請求朝廷授予他“統一浙福之責”，賦予他“節製調度之權”。他的親密戰友、上司譚綸也上疏推薦，希望明廷委以重任，使他能夠施展“千裏之才”。在軍情緊急的情況下，譚綸的奏疏很快得到批複。這一年的十一月，戚繼光升任福建總兵官，鎮守福建全省及與福建相鄰的浙江省金華、溫州兩府水陸軍務。
戚繼光受任於倭患嚴重之時，在譚綸的支持下，立即調整抗倭部署，調一部隨監軍汪道昆返回福州，以防止倭寇突襲省城，一部防守閩江和興化，防止倭寇深入腹地，又命把總傅應嘉統轄3000名水軍駐守漳州和泉州，確保福建沿海要地無虞。一切部署穩妥，戚繼光就和譚綸一道，親統6000名戚家軍將士投入解圍仙遊的戰鬥。
到了仙遊，戚繼光將部隊駐紮在離倭寇20裏的俞潭浦、沙園一帶，親自察看地形和偵察倭情。倭寇已經環繞著仙遊城，在東南西北四個門建立巢穴，對仙遊城發動進攻。