尊重達賴西藏的佛教，曾分有噶興派和格魯派等派別。格魯派穿黃色禪衣，故稱黃教，提倡苦行，敬重戒律，不娶妻，禁飲酒，戒殺生等等。黃教創始人宗喀巴，在明朝洪武二十五年（1392年），在他最得龐的八個子弟中選了二人，一人為第一世達賴，一人為第一世班禪。此後，達賴、班禪都采取“轉世”相承，互為師徒。黃教在群眾中威信不斷提高，贏得明朝政府的好感。明萬曆六年（1578年），蒙古韃靼部土默特萬戶首領俺答，邀請三世達賴索南嘉措到青海會晤，贈送給了他“聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛”的尊號。“達賴”，蒙古語為大海的意思，“喇嘛”，是藏語上師的意思，這就將達賴喇嘛奉為海一般的大師。此後，就有了達賴喇嘛這一稱號。
後來五世達賴和四世班禪，於明崇禎十四年（1641年），在蒙古和碩特部首領顧實汗的支持下，取得了西藏地方的統治權，但實際上西藏地方完全受顧實汗的控製。
清崇德四年（1639年），皇太極專門派人致信達賴喇嘛，請他致力於宣揚佛法，利益眾生。後達賴喇嘛派使團到盛京朝貢時，皇太極予以最高的禮遇，親自率諸王貝勒大臣出懷遠門迎接。清順治九年（1652年），達賴喇嘛率使團到北京，皇帝福臨派了和碩承澤親王碩塞等，率八旗遠程迎送。還在北京修了一座西黃寺，專給達賴喇嘛居住，並封他“西天大善自在佛所領天下釋教普遍瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，由朝廷冊封達賴喇嘛的製度從此開始。
康熙帝無論對佛教還是道教，都是不大感興趣的。十一年二月，他在赤城（今屬河北）見一道士跪在路旁，就叫兵部尚書明珠前去問清原因，原來這個道士的廟在離赤城30裏的金閣山，廟名為靈真觀。現聽說皇帝到了這裏，特請皇帝另賜一個廟名。康熙聽後說：“此道士妄幹僥幸，求賜名號，意欲蠱惑愚民。”遂告訴道士，他自己親政以來，這種求賜觀廟名號的，一概不準。況且古人崇拜教的，結果都是無益而有損。並舉例說：梁武帝酷愛佛教，最後餓死於台城；宋徽宗好信道教，父子都做了金國的俘虜。
康熙雖不信教，但仍繼承祖輩尊崇達賴喇嘛、撫綏蒙古的既定國策，經常派人去西藏看望達賴和班禪，給他們贈送貴重的禮品。康熙還規定每年給達賴喇嘛撥5000兩白銀，作為他贍養僧眾之用；給班禪50大包茶葉，作為僧眾熬茶之用。所以，達賴喇嘛和班禪，對朝廷也十分敬重，按期進貢。
西藏受驚達賴喇嘛與蒙古和碩特部首領顧實汗，在西藏建立了聯合統治後，其勢力發展很快，擴建了拉薩的布達拉宮，使之成為全藏的宗教聖地，並以勢迫其他教派改宗，擴大黃教勢力。同時，以達賴喇嘛為首的西藏地方勢力與蒙古和碩特部在西藏的統治勢力，逐漸產生了衝突。
康熙十八年（1679年），達賴五世任命他的親信桑結嘉措為“第巴”（達賴、班禪屬下的執事官）。達賴五世對桑結嘉措特別有感情，在他8歲時就接到布達拉宮，進行精心的培養，使其成了一個知識淵博的青年。二十一年（1682年），達賴五世去世，桑結嘉措匿喪不報，並打著達賴五世的旗號，反對蒙古和碩特部首領達賴汗（顧實汗的兒子），又暗中勾結噶爾丹，支持他侵犯喀爾喀蒙古，並唆使其與清廷對立。
桑結嘉措隱匿達賴五世的喪事，過了15年後，被康熙派人去查清了。三十六年（1697年），桑結嘉措公布了達賴五世的喪事，同時宣布已擇定倉洋嘉措為轉世靈童，稱達賴六世。
達賴汗堅決反對，矛盾日益尖銳。四十年，達賴汗死，其子拉藏汗繼位。拉藏汗了解到，新立的達賴六世倉洋嘉措雖才華出眾，但十分厭倦清教徒生活，故將其稱之為假達賴，並向朝廷報告了他的不端行為。四十四年（1705年），拉藏汗打敗了藏兵，殺掉了第巴桑結嘉措。