康熙因桑結嘉措長期匿喪，又支持噶爾丹搞叛亂，對他很不滿。所以，就袒護拉藏汗，封他為“翊教恭順汗”。拉藏汗捉拿了倉洋嘉措解送北京（在青海途中死去），引起西藏上層人士及民眾的不滿。因此，在西藏存在著一股反對拉藏汗的潛流。
取代噶爾丹的準噶爾部首領策妄阿拉布坦，開始對朝廷很恭順，積極配合清軍打擊噶爾丹。康熙對他也比較信任，將噶爾丹的餘眾都歸屬於他，承認他為準噶爾部的合法首領。但時隔不久，策妄阿拉布坦隨著統治勢力的擴張，即陸續吞並周邊各部，一直窺測著西藏事態的發展。當拉藏汗在西藏遭到孤立，向他求援時，他首先娶拉藏汗的姐姐為妻，後來又將拉藏汗的長子丹衷招為女婿，因而取得了拉藏汗的信任。
康熙五十五年（1716年）十一月，策妄阿拉布坦以護送丹衷夫婦回西藏省親為名，派其表弟策零敦多布率兵6000，從伊犁繞南疆戈壁，越和闐（今新疆和田）南大雪山，晝伏夜行，向西藏進發。五十六年七月初，由藏北騰格裏海（今納木錯）直進達木（今當雄）。當時拉藏汗正在用兵於青海，藏北兵力空虛，對兒女親家毫無戒備。聽說有大批人馬護送自己的兒子和媳婦回來省親，正準備到達木迎接。這時突然接到其次子報告了準噶爾兵進藏的企圖。拉藏汗急忙調集兵力，急馳到達木一帶阻擊，連續堅守了3個月，雙方互有傷亡。後拉藏汗兵逐漸抵擋不住，退踞拉薩，急速派人向朝廷求援。
準噶爾兵於十二月二十八日夜圍攻拉薩，第二大就占領了全城。殺死了拉藏汗，擄掠了其家口及各寺廟的兵器送往伊犁。接著，準噶爾兵對拉薩城進行了兩晝夜的洗劫。拉藏汗的次子蘇爾紮率數十人突圍，不久仍被抓獲，蘇爾紮的妻子脫逃奔青海，向朝廷報告了詳細情況。
策零敦多布遵照策妄阿拉布坦的指令，在拉薩組成了以達克咱為第巴的親準噶爾政權，遂發兵進攻“前藏”（拉薩以東至四川一帶）等地，準備長期占領西藏。
初戰失利五十六年（1717年）七月，康熙接到駐守新疆巴裏坤的靖逆將軍富寧安的報告，得知了準噶爾兵進藏的消息。當時康熙還不清楚策妄阿拉布坦進兵的真實意圖。他有兩種估計：一是為了爭奪西藏，一是為配合拉藏汗進兵青海。對第一種估計認為可能性不大，重在第二種估計。因此，康熙決定在青海等地備兵，以防不測。九月初，派侍衛色楞等赴青海了解情況，具體交代了不同情況處置策略。
十月下旬，康熙接到青海蒙古和碩特部首領羅卜藏丹津的報告，弄清了準噶爾兵進藏欲滅拉藏汗的確切消息。五十七年初，康熙才收到拉藏汗的求援信，這時拉藏汗已不在人世了，便命令侍衛色楞所統領的滿洲、綠旗及從西寧調集的兵共2400人赴藏救援。康熙所以隻派這麼一點兵力，和他不明準噶爾兵力的情況有關。因為有的報告說準噶爾兵是6000至1萬，有的報告說是3000，而真正到達西藏的隻有2500人，等等。康熙估計，如果是2500人，經過幾個月作戰，現最多也不過2000人。他回想起前兩年，準噶爾兵2000餘人掠哈密，官兵僅用200人就將其擊敗了。現用2400人對付2000人是足夠的了。
康熙的輕敵思想影響到色楞。五月十三日，色楞率兵進至青海與西藏交界處的穆魯烏蘇（今青海通天河），接到康熙暫停進兵的命令，要他等將軍額倫特派人將準噶爾兵引出來後，再分進合擊。但色楞急於求成，怕等額倫特兵到會耽擱時間，貽誤戰機，便率兵越過穆魯烏蘇，從拜圖一路深入藏地。康熙得知色楞冒進，即命令額倫特迅速進兵策應。額倫特於六月十八日起程追趕，直到七月二十日才在喀喇烏蘇（今西藏那曲）追上。兩軍會合後，準備渡河占領狼臘嶺，然後進到達木地方。