恭親王和兩宮太後克服重重困難，救大清以及大清皇室於水火之中。但是聯合攝政才剛剛開始，他們之間就產生了分歧，形勢發生微妙變化。
對於這次分歧的細節我們不得而知，但從1865年4月2日兩宮太後發布的詔書中可以看出一些端倪。恭親王自視甚高，並希望兩宮太後能夠以他為尊，因此兩宮太後準備發布詔書，聯手罷黜恭親王，將其排擠出權力中心。這便是此事的大致情況。還有傳言說恭親王手握大權，因此他變得狂妄自大，驕橫無比。
很快，兩宮太後的詔書發布，恭親王甚至來不及反抗就從權力最高位掉下來。他的黨羽們，包括他主持軍機處時的黨羽，立即上奏以示強烈反對。其中一名請願者甚至大膽地上奏說，一旦皇室成員間產生誤解，將會導致朝庭發生連鎖反應。後來，還有一名官員鋌而走險，也用類似的措辭威脅慈禧，但最終他會為自己的魯莽深感懊悔，因為他將會為此付出慘痛代價。
當時的慈禧剛剛攝政，此時的她充滿危機感。慈安雖然對權力沒有多大野心，但她在朝中威望極高，因此慈禧不得不與之妥協。
不久，恭親王發現事態嚴重，便趕忙向兩宮太後道歉並乞求她們原諒，一個月之後，恭親王除了軍機處職務沒有被恢複，其他一切照舊。為了修複與恭親王的關係，兩宮太後還把恭親王的女兒認作養女，給予她皇室名號與特權，這些一直保留至今。
這一事件對恭親王在皇室地位的影響大家眾說紛紜。有人認為自此以後他失去了之前所擁有的權力；另外一些人則認為他跟之前一樣仍在皇室中扮演著重要角色。恭親王在此事之後，似乎汲取到深刻的教訓，變得小心謹慎。當然，這也是兩宮太後希望的，她們希望他明白權力的中心不是他，隻有與她們合作，乖乖聽從調遣，他才能繼續掌控之前在政治鬥爭中獲得的權力。
慈禧對恭親王的打擊不止這一次。還有一次是恭親王在朝中正是春風得意時，慈禧為避免恭親王手中權勢過大，便設法削弱了恭親王在朝中的地位。這反而使得在打擊太平天國運動中表現出色的曾國藩和李鴻章在朝中站穩了腳跟，勢力大漲。
曾國藩是著名哲學家曾子的後人，曾氏家族為此感到十分驕傲。曾國藩最為常人所熟知的身份是軍事將領和學者。曾國藩的學術造詣使他在翰林院中光芒四射，而在與太平軍對抗的長沙會戰中他所表現出的英勇善戰使他得到朝廷的重視而平步青雲。1864年鎮壓太平天國運動時，他不負眾望，率領軍隊一舉攻破南京。在成功鎮壓太平天國運動之後，曾國藩被冊封為侯，這使得他在大清的地位首屈一指。雖然在天津教案（稍後會對此做簡單介紹）發生時，正任直隸總督的曾國藩遭受了不少謾罵，但作為大清一名高素質人才，他給一些歐洲觀察者留下了較好的印象。
李鴻章與曾國藩有所不同。他的愛國情懷與曾國藩不相上下，但同時他還奉行著強烈的利己主義。李鴻章生於1823年，太平軍進軍他的老家安徽時，他30歲。過去，李鴻章與父親在合肥同住。與曾國藩一樣，他通過自己努力，最終成為了政府軍隊的將領（他曾經組織團練過自衛軍）。在他的帶領下，軍隊屢獲奇功。
曾國藩比李鴻章成名更早一些，這使得曾國藩在工作中給予李鴻章不少幫助，這也使他們之間產生了深厚的友誼，這份情誼一直持續到他們耄耋之年。
在鎮壓太平天國運動中，李鴻章同曾國藩一樣升遷迅速，官至兩江總督（兩江總督管轄區域為江西、江蘇以及安徽）。戈登注意到李鴻章時，他已經是常勝軍的指揮官了。太平天國運動結束後，李鴻章不僅被冊封為侯，還被賜予黃馬褂。此時，一些人腦中也許會浮想起李鴻章出訪時在一些場合中穿著孔雀藍袖子的金色外套的形象。
李鴻章一直致力於為國家服務，直至其生命的最後他也從未忘記過國家。朝廷也十分欣賞他的才智，並給予他很多為國貢獻的機會，然而，這也不能讓他與朝廷真正的當權者接觸。
事實上，由於宮廷禮節，兩宮太後與官員不能直接接觸。李鴻章在鎮壓太平天國運動中已經取得了很多成就。因此河南、山東爆發撚軍起義時，他被朝廷派去鎮壓此次起義。1870年，他才與朝廷開始直接接觸。朝廷傳喚其到北京，希望他能夠救大清於水火之中。