1898年9月初，紫禁城中的光緒帝與頤和園中的慈禧太後之間已經勢同水火，雙方達成共識的希望渺茫。
正熱心於改革的光緒帝發現那些反對他改革的人已經簇擁在慈禧太後周圍，並對他怨聲連連。以康有為為代表的改良派催促光緒帝對此立刻采取措施，趕快結束如此危急的局麵。此時康有為和他的幾個密友深感壓力，因為一旦慈禧太後出麵，他們的境地就十分危險了。他們建議光緒帝首先應當想方設法擺脫李鴻章，一方麵是因為他年紀過大，對於如此徹底的改革肯定會堅決反對；另一方麵，也是最重要的一方麵，他是在頤和園頤養天年的慈禧太後最信任的人。光緒帝為掃清改革路上的最大障礙，重振大清雄風，最後戰勝了自己對慈禧太後的感激之情，同意罷免李鴻章，逮捕慈禧太後。
慈禧太後方麵，雖然在“禮部六堂官”事件之後，在禮部官員麵前並沒有做出任何表態，但是她已經下定決心在適當的時候站出來阻止光緒帝的變法。在那些完全誤解慈禧太後性格的人的眼裏，她是所有改革的反對者，此時，他們認為她肯定會站出來對推行改革者予以打擊。但是在隨後的事件中，我們卻可以看出，她並不厭惡改革，實際上，她與光緒帝一樣，也是一個大膽的改革創新者。1898年她嚴厲打擊鼓動光緒帝推行改革的改良派，並不是因為她不喜歡改革、進步，而是因為她不滿他們打擊她在朝中的勢力，也害怕他們的成功會給她帶來牢獄之災，甚至是死亡。
慈禧太後對中國這些新生力量的恐懼並不是沒有道理的。他們已經下決心不惜一切代價，把她的支持者一個一個殺掉，然後讓她也徹底消失。
北京城中有傳言稱雖然慈禧太後在頤和園頤養天年，但她仍然消息靈通，深諳宮中之事。在對所有的流言和猜測保持沉默的時候，她心裏早就有所打算。她已經時刻準備著，當危險來臨時，及時地站出來保護自己。
正如我們所知，慈禧太後對直隸總督以及北京憲兵司令的人選異常關心，她希望這個人就是榮祿。然而，榮祿的影響力卻受袁世凱製約，袁世凱才是京畿部隊的真正首領。光緒帝認為，他可以信任袁世凱，在改良派的建議下，光緒帝將袁世凱從天津召回，並命他逮捕並處死榮祿，然後率兵挺進頤和園，囚禁慈禧太後。
現在，戊戌變法的成敗與否關鍵就在於袁世凱了，在西方人眼中，袁世凱是一個勇敢、正直、胸襟廣闊的人。但是在某種程度上，他是一個機會主義者，並且對自己身上的責任缺乏認識。
1898年9月，袁世凱拋棄了對光緒帝的忠誠，選擇了背叛。他離開北京城後，直接找到榮祿並告訴他光緒帝委托他所做之事。因此，改良派以及光緒帝的弟弟醇親王載灃（載灃於光緒十六年襲王爵，成為第二代醇親王。）都對袁世凱恨之入骨。
袁世凱成了慈禧太後的救命恩人。而當榮祿得知光緒帝的陰謀後，立即秘密回京。到京城後，他叫上慶親王，兩人一同快馬加鞭趕到頤和園。慈禧太後接見了他們，仔細聆聽了他們所彙報之事後立即命人備轎。在一些太監的陪同下，慈禧太後於淩晨從萬壽山迅速趕往北京城，並抓住了紫禁城中無數宮女和太監簇擁下的“最孤獨的人”--光緒帝。
沒有一場革命是不驚心動魄的。接下來，理應是各種流血事件了，然而，這一次卻沒有流血。在慈禧太後到達紫禁城，走到光緒帝麵前時，光緒帝遭到了慈禧太後凶狠地責罵。在這樣的情況下，光緒帝的任何抵抗都是無謂的，他乖乖地把玉璽又重新交到慈禧太後手中，而這玉璽他隻用了很短的一段時間。在慈禧太後的威嚴下，光緒帝嚇得動彈不得。此時，他所能做的隻能是偷偷傳一份密詔給康有為。在密詔中，光緒帝說道“朕常常仰窺皇太後聖意，但她卻不願意變法，甚至還暴怒無比，朕擔心，如此強硬推行下去，朕位將不保。”在密詔的第二部分，光緒帝告訴了康有為事情發生的經過，還告訴他：“朕如今正深陷於恐懼之中，這種恐懼用言語難以形容。現在，你趕快為朕想一良策，救朕於水火之中，然後你立刻逃往國外，避開風頭。”
多虧了光緒帝的密詔，康有為才能夠及時出逃。逃出中國後，康有為原計劃到英國避難，但英政府卻不想招惹是非。無奈之下，他轉而求助日本，但不久之後，支持中國變法的大隗重信內閣倒台了，新上任的山縣內閣認為康有為在日會妨礙對華外交，便對他下了逐客令。在一些朋友的幫助下，他偷偷回到天津，並搭上了從上海開往香港的船。康有為胞弟康廣仁以及其他維新誌士就沒那麼幸運了，他們還沒來得及逃出北京就被逮捕了。
現在，光緒帝完全處於慈禧太後的控製之下。1898年9月21日，一道以光緒帝名義發布的詔書出現在世人眼中，具體內容如下：
“如今事務繁多且緊急，雖然朕盡了最大的努力，但對於一些事務仍然力不從心，而自從同治帝去世後，尊敬的皇太後已經有兩次成功的訓政，這也是大清祖先給予大清帝國的無尚榮耀，因此在朕的再三請求之下，皇太後終於答應再次進行訓政。皇太後再次訓政，這也是大清子民的福氣。從今日起，皇太後將在偏殿開始垂簾聽政，與各位大臣共同商議國家大事。”