慈禧太後被曾經目擊過義和團神奇力量的端王說服，最終下定決心將所有賭注壓在義和團身上，希望義和團能夠將中國從外國人的魔爪中救出。但我們並不知道，慈禧太後做出這一艱難的決定究竟花費了多長時間。
一些義和團拳民被召到慈禧太後麵前，他們嘴裏念叨著咒語，試圖取得慈禧太後的信任。不管怎樣，慈禧太後似乎相信了他們真的擁有超自然的力量，並打消了她與外國侵略者開戰的所有疑慮。接著，義和團挺進北京，慈禧太後心中的天平徹底偏向義和團一邊。
在慈禧太後離開頤和園前發布的最後一道詔書中（與往常一樣，仍然是以光緒帝的名義），她表達了對外國人的些許不滿。然而，在這道詔書中，她措辭十分巧妙。首先，對“西方宗教”在中國傳播多年中，並沒有對中國的和平造成破壞進行肯定。接著，話鋒一轉，說道：近些年來，隨著教堂數量的不斷增多，西方宗教傳播的負麵影響就漸漸顯現了，一些謊稱是基督教徒的人對一些鄉下人欺淩辱罵，造成社會動蕩。
也許這樣的說辭會讓傳教士感到不悅，但從此以後，義和團運動的曆史便有跡可循了。我們將會看到越來越多的人為驅趕洋人加入到這次愛國運動中。朝廷下令說，那些製造事端的罪魁禍首將麵臨最嚴厲的懲罰。如果義和團中有人在當地造成惡劣影響，那麼相關官員就會被斬首示眾。榮祿被委托調查這些行為是否過當，是否真的構成犯罪。
1899年6月9日晚，慈禧太後攜光緒帝以及滿朝文武官員回到北京城，護送慈禧太後的清軍整齊劃一地在街上行走，場麵頗為壯觀。
同一天，位於北京西部三英裏處的馬場大看台被燒毀，一名義和團員將一名中國基督教徒扔進火中。與此同時，一名中國人將慈禧太後公開聲稱要將洋人驅逐出境的消息泄露給英國公使。他還對英國公使說，董福祥已經做好襲擊公使館的準備了。
此刻，形勢已經極其危急了，外國公使已經沒有時間可以浪費了。竇納樂隨即發了一份郵政電報到天津，命西蒙上將率軍挺進北京，而其他國家的公使同樣也在火速聯係本國軍隊。10號，西蒙上將回信說，經榮祿總督的同意，他已經組織了九百人開始修複天津鐵路。
也是從這時開始，天津鐵路沿線所有電報通信線路被切斷，而郵政通訊線路也開始陸續遭到破壞。6月17日，除了張家口地區的線路幸免於難之外，其他線路均已中斷，北京無法跟外界聯係，變得孤立無援。
西方在京人員由於護衛隊的保護，人數驟增，附近地區的洋人因此也聚集到北京來。對於朝廷而言，此時的情況，與被包圍無異。11日，日本公使杉冰在去城外火車站的路上被殺。12日，德國公使克林德在使館街上抓住了一名身著義和團服裝的男子。12日當晚，義和團大規模地進入北京內城。接著，教會建築、洋人的財產以及中國基督教徒的房子遭到義和團的猛烈襲擊，而基督教信徒則被殘忍殺害，街上到處都是他們的屍體。
對於清政府針對此時的形勢所作出的反應我們不敢苟同。從人們口中我們可以聽到關於清政府的各種說法，綜合他們所述，我們能大致了解朝中的狀況。首先，慶親王不再擔任總理衙門大臣，原因是他們在處理義和團中過於畏首畏尾。端王接替了慶親王職務，總管總理衙門。
6月16日，西方海軍向清朝大沽口守軍首領下達最後的通牒，開始的時候，慈禧太後隻召集了皇室宗親進行商議，後來，滿漢所有官員都參與到其中。慈禧太後發表講話，主要內容為：中國受各國侵略者壓迫多年，現在終於到了生死存亡的緊要關頭，全國人民必須奮起反抗，保護大清王朝。
慈禧的提議得到大多滿族官員的支持，但一位開明官員，大清駐俄使臣許景澄說道，與全世界開戰是不可能的。康義認為，此次對外戰爭與之前的不同，因為現在有刀槍不入的義和團站在清政府一邊。有位官員說，有一些義和團拳民已經被殺死了。
慈禧太後聽完官員的爭論後卻不發一語。曾國藩一家建議，天子腳下的土地神聖而不可侵犯，希望慈禧太後將戰場移出北京，並放棄對所有列強開戰的想法，因為其中有一些國家對中國是友善的。那桐（那桐是一名滿族官員，在端王手下打理神虎營，總理衙門大臣。在1900-1901年間，那桐因在戰爭將要爆發之際，宣稱支持和平而遭受到外國人的攻擊。他被同僚們稱為賣國賊）對此頗為讚同。接著，康義提議，既然那桐和許景澄聲稱熱愛和平，那麼應該指派他們去阻止西蒙率領的海軍部隊。