在德國公使被殺後，襲擊公使館之前，清政府發布了一道以光緒帝名義發布的詔書。在提及洋人要求大沽口的清軍投降一事時，光緒帝被迫說道：“朕親政三十年以來，視大清子民如同自己的孩子，大清子民也遵從上天的旨意敬重朕；在處理朝事時，朕受到了慈禧太後的鼎力支持。除此之外，大清列祖列宗也時刻在朕身邊給予朕幫助，天上神靈也聽到了朕的呼喚，在如此危急時刻，大清中所有一切都顯現了忠誠和愛國。為了奪回被洋人破壞的祖先留下來的聖地，朕含淚向世界宣戰。”這道詔書在最後說道，洋人依賴先進武器征服中國，而中國則相信天意，相信正義一方定會取勝。
稱讚義和團的政府公告如潮水般湧來。最令人注意的是7月2日的一則公告，其中勸告所有義和團拳民要保持忠誠，號召所有的信徒對他們“想要脫離組織”的錯誤想法進行懺悔，並宣稱自從中國與西方列強開戰以來，各國傳教士就應迅速滾回他們老家。但其中還指出：“為保證他們安全回家應采取一些必要措施。”？
顯然，現在義和團已被政府視為一個竭盡全力幫助清政府進行對外戰爭的“愛國民間組織”了，而外國傳教士和中國基督教信徒被認為是敵人。
？傳教士史密斯先生把這個公告稱為“一次對所有外國人、傳教士的殘殺，也是對中國基督教徒的一次肅清”。當然，史密斯先生的措辭過於極端，扭曲了事實真相。
值得一提的是，即使在義和團運動達到最頂峰的時候，清政府所發布的詔書中也沒有出現過過於激烈的措辭。這可能緣於榮祿。榮祿與慈禧太後一樣，十分反對那些極端分子以及極端的言辭。
1900年7月9日，李鴻章以兩廣總督調補直隸總督兼北洋大臣，這是大清封疆大臣中的最高職位。再次任命他為直隸總督也顯現了慈禧太後此時急躁而又惶恐的心情。
如今，局勢已發生了微妙的變化，而對於公使館的圍攻也漸漸鬆懈起來。7月18日，清政府與部分國家達成了停戰協議。在同一天，清政府發布了一份詔書，對杉山先生和克林德公使的死亡表示遺憾，同時表示要繼續加強對洋人的保護，並派出了一個調查組專門針對洋人的死亡和錢財的丟失進行調查。關於各國公使攜家屬轉移至天津的話題現在又被重新提起，榮祿被指派去挑選一些值得信賴官員和軍隊安全護送他們到天津。但這份詔書對義和團卻避而不談。
此時，神虎營已經難以控製了。董福祥率領的甘軍和義和團中的一些散兵均不買清政府的帳。7月25日，義和團再次開火。緊隨而來的是三天後總理衙門向公使團的道歉。事態進一步惡化。8月6日清晨，一次極為嚴重的暴力襲擊開始了。對此，總理衙門繼續賠禮道歉，聲稱對各國的損失表示遺憾，但其中還指出，是洋人首先向清軍開火。此時，針對公使館的圍攻已經到達了尾聲。1900年8月7日，總理衙門宣告，李鴻章為全權大臣，處理和平協商事宜。8月11日，他要求與外國使臣進行一次會晤。但在當天晚上，東交民巷使館區的炮火異常猛烈。8月14日，圍攻進行的第56天，各國聯軍向北京內城進攻。
到了8月份的時候，慈禧已經攜帶光緒帝等逃離北京了。隻有從那些立場搖擺不定的詔告，以及前後矛盾的指令中，我們能夠間接推斷出慈禧太後的心路曆程。
義和團所宣稱的天神相助以及刀槍不入曾經讓慈禧太後以及廣大民眾深信不疑，雖然義和團拳民麵對先進的西蒙海軍時英勇無比，但此時，慈禧太後以及廣大民眾想要徹底驅除洋人的願望似乎徹底破滅了。據說，慈禧太後在與李鴻章的一次談話中說道，她徹底對義和團失去了信任。此時，她的頭腦又完全清醒過來，但隨之而來的，則是無盡的絕望。
隨著慈禧太後的西逃，在7月底8月初的時候，北京城已經真正處於無政府狀態。後來發布的詔書對過去的事避而不談，對眼前的形勢不以為意，總理衙門稱此時仍為和平狀態，大清將士們如今經曆的是一場特別的戰爭，清軍在戰爭中並不會損失一兵一卒。
詔書發布不久，聯軍便抵達了京城大門。麵對如此危急的情況，清軍卸下了他們的武器，脫下了他們的軍服，丟棄了他們的旗幟，甚至連食物也不要了，作鳥獸散。難道他們這麼做是為了蒙蔽洋人，最後，出其不意攻其不備，給他們致命一擊嗎？
此前，洋人挺進京城時，朝廷已有逃跑的先例。1860年，鹹豐帝攜文武百官逃往熱河，隻留下他年輕的弟弟恭親王與洋人斡旋。如今，慈禧太後帶著光緒帝以及文武百官西逃。其實早在7月份的時候，坊間就有傳聞稱如果各國聯軍挺進北京，慈禧太後便會攜光緒帝逃走，他們連馬車都已經準備好了。大約在8月14日傍晚或15日清晨，在聯軍攻入內城幾小時後，慈禧太後逃離了紫禁城。他們越過了距京城五十英裏處的高山，向西南方向奔去。隨行的還有一群慌亂的阿哥、格格、文武百官、滿族旗人、後宮嬪妃、太監、宮女等。慶親王跟隨隊伍越過高山後，隻身回到北京，他將要做的與四十年前恭親王所做的一樣，與洋人談判。