也許有人會猜測，慈禧太後回京之後，光緒帝會重登皇位。當外國人聽聞溥儁被廢除皇儲之位後，也十分期待光緒帝的回歸。但不管是在慈禧太後回京前還是回京之後，這些都沒有發生。這時，慈禧太後已從幕後走到台前。
雖然一直活在太後的陰影下，光緒帝仍然期待有朝一日能夠回到皇帝的寶座上。實際上，光緒帝被慈禧太後罷黜不僅僅是在名義上。如此看來，光緒帝隻是慈禧太後的一個傀儡、一件擺設。
在曆朝曆代中，除了光緒帝，沒有幾位皇帝受到如此待遇，做出如此巨大的犧牲。一直以來，慈禧太後沒打算將權力歸還光緒帝。相反，她還想方設法占據他的位置，篡奪他的權力，以滿足她在男權主義國家進行統治的野心。光緒帝卻因此被排擠到皇權之外。
在接受群臣朝拜時，光緒帝總是坐在慈禧太後身邊，但永遠都是低她一級；在接受外國公使覲見時，致辭和文件都是交給慈禧太後，而不是光緒帝。赫蘭夫人將在宮中的見聞分享給其他外國人時，說道：“每次我們進入皇宮時都看到光緒帝站在慈禧太後身邊，但並不是比肩而站而是在慈禧太後身後幾步。當慈禧太後坐下時，光緒帝依然還會站在她身後，從來不敢主動坐下，除非是慈禧太後叫他坐下……當光緒帝用顫抖而低沉的聲音說話時，沒有一個外國使臣跪下聆聽。太監們遇到光緒帝時，也沒有主動下跪請安；我曾經一次又一次看到慈禧太後的隨從在牆邊訓斥光緒帝……我還聽說，有時候慈禧太後會邀請光緒帝共進午餐，在這樣的場合，光緒帝仍然要在慈禧太後所坐的桌前下跪請安，他隻能吃慈禧太後給他的東西。”因此當新政穩定推行時，曾經的改革者光緒帝難以從中分到一杯羹。
在1898至1900年間，光緒帝與囚徒沒有兩樣。慈禧太後回京之後，他被換到另一處地點幽禁，但他仍然是一個傀儡，沒有實權。
為了防止光緒帝伺機奪回大權，參與政事，在與慈禧太後在一起時，慈禧太後猶如貓抓耗子一樣緊密注意著光緒帝的一舉一動，在她視線範圍之外，她還指派一些太監時刻監視著他。光緒帝就如一隻籠中之鳥，不管怎樣也飛離不出慈禧太後的手掌心。盡管如此，光緒帝還是被懷疑正醞釀著複仇奪位大計。但光緒帝表麵上並未顯示出要奪位的跡象。
也許正如謠言所傳，此時的光緒帝在如此殘暴的身體和心理的雙重折磨之下，出現了精神衰弱和短暫的失憶症狀。據說，有好幾周的時間，光緒帝的寢宮都被厚厚的簾子圍得密不透風，而他也未曾離開寢宮一步。大部分時間裏，他神情空洞而迷茫，有時候還會突然嚎啕大哭，淚流滿麵。最嚴重的是他還會突然大聲尖叫，引得太監紛紛跑到他跟前。他憤怒地把宮中價值連城的花瓶和其他寶貝摔得滿地都是，甚至還用水澆，弄得宮中一片狼藉。
慈禧太後將太醫召集到宮中為光緒帝診治，但除了食療他們再也找不到更好的解決方法。太醫們並不會因此而遭受責備，因為在慈禧心中，光緒帝早已無藥可醫。也許自從光緒帝決心在大清實施不成熟的變法那天開始，他就已經被慈禧太後置於死地了。
盡管慈禧太後後來也開始著手實施意義深遠的新政，但她始終無法忘記1898年那些想謀害她的維新誌士。1904年6月，慈禧太後發布了一道詔書，詔書中說為慶祝她的七十大壽，顯示她的仁愛之心，她將赦免那些違背大清律例的罪犯，包括受到1898年戊戌變法牽連的相關人士，但“康有為、梁啟超和孫文”不在赦免名單中。
1902年夏天，慈禧太後假裝以光緒帝的名義向身在大吉嶺（印度東北部）的康有為發了一封電報，企圖誘使其回京。康有為收到電報後，急忙趕回北京，但是當他抵達香港的時候，當地改良派首領勸說他回到印度。
也許關於慈禧太後假裝光緒帝向康有為發電報的事情還有待證實。然而，在兩年之後慈禧太後發布的詔書中，我們可以看出她內心的真實寫照。
慈禧太後對各地報紙自由評論國事的做法頗為不滿，她通過一次改革對其進行報複打擊。一位北京記者被殘暴打死？--這必然會招致外國評論家對慈禧太後的不滿。顯而易見的是，雖然慈禧太後凶殘至極，但是她回京後開始新政這件事讓反對她的人少了一個攻擊她的理由。
雖然慈禧太後推行新政的真實目的令人懷疑，但人們不能再把她稱為頑固的守舊派。慈禧太後發布詔書向各省總督和巡撫說明與西方列強簽訂？據說在七月底的時候“他正著手準備發行北京第一份晚報，晚報抬頭為紅色，代表著幸福。”而在慈禧太後統治的大清，紅色卻是困難與苦難的體現。