司馬遷關於這方麵的論述很多。他說的“變”，是指事物的質變；他說的“漸”，是指進化和發展的過程，是量變；他所說的“終始”是指事物發展過程中因果之間的關係。在“變”、“漸”、“終始”三者之中，司馬遷尤其時時提及的乃是終始。在司馬遷看來，作為一個曆史學家，必須具備治史的本領和方法，這就是他常常提到的“謹其終始”、“察其終始”和“綜其終始”。“謹其終始”，是指曆史學家要客觀地遵循曆史的演變；“察其終始”，是對這一演變要加以詳細觀察；而“綜其終始”則是對觀察的結果加以科學研究，得出正確結論，發現演變的規律，這就是他所謂的“通古今之變”。
司馬遷是“原始察終，見盛觀衰”（《自序》）以發展的、變化的眼光觀察曆史和研究曆史的具體方法。“原始察終”是指要找出曆史現象的原委和結局之間的因果關係。“見盛觀衰”是指要在事物發展到極盛之時要看到它的衰象，注意曆史的轉變。這兩句話概括說要從動態上對曆史的全部進程進行綜合、分析、考察，以把握住曆史變化的因果聯係及其發展規律。
司馬遷在《貨殖列傳》中說：“《老子》曰：‘至治之極，鄰國相望，雞狗之聲相聞，民各甘其食，美其服，安其俗，樂其業，至老死不相往來。’必用此為務，挽近世塗民耳目，則幾無行矣。”在司馬遷看來，如果後人照搬老子這一套小國寡民的生活模式，就是開曆史倒車，勢必寸步難行。他反對儒家“不務綜其終始”的做法，反對漢儒那種泥古崇古的迂腐態度。他在《六國年表序》中說：“戰國之權變亦有可頗采者，何必上古？秦取天下多暴，然世異變，成功大。傳曰‘法後王’，何也？以其近己而俗變相類，議卑而易行也。學者牽於所聞，見秦在帝位日淺，不察其終始，因舉而笑之，不敢道，此與以耳食無異。悲夫！”又在《禮書》中說：“至秦有天下，悉內六國禮儀，采擇其善，雖不合聖製，其尊君抑臣，朝廷濟濟，依古以來。至於高祖，光有四海，叔孫通頗有所增益損減，大抵皆襲秦故，自天子稱號。下至佐僚，及宮室官名，少有變改。”司馬遷身居漢代，能不避嫌疑地高度評價秦代的曆史地位，已經是難能可貴。更重要的是他肯定了戰國的權變，肯定了秦代的變異，不以“秦在帝位日淺”而小視，卻以“察其終始”的態度，看到了秦的“世異變”的功績，毫不隱諱漢製“大抵皆襲秦故”的曆史事實。
司馬遷與他所諷刺的那些和用耳朵吃飯沒有兩樣的漢儒不同，他不是用一成不變的觀點去看問題，而是十分重視研究事物的來龍去脈，注意從發展變化中去觀察曆史，考察和研究曆史。如《高祖功臣侯者年表序》：
居今之世，誌古之道，所以自鏡也，未必盡同。帝王者各殊禮而異務，要以成功為統紀，豈可緄乎？觀所以得尊崇及所以廢辱，亦當世得失之林也，何必舊聞？於是謹其終始，表其文，頗有所不盡本末；著其明，疑者闊之。後有君子，欲推而列之，得以覽焉。
司馬遷這種研究曆史是為了給現實做借鑒，而要想總結出正確的經驗教訓，必須全麵地觀察分析其“終始”，從其盛衰興廢的發展變化中尋找原因。觀點在《史記》中曾反複表述過。其《史記》本身的結構體係之所以如此安排，也正是為了體現這一點。其本紀、世家、年表，講的是一國、一朝、一段時間、一種人的發展變化；其八書，講的是各種典章製度、事業的發展變化，如他在《自序》中說：“禮樂損益，律曆改易，兵權山川鬼神，天人之際，承敝通變，作八書。”說明他作八書是為了“承敝通變”。其列傳中的酷吏、遊俠、儒林、西南夷等篇，則是窮源究本，分別研究社會上各種派別、各種集團勢力的發展變化。他通過這種分門別類的研究，找出其中可供人們借鑒的規律性的東西，即所謂“得失之林”。司馬遷還十分重視運用“見盛觀衰”的辯證方法研究曆史。司馬遷《平準書》運用這種方法深刻地剖析了漢武帝時期之興盛和存在的危機，看到了曆史的變化。司馬遷說：“物盛而衰，固其變也。”他認為，盛極則衰是一條變化規律。他能在漢武帝“外攘夷狄，內興功業”的“盛世”之下，看到“盜賊多寢”的危險。宋代黃震曾說：“武帝五十年間，因兵革而財用耗，因財用而刑法酷，沸四海而為鼎，生民無所措手足。迨至末年平準之置，則海內蕭然，戶口減半。陰奪於民之禍，於是為極。遷備著始終相因之變，特以平準名書。”這說明了司馬遷運用“見盛觀衰”的研究方法，探討“始終相因之變”的結果。
司馬遷還堅持用“變”的觀點研究政治製度的變革，他認為，政治製度應該隨著曆史的變化而變化，每一個時代的政治製度都要適應那個時代的特點，世界上沒有一成不變的政治製度。他《高祖本紀》中說：“夏之政忠。忠之敝，小人以野，故殷人承之以敬。敬之敝，小人以鬼，故周人承之以文。文之敝，小人以僿，故救僿莫若以忠。三王之道若循環，終而複始。周秦之間，可謂文敝矣。秦政不改，反酷刑法，豈不繆乎？故漢興，承敝易變，使人不倦，得天統矣。”這裏的“三王之道若循環，終而複始”，司馬遷說明的主要意思是，統治者應該“承敝易變”，而不是照前代的政治製度，搞一成不變的政治。
通過敘述，看出司馬遷對“變”的認識是很深刻的，從“變”的觀念出發，提出“究天人之際，通古今之變，成一家之言”的寫作《史記》的指導思想。