韓愈回到徐州後，心情平靜不下來，他在《海水》中，終於喊出了“我將辭海水”、“我將辭鄧林”的呼聲。4年的幕府生涯，韓愈雖然得以入仕，但生不逢時、懷才不遇的苦惱總是沉重地壓在他的心頭。貞元十六年（800年）五月，韓愈終於結束了徐州的幕府生活。
韓愈離開徐州不久，張建封病故，徐州也發生叛亂，韓愈又一次幸免於戰亂的驚擾。貞元十六年（800年）秋，他攜30口之家暫時寓居於洛陽。在洛陽，韓愈他失去了在幕府時期的穩定俸祿收入，生活比較桔據。但那裏環境幽靜，是一個讀書和著述的好去處。生活雖然恬淡、閑適，又似乎充滿詩意，可是，韓愈卻始終信奉著儒家的入世哲學。所以時間稍久，他就不甘於這種寂寞的生活，於當年冬天就西去長安，謀求調選，補授官職。當時官場弊端叢生，對韓愈的請求隻是虛於應付，讓他等候安排，並不給以明確的答複。正在韓愈鬱悶無聊的時候，他又巧遇也來參加調選的老友、此時已年過50的孟郊。在韓愈看來，官場既然如此，實在不值得留戀。他告訴孟郊“如今便當去，咄咄無自疑”。韓愈就懷著這種複雜的心情，於貞元十七年（801年）三月返回洛陽。在洛陽的日子裏，韓愈將主要精力用於著書立說。除讀書著文外，韓愈還不時地與誌同道合的朋友、學生倘徉山水，泛舟垂釣，交流思想，切磋學問。有一次，韓愈的門生朋友侯喜邀請他到洛水去釣魚，韓愈和侯喜卻手持釣竿，從清晨一直坐到黃昏，好歹總算釣到一條寸把長的小魚。他借題發揮，賦詩一首贈侯喜。詩中說當釣上一條僅能分辨出何處為鱗何處為鬈的小魚時，兩人“良久歎息相看悲。我今行事盡如此，此事正好為吾規。半世逞逞就舉選，一名始得紅顏衰。人間事勢豈不見，徒自辛苦終何為……君欲釣魚須遠去，大魚豈肯居沮洳（泥潭）”。他告訴侯喜，在小河溝裏是不會有大魚的，要釣大魚就須到遠處的大江大海。此時的韓愈，已經有些心灰意冷之感，經世致用的理想並未混滅，一有時機他還會施展才華去幹一番事業。
韓愈當年秋末冬初，被任命為國子監四門博士。從此，開始進入京師政府機構任職。國子監是唐代的最高學府，長官稱“祭酒”。國子監下設幾個學館，各學館分設主講教員“博士”、輔助教員“助教”、“直講”等若幹人。四門館是國子監屬下的學館之一，它主要招收六品、七品官員及侯爵以下的子孫，以及庶民子弟的優秀學子。是一座中下層土子的高等學校。四門博士的品級不高，僅是七品。朝廷任命韓愈擔任此職說明，在學術文化界已很有些名氣。韓愈是一位恪守儒道，飽經憂患的文人，盡管有些失意，等到任職蒞事以後，又能為振興教育奔走呼號。他曾著眼於“公卿子孫，恥遊太學”，導致生員不足的問題，上《請複國子監生徒狀》，提出增加充實國子太學和四門學館生員的建議。他也積極地利用學校這個育人場所，傳道授業，獎掖後學，努力為韓門弟子和學館生員尋找出路。韓愈在任博士的第二年（802年）春天，禮部又舉行進士考試，中書舍人權德輿主考，陸慘輔佐評考。因韓愈曾因李翱的介紹與陸慘相識，所以，他一次就向陸慘推薦了侯喜。尉遲汾、沈粑等10人應試。其中多半是古文運動的後起之秀。這10人之中當年就有4人一舉及第，還有5人後來也都先後被錄取。由於韓愈的推薦能產生重要影響，後來不少舉子都投奔到韓愈門下，稱為“韓門子弟”。此時的韓愈年僅35歲，地位也不高，但在文壇上已有了相當的名望，這對於繼續推動古文運動是十分有利的。在長安，韓愈以提攜後進而聞名，登門求教的，請他品評指點文章的，使韓愈應接不暇。對這一切韓愈的態度是有求必應，來者不拒。楊子給韓愈寫信請教，韓愈立即複信，表示“學問有暇，幸時見臨”。韓愈有一次，熱情地接待過一位身著破衣、足蹬麻鞋的素不相識的人。此人後來寫信指責韓愈，說韓愈不能像信陵君那樣為候生牽馬駕車，對他怠慢失禮。對這種無理的責難，韓愈並不計較，他趕忙複信予以解釋安慰。對那些將詩賦文章當作敲門磚，企圖投機取巧的不實之徒，韓愈則給以嚴厲回絕和批評教育。有人向韓愈討求“速化之術”，即不用刻苦學習就能迅速成功的訣竅。韓愈複信指出：古之賢人學者隻問義，而你卻問功名，所企盼的是入仕，向我討速化之術，無異於向盲人問路。由於韓愈弟子日多，聲望日增，而誹謗也隨之而來，對這種指責韓愈十分憤慨。針對士大夫階層“好為人師”的議論，他於貞元十九年（803年）寫了著名的《師說》，贈給弟子李皤該文詳盡地闡明了師道的重要性，並決心以此自任。文章產生了巨大的社會影響，一時又成為被攻擊的對象。
麵對來自四方的強大壓力，韓愈有些擔心與後怕。既為了爭得理解、同情，又為請求援引、支持，韓愈曾幾次給權貴勢要上書，對他們卑辭稱頌，苦心求告。他給皇族宗室、工部尚書李實的信中說李實“赤心事上，憂國如家”；還館媚說由於李實“條理鎮服，宣布天子威德”，使大災之後，“盜賊不敢起，穀價不敢貴”，連那些老奸宿贓也懾於李實的清正威嚴，“銷縮摧沮，魂亡魄喪，影滅跡絕。”被韓愈捧上天的李實，事實上是一個欺上壓下、聚斂無度的權臣。韓愈為了解謗，也為了自全，有時確實也表現出膽小動搖、憂讒畏譏的弱點。