韓愈元和六年（811年）秋天，奉調由東都返回長安，被授予職方員外郎一職，負責管理有關軍事地圖等資料。屬於一個閑職，當時的韓愈是興奮的。韓愈第二年二月，因為華陰縣令柳漳辯罪鳴不平，被加以妄論之罪，由職方員外郎貶為國子博士。這是韓愈第三次擔任博士之職。於是，他寫了一篇《進學解》，以國子先生與學生的對話方式，表達了自己懷才不遇的心情。文章首先寫一位博士先生教誨學生“業精於勤而荒於嬉，行成於思毀於隨”。他還告訴學生，時逢世道聖明，有司公正無私，隻要“業精”、“行成”，是會有光明的前程。然後又借用學生之口，寫博士先生的不幸遭遇。學生挖苦博士先生在騙人，說：“先生你夜以繼日，又讀經，又著述，學問道德以及對儒學的功績都非常突出，結果自己卻仕途艱難，屢遭貶抑，以至於兒子受凍，老婆挨餓，你自己呢？頭也頹了，牙也豁了。”這篇文章實際上是韓愈借學生之口在訴說自己的遭遇，埋怨朝廷不信任，有司不公平。韓愈這篇自喻的牢騷文章，竟博得了當朝宰相的同情和賞識，於元和八年（813年）春提升韓愈任比部郎中、史館修撰。任命詔書還把韓愈的道德文章稱讚說：“太學博士韓愈，學術精博，文力雄健，立詞措意，有班（固）馬（司馬遷）之風，求之一時，甚不易得。加之性高道直，介然有守，不交勢力，自致命望。”此時韓愈的文采聲望不僅得到士林的稱頌，也得到朝廷的首肯。掌修國史的修撰必須有登朝朝官擔任，讓韓愈擔任修撰，就給他加上一個相當的職銜比部郎中。
在他撰寫的墓誌銘一類文章中，不落穀套，褒貶得宜，所以，當他擔任史官後，不少親朋好友均寄以厚望，給以鼓勵。瞻前顧後，對史官一職猶疑畏縮。他在《答劉秀才論史書》一信中，列舉了曆史上史官的悲慘下場，說孔子作《春秋》，卻辱於魯、衛、陳、宋等諸侯國，最後不遇而死；司馬遷作《史記》，卒受腐刑；班團著《漢書》，後受牽連，死於獄中；南朝宋之史學家、《後漢書》的作者範曄也死於非命……最後，韓愈得出結論說：“夫為史者，不有人禍，則有天刑。”表示對這種充滿殺身之禍的差事“豈可不畏懼而輕為之哉”。他認為，唐朝立國已有200年，其間“聖君賢相”、“文武之士”不可勝數，一人實難勝任修史任務；況且有關事跡記載，情況複雜，如果草率作傳，混淆善惡，不僅心中有愧。在韓愈看來，宰相所以讓他做史官，隻是照顧自己老窮無能，暫且加一榮譽職務而已，並不是真的要他修史。總之，韓愈不想就任此職。
此信抄本不久就被遠貶永州（治所在今湖南零陵）的柳宗元看見。韓愈與柳宗元雖然政治觀點不完全一致，但二人私交深厚，他倆曾同朝為官，彼此都很敬重，有過相約將來著史的願望。他了解到韓愈的想法後，既失望，又氣憤，感情十分複雜。他當即給韓愈複信，提出嚴肅、尖銳而誠懇的批評。他坦真地對韓愈說：“退之宜更思，可為速為；果卒以為恐懼不敢，則一日可引去。”柳宗元的真實想法是：韓愈應該當仁不讓，擔負起修史的重任。在當時“學如退之，辭如退之，好議論如退之，慷慨自謂正直行行焉如退之”的人不多，要寫好“唐之史”，除你韓退之“卒無可托”。在柳宗元的誠懇批評和積極支持下，韓愈同意了他的意見。第二年，韓愈又被授於知製法，他完成了《順宗實錄》五卷的修撰任務。
韓愈在長安任京官期間，有了固定的俸祿收入，並在長安靖安裏購置了住宅，其生活有了明顯的改善。
韓愈雖然仕途曆經曲折，他沒有因個人失意而消沉，一顆報國之心沒變。在政治上，他始終主張削平叛亂的藩鎮，維護國家的統一和社會的安定。唐憲宗即位以後，力主討伐軍閥割據，取消宦官監軍的弊製，起用正直和敢諫之臣，使國家出現了自安史之亂以來少有的中興氣象。還在元和元年（806年）九月，當朝廷平定川西軍閥劉辟的捷報傳到長安時，剛剛從江陵返回京師不久的韓愈聞之大喜，與孟郊一起寫成《征蜀聯句》，對此役的勝利給以熱情歌頌。他的許多散文也突出了漚歌國家統一、反對分裂割據的愛國主題。在韓愈擔任史館修撰和知製浩期間，朝廷正在醞釀平定淮西（軍鎮治所在今河南汝南）軍閥。
淮西軍閥吳少陽卒，其子吳元濟元和九年（814年），自領軍務，抗命作亂，叛軍一度驚動了東都洛陽。唐憲宗元和十年（815年）春，下詔征調十六支軍隊討伐吳元濟。一些人主張赦免吳元濟，請求唐憲宗停止征伐。韓愈則堅定地認為討吳不能動搖。他上奏《論淮西事宜狀》，比較全麵地論述了征伐淮西的有利條件和各項策略。首先分析了當時的政治軍事形勢：指出吳元濟自叛亂以來，財力、兵力消耗嚴重，他以淮西“三小州殘弊困劇之餘，而當天下之全力，其敗破可立而待也”。對取得平叛戰爭的勝利充滿信心。他建議朝廷勿事猶疑，果斷行事。”他認為久拖不決，半途而罷，不僅影響朝廷威望而且耗費巨大。所以要抓住時機，當斷即斷。他認為：作為統帥要盡力於前，參謀要盡心於後，內外要互相配合，這樣“其功乃成”。他提出用兵過程中的一些具體主張與策略，如就地解決兵源，集中優勢兵力，激勵教育將士，優待俘虜，瓦解叛軍，以及樹立信心，嚴明賞罰等。韓愈在《論淮西事宜狀》中所表現的思想和所提出的戰略原則，在軍事上也有許多過人之處。當時的宰相武元衡、禦史中丞裴度也力主討伐淮西，叛亂的藩鎮對朝廷中的主戰派采取了暗殺的手段。