嘉佑八年一月，太守宋選罷任，新太守陳希亮接任。蘇軾與宋選相處融洽，但與這位新太守卻難以共事。陳太守麵孔黑瘦，目光如冰，為人嚴厲，自下民到王公大臣無不畏懼他。士大夫聚而飲酒取樂時，隻要陳太守一到，大家立刻不敢放肆談笑了，酒也喝得毫無興致。陳太守是四川青神人，是蘇軾嶽家同鄉，按說他與蘇軾應有同鄉之誼。可是，他覺得蘇軾是少年得誌，要嚴加管束，兩人的矛盾衝突就難以避免了。
蘇軾任官多為百姓著想，政績卓越，為人們稱為“蘇賢良”。
蘇軾起草文稿，是蘇軾最拿手的事，陳太守對蘇軾起草的文稿偏偏多處塗黑改正，並讓多次往返改定。蘇軾有時去拜，陳太守他卻故意不見，讓在門口等候。
此後蘇軾不去見太守。
陳希亮太守後在南山之下建了一座淩虛台，請蘇軾作一篇《淩虛台記》。此時蘇軾正滿腹牢騷不滿，諷刺全融入文字之中。慶祝樓台建成，說些好話。蘇軾首先諷刺太守“未嚐知有山焉”，接著說：秦朝的祈年宮、橐泉宮，漢代的長楊宮、五柞宮，隋朝的仁壽宮，唐朝的九成宮，都離此不遠，它們原來何其輝煌，何其堅固，結果現在都成了破瓦頹垣。小小的淩虛台，日後複為荒草野田看來為期不遠。文章結尾說“夫台猶不足恃以長久，而況人事之得喪，忽往而忽來者歟？而或者欲以誇世而自足，則過矣。蓋世有足恃者，而不在乎台之存亡也。”台之初成，為文原是誌喜，蘇軾卻說此台不久要坍塌毀壞的，並引申說台尚不足恃，況人乎？這篇文章上篇中國曆史上獨一無二的忘記，按情理會引起陳太守大怒，未曾陳太守一反常態，未作一字修改，將此文刻到石碑上。
十幾年之後，蘇軾被貶黃州，與陳希亮之子陳慥相交甚好。蘇軾還為陳太守寫了《陳公迅傳》，傳中對鳳翔此段經曆敘述：“軾官於鳳翔，實從公二年。方是時，年少氣盛，愚不更事，屢與公爭議，至形於顏色，已而悔之。”這表現出蘇軾的大度。
《宋史》所記載蘇軾任官鳳翔期間主要功績是他改衙規，造福人民。關中在開元以前，百姓是較為富裕的，經過元吳之變後，元氣大傷，稅、役日重，百姓愈加貧窮。蘇軾了解“民之所最畏者，莫若衙前之役”。陳舊的衙規。規定每年往京師運南山之木都在渭河、黃河水深湍急之時，故而翻船時有發生。一旦翻船，運送者還得賠償，百姓往往家破人亡。此舊規嚴重危害百姓。蘇軾上書，大膽指斥朝政：“朝廷自數十年以來，取之無術，用之無度，是以民曰困，官曰貧。”（《上韓魏公論場務書》）他果斷地修改了衙規，規定運木者可自選時間發船。此後災害立刻減少一半以上。穩定了百姓之心。
蘇軾英宗治平元年，任職鳳翔判官3年已滿。
新主英宗英宗早已聞蘇軾大名，次想破格提拔他，召入翰林，任知製法。未想宰相韓價反對，並且說：“以蘇軾之才，將來必成大器，自當為天下用。現在朝廷應當大力栽培他，以使天下之士都羨慕佩服他，都希望朝廷能進用他，到那時再晉升他，人人都不會有異議了。現在突然提拔他，天下之士恐怕不以為然，這樣對他自己也不利。”英宗說：“那就授修起居注吧！”韓價仍不同意：“記注與製法大體差不多，不能輕易授予他，不如讓他去館閣中工作，這還得經過考試。”英宗很不耐煩：“考試是為了測量一個人是否具有才能，難道蘇軾還有所不能嗎？”韓琦並不退讓。於是蘇軾參加了考試，結果兩論都入3等。授直史館之職。
蘇軾回京任職，與父親、弟弟團聚。就在這年五月蘇軾之妻時年才26歲王弗病故。老父蘇洵第二年4月，又遽然離世。令蘇軾悲痛不已。皇上英宗聞此消息，頗感哀憐，特賜銀100兩，絹100匹，蘇軾對這些錢財辭而不受，但求皇上踢一官職給父親，以使他體麵離去。於是皇上贈蘇洵光祿丞之號，又命有司備船載喪回鄉，蘇軾兄弟再次回四川老家守喪。
治平四年八月，蘇軾兄弟合葬父母於“老翁泉”側。張方平為撰《文安先生墓表》，歐陽修為撰《蘇明允墓誌銘》。
蘇軾次年10月，居喪期滿後，另娶，新娘是前妻王弗的堂妹王潤之。
年底，蘇軾兄弟還朝。返京之後，他們隨即卷入了政治漩渦。
熙寧二年，宋神宗起用王安石為參知政事，開始了曆史上著名的變法運動。
王安石變法動作很大，在財政、農業、軍事、科舉等方麵建立一係列新法。這種變動損害了當朝者的部分利益，且弄得陳規皆去，人心惶惶，故當朝老臣都對此持反對態度。如歐陽修、韓琦、司馬光等人在變法一開始就堅決抵製。蘇軾是由歐陽修等一手提拔上來的，故他在感情上自然傾向於這幫老臣，站在反對派之列。
蘇軾首先對科舉變革很不滿，熙寧二年五月他上書《議學校貢舉狀》。
臣以謂今之學校，特可因循舊製，使先王之舊物，不廢於吾世足矣。至於貢舉之法，行之百年，治亂盛衰，初不由此。陛下視祖宗之世，貢舉之法，與今為熟精？言語文章，與今為熟優？所得文武長才、與今為孰多？天下之事，與今為孰辦？較此四者，而長短之議決矣。
神宗皇帝讀到這份奏議後，頗為動心，說：“我對此變革，本就疑心，聽到蘇軾的諫勸，立刻覺得於心釋然了。”他當即召見了蘇軾，問：“當今政令的過失到底在哪裏，即使是朕的錯誤，你也可以不留情麵地指出來。”蘇軾回答，陛下“不患不明，不患不動，不患不斷，但患求治太急，聽言太廣，進人太銳”。神宗聽罷驚然，他說：“你所說的‘三言’，我應牢牢記住，常想一想，你今後還有對朝政的意見，千萬不要藏在心裏，直接指陳即可。”