蘇軾利用自己現在官居顯要，接近皇帝、皇太後的時機，常直言朝政，改其弊端。朝中奸臣多被貶落，昔日因蘇軾而受牽連貶落的人紛紛召回，“蘇門四學士”又彙聚到了蘇軾身旁。這時，聖旨雖由皇上下，但具體措辭卻由蘇軾。蘇軾學識淵博，行文引經據典，文采斐然。他此時擬就的貶呂惠卿詞令天下人傳誦稱快。呂惠卿原係王安石一黨，後又呈王安石的私人書信而陷害了王安石，終於取而代之。蘇軾在《呂惠卿責授建寧軍節度副使本州安置不得簽書公事》中說：“具官呂惠卿，以鬥筲之才，挾穿箭之智，諂事宰輔，同升廟堂。樂禍而貪功，好兵而喜殺。以聚斂為仁義，以法律為詩書。”“始於知己，共為欺君。喜則摩足以相歡，怒則反目以相噬。連起大獄，發其私書。黨與交攻，幾半天下。奸贓狼藉，橫被江東。”呂惠卿在朝時民憤很大，蘇斌對其罪狀生動形象的描繪及痛快淋漓的譴責，使人們連稱解氣。元佑二年，蘇軾兼任侍讀，即給皇上上課。他在給哲宗講解曆史上的治亂興衰、邪正得失時，每每引申到現實中來。一次他對哲宗說：“西夏侵入我邊疆，掠殺我民數萬，但大臣們竟隱瞞真相，官官相護，這樣下去豈非要演成頹亂之勢。”哲宗聽了深以為然。元佑三年冬天，蘇軾主持禮部考試。考生們手凍得不能執筆，蘇軾對這種苛刻戒規作了變動。考試時監視的禦林軍態度十分粗暴，常常淩辱考生，蘇軾對此非常氣憤，他奏請聖上，逐走了那些舉止傲慢、狐假虎威的兵士。使考生們在舒適的條件下得以發揮自己的水平。
蘇軾還朝之後，常與“蘇門四學士”，特別是其中的秦觀、黃庭堅飲酒作樂，詩文往來。常與他們討論詩文技巧。秦觀一次，出示他的新作，其中有“小樓連宛橫空，下窺繡轂雕鞍驟”兩句，蘇軾說：“十三個字，隻說出一個人騎馬從樓前過。”蘇軾也拿出近作，內有“燕子樓空，佳人何在，空鎖樓中燕”三句，晁補之說：“隻三句，便說盡張建封的事。”他們對此深感歎服。蘇軾有一次將自己新作的小詞給晁補之、張耒問他們，“我的小詞比秦觀如何？”晁補之、張來回答：“少遊詩似小詞，先生小詞似詩。”作小詞是秦觀的所長，他們此語是偏向秦觀的。但撇開他們的傾向性，客觀地看，這兩句評語還是很準確的。秦觀偏於細膩，而蘇軾喜歡豪放，“小詞似詩”在當時古人看來含貶義，但所含的創新意義卻未被人認識到。蘇軾常與黃庭堅有一次互評對方的書法，蘇軾說：“你的字雖清勁，但筆勢有時太瘦，宛如樹梢掛蛇。”黃庭堅說：“你的字我不敢輕議，但有時覺得偏淺，很像石壓蛤蟆。”兩人大笑。他們又有一次，互評對方詩文，蘇軾說：“你的詩文格韻高絕，但不可多食，多食則發風動氣。”黃庭堅說：“人常說的文章妙一世而詩句不逮古人者，就是指東坡而言的。”黃庭堅此語實際上開啟了後世評蘇“詩不如文”的觀點。
蘇軾有一天，忽然被召入殿中，太皇太後高氏與他進行了一場對話：
太後：“前年你任何官？”蘇軾：“臣為常州四練副使。”太後：“令任何官？”蘇軾：“翰林學士。”太後：“你為何晉官如此快呢？”蘇軾：“仰仗太皇太後、皇帝陛下思典。”
太後：“非也。”
蘇軾：“難道是大臣的舉薦嗎？”
太後：“亦非也。”
蘇軾驚恐：“臣雖不才，但絕不敢走旁門邪道。”
太後：“這是先帝神宗的遺願。先帝在世時，每讀到你的文章，必感歎‘奇才、奇才’。但他生時未及進用你。”
蘇軾聽到此話，不覺失聲痛哭。太皇太後及哲宗也流淚不止。臨走時，太皇太後撤禦前金蓮燭送蘇軾回院，這真是萬分的恩寵了。
元佑元年司馬光逝世後，蘇軾與舊黨的矛盾主要發生在他與程頤之間。程頤是個呆板頑固的道學家，當時在朝中勢力很大，號為“洛黨”的首領。如蘇軾給皇帝講學時，自己站著講，兩旁聽的官員坐著聽。程頤則認為自己該坐著講，而旁聽的官員該站著聽，這樣才符合儒家尊師之道。皇帝有時也被他的刻意做作弄得不耐煩。有一次程頤講學休息時，哲宗信手折一柳枝，程頤馬上勸阻：“方春萬物生榮，不可無故摧折。”哲宗很不高興，擲枝而去。
蘇軾是一灑脫之人，看不慣程頤的所作所為，他常常不顧情麵地當麵嘲弄程頤，致使程頤對他積怨很深。程頤一次主持司馬光的葬禮，那天正逢明堂慶典，蘇軾與群臣參加完慶典後又去參加吊唁，被程頤擋了駕。程頤說：“《論語》雲‘子於是日哭則不歌’，你們既已參加慶典，就不能來吊唁。”蘇軾俏皮地回答：“孔子說‘哭則不歌’，並沒有說‘歌則不哭’呀。”程頤一時語塞。程頤又規定，按照古禮，司馬光之子不能出來吊唁，蘇軾感到這太不近情理，他當麵挖苦程頤：“此乃枉死市叔孫通所製禮也。”眾皆哄堂大笑。
國忌日那天，群臣在相國寺禱告，程頤傳令供上素食，蘇軾感到奇怪：“你又不信佛，怎麼食素呢？”程頤又引經據典：“禮，居喪不飲酒食肉。忌日，喪之餘也。”蘇軾不以為然，他令端上肉食，並引漢代典故說：“為劉氏者左袒。”結果，程頤的黨人都食素，而秦觀、黃庭堅等追隨蘇軾的人都食肉，涇渭分明。這兩派人後來日趨分化，互相攻汗，史稱“洛蜀黨爭”。