蘇軾之因為災荒，浙江、江淮的流民為饑寒所迫，紛紛北上穎州。明年流民將更多，他於是又上書，請求撥款，購買糧食儲存，以免難民“橫屍布路”。蘇軾剛剛為上報浙西災傷事受到彈劾，他並沒有因此而忌憚，又為民請願。在這《乞賜度牒糴斛餖備賑濟淮浙流民狀》的最後，專門譴責了賈易之輩的無恥：“臣在杭州日，親見監司州縣，例皆諱言災傷。隻如今年蘇、湖水災，可為至甚，而台官賈易等，猶欲根究其事，行遣言者。蘇軾積水未退尚土城門，而知州黃履已奏秋種有望。似此蒙蔽，習以成風。”真實上報災情而受彈劾，結果隻能出現“知州黃”這種大水未退已報秋種有望的角色，而最終受害的是百姓。蘇軾提醒聖上注意這種蒙蔽。蘇軾半年之後，調離穎州，改任揚州太守。
蘇軾自穎州到揚州，一路考察，他發現一個奇怪發現。這一帶田間一片翠綠，麻麥如雲，但鄉間百姓甚少，所見者也一個個麵帶愁容。蘇軾摒去了隨從兵卒，親自深入村舍訪問父老。鄉親們對他哭訴：“豐年不如凶年。天災流行，民雖乏食，縮衣節口，猶可以生。若豐年舉摧積欠，胥徒在門，枷捧在身，則人戶求死不得。”蘇軾聽認為這是王安石新政留下的後遺症，新政的一個基本特點是盡量榨取百姓手中的錢，如青苗法是春耕時貸款於民（常常是強迫的），收割時以本帶利收回；而兔役法是農民以錢代役；災年之時，官府知道無油可榨，百姓縮衣忍饑尚能挨過；一到豐收年景，官吏全體出動逼債，敲詐勒索，因此農民們多流落在外，不敢回鄉。
蘇軾在揚州又不顧一切地繼續上書。《論積欠六事並乞檢會應詔所論四事一處行下狀》說：“臣聞孔子曰‘善人教民七年，亦可以即戎矣。’夫民既富而教。然後可以即戎，古之所謂善人者淇不及聖人遠甚。今二聖臨禦，八年於茲，仁孝慈儉，可謂至矣。而努擦日益困農民日益貧，商賈不行，水旱相繼，以上聖之資，而無善人之效，臣竅痛之。”“臣頃知杭州，又知穎州，今知揚州，親見兩浙、京西、淮南三路之民，皆為積欠所壓，日就窮蹩，死亡過半而欠籍不除，以至虧欠兩稅，走陷課利，農未皆病，公私並困。以此推之，天下大率皆然矣。”蘇軾以自己的親身經曆，力訴前情，試圖打動聖上。
一個月過去了，仍無回音，蘇軾再上《再論積欠六事四事劄子》“臣聞孟子曰‘以不忍人之心，行不忍人之政’。若陛下初無此心，則臣亦何敢必望此政。屢言而屢不聽，亦可以止矣。然臣猶孜孜強聒不已者，蓋由陛下實有此心，而為臣子所格沮也。”由於蘇軾的精誠所動，朝廷在這個月，詔下免除積欠。蘇軾在楊州半年之後，又被調離揚州還朝。蘇軾還朝不久，遷升為端民殿學土、翰林侍讀學士、禮部尚書，這是蘇軾一生的最高官職、似乎是樂極生。
於次年（元佑八年）八月，蘇軾的繼配夫人王閏之與蘇軾共同生活了25年，情深意篤，她逝世令蘇軾十分悲痛。在蘇軾尚未擺脫悲痛時，九月，太皇太後高氏離世，她的離世對蘇軾命運影響尤大。太皇太後親政8年，支持舊派，她對蘇軾恩寵有加，數次彈劾都被她擱置一邊。哲宗年紀漸大後，對太皇太後的聽政越來越反感，他有意與祖母對著幹，支持新派，反對祖母所重用的人。太皇太後在世時，尚能穩定形勢，她一去世，哲宗親政，朝綱立即就變了。蘇軾就在這個月，被外任為定州太守，這時國事將變，蘇軾連見皇上辭行也未被允許。於是留書功諫皇上：為政之道在於疏通下情，不要輕信讒言，改變國策。
初到定州視察軍隊，邊防軍務之鬆弛、腐敗令他吃驚。軍中偷竊嚴重，賭博成風，法令不行。蘇軾開始懲治違法者，嚴肅軍紀。他深入軍營，發現營房多已破爛不堪，蘇軾立即上書：“豈可身居大廈，而使士卒終年處於偷地破屋之中，上漏下濕，不安其家？”他向朝廷要來錢款修建軍營，安頓軍士。
為防戰事，蘇軾上書請朝廷扶助當地民間的弓箭社。弓箭社由當地百姓組成，一家出一人，“帶弓而鋤，佩劍而樵”，驍勇敢戰，曾數次擊退過敵人。
蘇軾離京赴定州前，曾諫勸皇上不要“輕有改變”，他已有預感，隨著太皇太後的離世，政局將變。
紹聖元年四月，章惇的黨徒禦史虞策、殿中侍禦史來之石阝先後彈劾蘇軾，所用仍是“烏台詩案”時的故伎。他們在蘇軾的文中尋找證據。蘇軾起草的起用呂大防製詔，其中有“民亦勞止，汔可小休”之語，這句話引自《詩經》，原為諷刺暴君之作，蘇軾用此句被攻擊為將神宗比作周厲王，意在誹謗。蘇軾起草的《司馬溫公神道碑》中，將神宗當政時司馬光退居於洛陽比作“如屈原之在破澤”，這豈不是又將神宗比作了昏庸的楚懷王。凡此罪狀種種，彈劾者要求“明正典刑”，結果蘇軾被“落兩職、追一官”，即落端明殿學士、翰林侍讀學士兩職，追回定州太守一官，以“左朝奉郎”知任英州。虞策認為“罪罰未當”，還應重罰，蘇軾又被降為左承議郎。後蘇軾又被連續追降為建昌軍司馬、惠州安置與寧遠軍節度副使，惠州安置。