出發之後，軍隊時時遭到當地民族的反抗，亞曆山大花了一個月的時間加以平叛。逐漸地，大軍就離開了海岸往北走，這一帶是內陸部分的沙漠地帶，陽光灼熱，風沙滿天，連當地的向導都會迷失方向。全程300公裏的沙漠行軍卻耗費了兩個月之久。當腳踏進柔軟的細沙之中時，人就如同陷進了泥沼。白天沙漠裏的氣溫超過38℃，因此隻能在夜間行軍，靠著天空中大熊星座和小熊星座辨認方向。沙漠中行軍實在艱苦，飲水補給的地點間隔越來越遠，而且水源越來越少。原來一天行軍20公裏，最後必須加緊到25公裏。士兵們在沙漠中忍受著饑餓和焦渴，刺眼的陽光，使人睜不開眼睛，又幹又燙的沙漠，像海一樣無邊無際，即使是年輕力壯的士兵們也受不了這種肉體的折磨。比軍隊人數更多的婦女們，跟隨在這些隊伍的後麵，她們的命運是可想而知的，這塊大沙漠終究要成為最終埋葬她們的地方。許多身體衰弱的士兵一個個落在隊伍的後麵，有的是因為太過疲勞，有的是得了熱病，有的是耐不住饑渴，於是相繼脫離了隊伍。大家都自顧不暇，所以沒有人會留下來照顧他們陪伴他們，他們隻好在沙漠裏自生自滅。許多載滿了東方的珍奇異寶的車輛，最後也被遺留在沙漠裏。他們甚至不得已把那些一同征戰沙場的馬匹殺了當食糧。一旦發現了水源，士兵們便迫不急待地跑去痛飲一番，很多士兵因為在嚴重的脫水情況下急切地喝下了大量的水而當場脹死了。
在這種情況下，亞曆山大是如何統治軍隊的呢？有這樣一個傳說：一天，有一個士兵將非常珍貴的一碗水遞給了亞曆山大，看著將士們幹裂的嘴唇和被風沙嚴重侵蝕的麵部，亞曆山大怎麼忍心一個人喝掉它，可是，一碗水又如何緩解所有將士的焦渴？亞曆山大毅然地把這碗得來不易的水倒在熱沙中，雖然流入沙地的水瞬間蒸騰消失了，可他那種願意和將士們共甘苦的決心，深深地感動了每一個部下，大家頓時精神大振，好像每個人都喝下了這一碗水似的。就這樣，亞曆山大的軍隊慢慢地走出了沙漠。沿著西北的草地前進，不久就到達一處城邦，亞曆山大下達緊急命令，叫當地的郡守帶著大量救援的物資前來迎接，大軍在這裏充分地休養了100天之久。原來浩浩蕩蕩的隊伍，如今卻已經沒有多少人了。那些曾經因為即將要結束軍旅生涯而興高采烈的士兵中，僅僅有四分之一的人看到了第二年的春天，最後剩下來的將士隻有1.5萬名左右。
而與亞曆山大分手之後的，納亞魯克斯率領的艦隊等到東北季風來臨的時候就從印度河口的港口出海，並依照預定計劃於9月抵達亞曆山大港。而當地的居民卻築起了堡壘來襲擊他們。後來艦隊再度出海，預定10月下旬再在另一個港口停泊。每一艘船上隻帶了十天的食糧和五天的飲水，他們的糧食補給全依賴亞曆山大的陸軍部隊，可是亞曆山大的軍隊轉入內陸之後，在沙漠中發生了空前的悲劇，因此對海上的補給中斷了。艦隊的困苦情形可想而知。在缺乏補給的情況下，他們沿著荒涼的海岸靠自己去尋找食物。
盡管納亞魯克斯所率領的艦隊要為生存奮鬥，可是他們還是沒有忘記探險的任務。在沿岸的地區，有一些過著原始生活的土著們，引起了他們的注意，這些人是以打魚為生，而且都吃生食，酋長住的小屋非常別致，是用鯨魚的筋骨和貝殼很巧妙地建造成的。這些希臘的船員在這裏第一次看到鯨魚的時候，一個個都嚇得目瞪口呆，看見鯨魚噴水時他們簡直不敢相信世界上還有這麼巨大怪異的魚。納亞魯克斯告誡部下要鎮靜，並且將船向怪魚的方向駛去，他們有的敲打器皿，有的吹喇叭，有的用船槳在水麵上亂拍，希望能夠嚇退鯨魚……這一次的探險讓船員們大開眼界。經過了饑餓和不安的兩個月後，船員們仍能維持原有的秩序，這都歸功於納亞魯克斯臨危不亂的沉著使船員們對他產生信賴感。
到了12月，波斯灣口的阿拉伯半島已經出現在眼前，於是艦隊改變方向，朝海峽的更深處航行，並且在港口拋錨休息。這塊土地，除了沒有橄欖樹外，都非常酷似故國希臘，“這裏水草豐美，果實累累，景色秀麗”，納亞魯克斯曾在航海日記上寫下了這樣簡短的感想。船員們又餓又渴，到達港口時，當地的人民以奇異的眼光警戒地看著他們，這使船員們十分感慨，他們日夜盼望能夠早日回到故鄉希臘的克裏特島，如今麵對著酷似故鄉的景色，卻隻能聊以慰藉。船員們相繼登陸到各處去查看。