英軍是在道光二十年五月（公元1840年6月）開始發起進攻的。當時的英國政府接受了資產階級和鴉片商人的建議，派出四十八艘軍艦，由懿律和義律（懿律是義律的堂兄）率領海陸軍四千人（後來增加到一萬人）到了廣州的海麵上。他們沒有料到，還沒登陸就遭到中國軍民的痛擊。中國軍隊和漁民趁著潮退，乘著小船搜查到他們，用火箭、火罐和噴筒等武器主動進攻，燒毀了英軍不少船隻。從此，英軍不敢在海岸附近停留，成天在海麵上遊弋（yì），得不到淡水，隻能用布帆兜接雨水救急，後來連食物來源也發生了困難。
英軍在廣州附近站不住腳，便沿海岸往北進攻，想尋找一個突破口。道光皇帝和清朝政府並沒有做打仗的準備。當英軍攻陷浙江定海（在舟山群島），又北上到達天津的白河口的時候，他們就嚇慌了。本來就反對禁煙的那些大臣趁機向皇帝告林則徐的狀，說是他禁煙失當，得罪了洋人，要讓英軍撤退，一定要懲辦林則徐。
道光皇帝果然以“誤國病民，辦理不善”的罪名，於1840年10月將林則徐、鄧廷楨革職查辦。派琦善為欽差大臣到廣州和英軍交涉。
林則徐被革職後，仍不顧個人榮辱，毅然大膽上奏道光皇帝，主張“夷務不能歇手’”，為海防長久之計，應當不惜經費，“製炮必求極利，造船必求極堅”，並要求“帶罪立功”。對這個奏文，皇帝加上了“一片胡言”等批語。道光皇帝之所以重用林則徐，是希望依靠他消除鴉片，解決財政危機。但當事態發展完全出乎他的意料之後，他的禁煙決心便發生動搖，企圖尋求妥協。
林則徐被撤職的消息傳開後，廣州社會各界一片嘩然，大家紛紛前去挽留和慰問林則徐，並送去靴、傘、香爐等禮物和50多麵頌牌，林則徐隻收下頌牌。
1841年3月初，林則徐前往浙江鎮海聽候諭旨。廣州各界人士懷著極其惋惜的心情，紛紛趕來為林則徐送行。林則徐無限傷感的離開了廣州。不久，道光皇帝下旨將林則徐遣戍新疆伊犁。
1841年8月，林則徐揮淚北上伊犁，在途中與魏源相遇，兩人徹夜長談，憂國憂民，感慨不已。他贈送資料囑托魏源編著《海國圖誌》。後因黃河在祥符決口，他又奉旨去祥符，協助王鼎治理水患，治理完水患，林則徐又踏上了到新疆的路途。林則徐雖經曆千辛萬苦，而禁煙抗英的壯誌猶存。他與夫人鄭氏在西安吟詩話別：“苟利國家生死以，豈因禍福避趨之？”這兩句詩生動表達了林則徐不顧個人安危．忘我犧牲的一片愛國之情，1842年12月，林則徐到達伊犁。除夕夜，人們都在辭舊迎新，舉杯暢飲，而林則徐卻心潮起伏，思緒萬千，他非常擔心祖國的前途。
林則徐在新疆，不忘邊防。他行程3萬餘裏，曆經8城，倡導開發荒地。興修水利，實行屯田。他在新疆推廣的坎兒井，當地人稱為“林公井”。對開發邊疆、改善人民生活發揮了很大重用。1845年，林則徐終於回到了北京，後署理陝甘總督，次年任陝西巡撫。1848年，升任雲貴總督。次年因病辭官，回歸故裏。
1850年，英人強占福州神光寺，林則徐發動當地群眾，將其趕走。這時，他還針對1848年以後沙俄多次脅迫清政府開放伊犁、塔爾巴哈台（塔城）為通商城市的事實，在臨死前幾個月，大聲疾呼：“終為中國患者，其俄羅斯乎！我老了，你們年青人應當看清楚。”他敲起“俄患”的警鍾，提醒人們時刻都要謹記鞏固邊防。
1850年11月，林則徐又被重新起用為欽差大臣，赴廣西鎮壓太平天國農民起義。這時他已60多歲了，4年多的戍役生活，使他的身體垮下去了，雙鬢已經白了。在赴廣西途中病逝於潮州普寧縣，終年66歲。
林則徐雖說是封建統治階級的官僚，但他的曆史地位和曆史作用還是應該充分肯定。他是鴉片戰爭時期著名的愛國者，在外敵入侵，民族危機加深的緊要關頭，為捍衛國家主權、民族獨立，他挺身而出，高舉反侵略的旗幟，積極領導禁煙和抗英鬥爭；在清末社會危機四伏，人民深陷苦難之中，他敢於提出若幹發展生產、有利於人民的社會改革措施並付諸實踐；麵對西方資本主義侵略，他勇於探索強國禦侮的途徑，成為我國睜眼看世界的第一人。他的光輝業績永載史冊，人民永遠懷念他。