商鞅，不僅是一位政治家、軍事家，還是一位思想家。他的思想集中體現在《商君書》中。《商君書》現存24篇，是商鞅及其後學的著作彙編，是法家學說的代表作之一。
《商君書》側重記載了法家革新變法、重農重戰、重刑少賞、排斥儒術等言論，主要反映了法家的政治思想。
首先是革新變法思想，這是法家思想的精髓。《更法》篇詳細記述了商鞅與甘龍、杜摯在秦孝公麵前爭論變法的問題。
針對秦孝公怕變更法度、改革禮製受天下人非議的想法，商鞅說：“行動遲疑就不會有名，做事猶豫就不會成功。我勸君王還是趕快下決心變更法度吧，不要怕別人的批評議論。法度是愛護人民的，禮製是利於國事的。所以聖人治國，隻要能使國家強盛，就不必沿用舊的法度；隻要有利於人民，就不必遵守舊的禮製。”
針對甘龍“因襲人民的舊禮俗去施行教化，不費什麼事就能成功。依據舊法度治理國家，官吏既很熟悉，人民也能相安”的說法，商鞅說：“這都是俗人的言論。夏、商、周三代的禮製不同，而都成就了王業；春秋時五霸的法度也不同，而都成就了霸業。所以聰明的人創造法度，而愚昧的人受法度的製裁；賢人改革禮製，而庸人受禮製的約束。我們不能和受禮製約束的人商討大事，不能和法度製裁的人計議變法。”
針對杜摯“效法古人就沒有錯誤，遵守舊禮就沒有奸邪”的說法，商鞅說：“古代的政教不同，我們效法哪個古人？帝王不相因襲，我們拘守誰的禮製？禮製、法度要隨著時代而製定，命令要符合實際的需要。所以我說，治理人民，並非一個方法；為國家謀利益，不必效法古人。”
“三代不同禮而王，五霸不同法而霸”，“治世不一道，便國不必法古”成為商鞅倡導變法的名言。《開塞》篇從考察人類社會發展的不同階段入手，論證了戰國末年隻能實行法治，才是唯一可行的治國道路。“聖人不法古，不修今。法古則後於時，修今則塞於勢”。從而說明隻有變法革新，才能使國家富強興盛。
其次是重農重戰思想，這是法家思想的重要內容。《商君書》中有關重農重戰的論述最多。如《農戰》說：“國之所以興者，農戰也。”“善為國者，倉廩雖滿，不偷於農。”“國待農戰而安，主待農戰而尊。”《靳令》說：“農有餘糧，使民以粟出官爵，官爵必以其力，則農不怠。”朝廷讓人民拿剩餘的糧食捐取官爵，農民就會賣力耕作。《算地》說：“故聖人之為國也，入令民以屬農，出令民以計戰……勝敵而革不荒，富強之功，可坐而致也。”國家富強的功效就在農戰兩項。
《去強》說：“興兵而伐，則武爵武任，必勝。按兵而農，粟爵粟任，則國富。兵起而勝敵，按兵而國富者王。”《墾令》篇還提出了20種督促人民耕墾土地的辦法。如國家按統一標準征收地稅，農民負擔的地稅就公平了，國君講求信用，百官不敢作弊，農民就會積極耕種土地。可見。重農重戰。是法家治國的根本大計。
第三是重刑少賞的思想。對輕罪施以重刑，使人畏懼，這是法家的一個鮮明特征。《錯法》篇說：“明君之使其臣也，用必出於其勞，賞必加於其功。功常明，則民競於功。為國而能使其盡力以竟以功，則兵必強矣。”《去強》篇說：“重罰輕賞，則上愛民，民死上；重賞輕罰，則上不愛民，民不死上。興國行罰，民利且畏；行賞，民利且愛。”加重刑罰，減輕賞賜，就是君上愛護人民，人民就肯為君上死。加重賞賜，減輕刑罰，就是君上不愛護人民，人民就不肯為君上而死。《去強》又說：“以刑去刑，國治；以刑改刑，國亂。故曰：行刑重輕，刑去事成，國強；重重而輕輕，刑至事生，國削。”也就是說，用刑罰來免除刑罰，國家就治；用刑罰來招致刑罰，國家就亂。《開塞》說：“治國刑多多而賞少，故王者刑九而賞一，削國賞九而刑一。”可見法家是重刑而輕賞的。
對如何執行刑罰時，法家主張要統一刑罰。《賞刑》說：“所以壹刑者，刑無等級，自卿相將軍以至大夫庶人，有不從王令，犯國禁，亂上製者，罪死不赦。有功於前，有敗於後，不為損刑。有善於前，有過於後，不為虧法。”這就是說，執行刑賞對誰都一樣。
其四是重本抑末，反對儒術。這也是法家思想的重要組成部分。《壹言》篇說：“能事本而禁末者，富。”所謂“末”就是指的商業和手工業。《農戰》篇說：“農戰之民千人，而有《詩》、《書》辯慧者一人焉，千人者皆怠於農戰矣。農戰之民百人，而有技藝者一人焉，百人者皆怠於農戰矣。”“豪傑務學《詩》、《書》，隨從外權，要靡事商賈，為技藝，皆以避農戰。民以此為政，則粟焉得無少，而兵焉得無弱也。”可見，法家對儒家的儒術是排斥的。
法家是先秦諸子百家中的重要一家。此後的曆代封建帝王標榜以儒治國，其實很重視法家思想。他們是“外儒內法”。因為法家思想有利於建立帝王的無上權威，讓臣民敬畏。在這一點上，儒與法是一致的。