對於用人問題，商鞅是非常重視的。他所期盼的賢人，是明法和守法之人，用人要用賢人，但要使出色的人選產生出來，關鍵仍在於“明主”，隻有明主才能識別和重用賢人，“明主在上，所舉必賢，則法可在賢”。商鞅此語，就明確了主、賢、法三者之間的關係：英明的君主舉拔賢才為官，如此賢才掌握法律，使法律得以貫徹執行。
戰國時期是一個需要大量治國人才的時期，因此，幾乎所有學派，所有的思想家都提到了重視賢才、選拔和重用賢才的問題。像墨子，就是一個典型，他就是使勁提倡重賢的。墨子提出尚賢的思想：“雖在農與工肆之人，有能則舉之，高予之爵，重予之祿，任之以事，斷之以令。”他還根據“量功分祿”的原則，提出“官無常貴，民無終賤，有能則舉之，無能則下之”的可上可下、能上能下的原則。商鞅的用人思想，在這樣一個原則上，與墨子的基本精神是一致的。
商鞅的用人思想，強調了這麼三條原則：
一是從有爵位的人員中提拔官員。他明確地提出“不官無爵”，秦人取得爵位的途徑是二條：一是建立軍功，二是通過向國家交納相當數量的糧食。有爵之人主要是軍功人員，讓他們當官，既是秦國“國以功授官子爵”的原則的確認，這也可以看作是秦對建立軍功人員實行重獎政策的一個延伸。這有利於秦國迅速崛起的軍功地主階層參與各級政權。
二是不用遊說之士。他把滿足以“巧言虛道”求官的人稱做“勞民”，意即博取那些對國家無用之士的歡欣。商鞅痛恨這類人，他絕不允許“垂衣裳而談說者”得到好處。然而，從《商君書》也看得出，當時又確實存在力圖以言取官的現象，這當然是與商鞅鼓勵農戰和加強統治的政策相違背的。他明確宣布：都根據功績來取官爵，否則，即使嘴巴再會說，也沒有用。
三是不用那些走門路，搞賄賂的人。從《商君書》可以看出，當時存在著“下動眾取貨以事上而以求遷”的醜惡現象。“多貨，則上官可得而欲也”，這是一部分官員的心態。商鞅是堅決主張堵住這條邪路的。
雖然商鞅表述過用賢人的思想，但他對於何為“賢人”，思想既混亂，又狹隘，他所需要的賢人，實際上是有幹練的行政才能，又能忠實地執法的人，而思想新穎、活躍，善於思考和論辯的人才，反而是為他所忌的。
他要求嚴厲查處“邪官”。
什麼是“邪官”，商鞅沒有給予具體的解釋，但這似乎又無需解釋，古往今來，隻要有了官，隻要還有官，誰不知道“邪官”。
貪汙腐化是邪官，徇私舞弊是邪官，草菅人命是邪官，不問民謨是邪官。
在人們所聽到過的名字中，隨便可以舉出一串來。高俅是邪官，梁中書是邪官，和坤是邪官，王寶森是邪官。
自古以來，老百姓吃邪官的苦頭可吃夠了，可以說，沒人不恨邪官。
但是，哪朝哪代沒有邪官？有的朝代還管得嚴些（大多也隻是在立國之初），有的就讓邪官成了氣候，無法無天，百姓更是吃盡苦頭。
很多人沒有聽說過商鞅對邪官的態度，要是知道商鞅是那樣痛恨邪官，恐怕真還會覺得商鞅可愛呢。
當然，商鞅對邪官那樣也並不是愛百姓，為了保護百姓，而是為了建立一個正常的政治秩序，他不能容忍那些目無法紀而又占著官位的蠹蟲肆意踐踏法製，這樣，國家毫無秩序可言，一片混亂，哪裏還談得上富強壯大。他說：“官無邪，民不敖，”官不壞，百姓就不會遊蕩在外，而會安心在家務農，正因為這，他才那麼重視不讓“民中苦官”的情況出現。
看來，商鞅為壓製邪官還是盡了一定努力的。也許，秦國的老百姓後來擁護商鞅，其中很重要的原因正是因為商鞅為他們減輕了邪官的禍害吧。
在他看來，官員最重要的是必須懂法，一切行動、政措都必須以法律為準繩。他說：“吏不敢非法遇民，民又不敢犯法，”這樣來確立官與民的共同準則。