司馬遷在《史記·商君列傳》中說：“商君，其天資刻薄人也。”還說：“刑公子虔，欺魏將昂，不師趙良之言，亦足發明商君之少恩矣。”認為他在秦國背上惡名，是咎由自取，理所當然的。
《商君列傳》既說商鞅實行變法，使“秦民大悅”，又說他“卒受惡名於秦”。商鞅在秦國到底名聲如何？看來，在司馬遷的筆底，反映了不同的聲音。本來，社會成員對於一個人的評價是難以一致的，秦國那些心懷不滿的宗室貴戚們是十分仇視商鞅的，還有，“大臣苦法而細民惡治”，這些人也是對他深懷不滿的。處於秦國利益關係焦點的商鞅，不可能獲得一致的評價。
司馬遷客觀地記述了秦國社會若幹層麵對商鞅的評價，同時也通過他的修史“筆法”表現了他個人對商鞅的好惡。不管怎樣，作為中國古代最偉大的史學家，司馬遷對商鞅的評價是值得我們重視的，他確實指出了商鞅作為曆史人物的個性特點。當然，商鞅的為人為事，是其性格（司馬遷所說的“天資”是這個意思）決定的，還是其思想決定的，這是一個很複雜的問題，可能的情況是，他的性格因素使他更容易接受法家思想，而法家思想又使他原有的性格特征更為突出。
司馬遷是一位史學家，也是一位文學家。文學家寫作是帶有感情的，沒有感情成不了文學；史學家呢，當然，最好能心盡量平和公正，感情色彩越少越好，但要史學家把感情因素完全排除：幹淨，事實上也很困難。學者評論司馬遷，早已指出，司馬遷的筆端是帶有感情的。熟悉司馬遷的人都知道，他的思想一道（道家）二儒（儒家），對法家是有反感的，而他一生之中遭受的摧殘（他曾受了殘酷的宮刑，這使他對嚴刑峻法有切膚之痛），又怎能讓他對起勁鼓吹以刑懾民的商鞅心懷好感？
商鞅一生中，的確是幹過一些心狠手毒的事的。在曆史的有關記載中，以下麵這樣兩件事最為典型。
他的新法搞了十年，在秦國產生了顯著的成效，原先一些說新法不好的人也改變了態度，從敵視變為擁護。作為變法的主持者，理應對此持歡迎態度，並對原先的反對派給予寬容。然而，商鞅卻不是這樣，他把他思想中知變通達的理性完全拋到腦後，而表現出極度的狹隘和暴戾。當出現一些“初言令不便者有來言令便者”時，他非常霸道、毫無道理地說：“此皆亂化之民也”，把他們都遷到邊城。從此後，老百姓誰也不敢議論他的政令了。
通過《新序》一書的記載，我們還可以知道商鞅所做的更狠毒的事情。有一次，他下達死刑命令，把七百餘人趕到渭河邊上去處死，殺得渭河的水變得通紅，號哭之聲，響徹天地。或許，按照商鞅製定的刑法，七百餘人中確有可殺之人，但也總有可殺可留之人，何不寬大一些，放過些，即使是殺人，又為什麼要這麼集中，搞大規模的屠殺？這似乎也不難解釋，因為商鞅的法家理論使他相信，不這樣不足以使民畏懼。七百餘人的集體屠殺，正是他向民眾示威。他要借用這些死者的鮮血向民眾宣示，隻有絕對服從，決莫妄生僥幸。