現在我們要說到與孫先生同時代的維新黨的活動情形了。維新黨的首領是康有為，梁啟超是有為萬木草堂的學生，也是一個重要分子。康有為和孫先生同為廣東人，但他是理學傳家的世家子，不像孫先生是一個貧苦的農家子弟，因此他是富於忠君的思想，常常在想怎樣的才能替滿清皇帝效忠，這是和孫先生排滿革命的主張，顯然是不同的。但他們活動的開始，都是直接受了甲午中日戰爭影響的結果，當孫先生上書李鴻章的時候，不久康有為新中舉人，也就聯合一批新舉人公車上書。當孫先生在檀香山成立興中會，康有為的桂學會、保國會也相繼成立。當孫先生在廣州第一次起義時，康有為曾派人向楊衢雲和孫先生磋商合作，陳少白也在這時期，認識了梁啟超。那時維新黨隻是在士大夫階級中活動，並沒有廣大的群眾，所以很想與革命黨聯絡，但一部分維新黨人，卻代表了士大夫階級的口吻，對於革命黨是和會匪一樣的看待。
當孫先生在倫敦蒙難省釋以後，國際上已引起很多同情和注意。康有為的信徒麥孟華在《時務報》上作的“論會匪宜設法安置”一文內，卻說：“今日之會匪，其勢之大，其人之智，更非發逆所能望其膚背……哥老、理教、三合、興中諸會匪，或煽於東南，或熾於西北，或動於內地……孫汶（文）之案，沙侯誥難（即沙士伯裏侯），徒辱國體，實張彼焰。忍而置之，則養疾貽患，起而救之，則乏下手之策。”這種論調簡直是替滿清政府張目，但他們隻迎合了士大夫階級的心理，卻沒有廣大群眾擁護的基礎，不像革命黨在海外深入會黨中間。維新黨一直到紀元前十四年（1898年），清帝德宗接受康有為變法維新的主張，康梁大活動於宮廷之間，才算是他們最得誌的時期了。這時期是正當孫先生避跡日本的時期。
孫先生這一次剛到日本的時候，橫濱的中西學校正籌備就緒，由少白的提議，請梁啟超代聘教員，梁所聘的教員，不用說，都是維新的重要分子，如徐勤、陳默庵、湯覺頓等，並且改校名為大同學校。孫先生以為大家都為國事奔走，對於這一個校名的變更，絲毫不介於懷。徐勤等到日本後，對於孫先生也非常尊敬，所以雖是各有宗旨，在感情上也很融洽的。但孫先生往還東京橫濱各埠，非常忙碌，對於校務，不能兼顧，徐勤就乘機進握教育權，並且與橫濱的僑商，朝夕酬酢。廣為交際。把當時興中會創立這學校時的形勢一比較，到現在幾乎已成反客為主的形勢了。
康梁的百日維新運動，終於失敗了，熱心的日本誌士，卻想利用這機會使革命黨與維新黨聯合起來，共謀國事。因此當康有為由京逃滬轉道香港的時候，宮崎寅藏就在香港引導康有為到日本，梁啟超也由平山周的保護，從天津下塘沽，繞道赴日，先康有為七日到東京。康有為到了東京，孫先生因為同是為政治奮鬥而出國的人，他滿懷著一腔同情。特地找宮崎陪著他去看康有為，但是迷戀著君恩浩蕩的康有為，怕和革命黨接近了，不能表白他的心跡，雖是孫先生親自臨門訪問，他竟不敢出來見孫先生。宮崎寅藏對此事有這樣一段記載：“翌日，孫逸仙君來訪，欲餘介與康君相見。康君托事而謝絕之。孫君之求見康也：蓋對於彼之現狀，不堪同情，一相見而慰異鄉之托命，所謂古義照人心也。然康君之避而不見者亦有理由：蓋孫君之價值，自民黨之一麵觀之，則希世之英雄，銅石範而香花視者也。然自清帝一麵觀之，則背叛之逆賊，以十萬金購其頭顱而不惜，而孫君之視清帝亦為不共戴天之仇。至於康君者雖一朝蹉跌，受刊章之捕，蹈海亡命於千裏之外；而螭坳綦跡，夢想三天，尚冀賜環有日，宣室重逢，為偽朝建不世之業。故自行跡而言，不能與罪人相交接：自利害而論，尤不願與政敵相周旋。此所以望氣而卻步，舉扇而恐元規之塵汙。”（《三十三年落花夢》）
康有為的為人，在氣度宏大的孫先生麵前，自然益見其褊狹而不足有為了。後來，由犬養毅的發起，邀請孫先生和康梁等一起到他家裏去會麵。犬養毅的意思，是要他們討論兩黨合作的辦法。那時少白已經從台灣回到日本來，孫先生和他就踐約而去，但康有為竟托故不到，由梁啟超代表他和少白談論，終於一無結果而散。
康有為派不能和革命黨合作，是為要將來他們再回滿清政府留餘地，因此不久，他們就打起保皇的旗子，一麵反對西太後，一麵卻擁護德宗。在這情勢之下，於是保皇黨和革命黨對立的形勢，愈其顯著了。那時天津的《國民報》發表了一篇《中山樵傳》，是保皇黨人所做的，對於孫先生大肆攻擊。橫濱的大同學校也發現不許孫文到校的紙條，他們對於革命黨步步進逼了。大同學校的教育權早被保皇攫取了，擔任校長的就是徐勤。那天孫先生到學校裏去看那些教員們，但他們都出去了，沒有看見一個人，隻有桌上放著這樣的一張不署姓名的條子，孫先生看了很奇怪，就走了出來，見著幾個興中會的同誌，就把這段意料不到的事，告訴了他們。大家聽了，都非常不平，一齊到大同學校去大興問罪之師，徐勤見來勢洶洶，不敢出來。他們吵著要追究桌上字條的來曆，徐勤就站在門口說：“不要誤會，字條不是他寫的。”當時一部分校董也在，就出來調停。興中會的同誌，都責徐勤不念木本水源，有些激烈的同誌，要同他們火並，經孫先生一再製止，才沒有意外事情發生，但這樣一鬧，大同學校就成為兩黨短兵相接的地方，後來日本誌士也出來調停，推犬養毅為名譽校長，校務才得繼續維持。這也是革命黨和保皇黨衝突的一場小風波。