孫先生淹滯日本，中國的革命風雲，表麵上是暫時平靜了，但太平洋上的風雲卻已兩變其顏色。這就是菲律賓人脫離西班牙人的羈絆轉而反抗美國的一個壯烈的獨立戰爭。菲律賓是和古巴同為西班牙的殖民地，他們不斷地向西班牙反抗。1897年獨立戰爭又起來了，但結果是失敗。這時候是正當美國的勢力向太平洋猛烈進展的時候，因為爭奪殖民地的緣故，也就和西班牙開戰了，聰明的美國就利用了菲律賓和古巴的獨立軍，要他們內應。戰事的結果，西班牙在內外夾攻之下，當然是失敗了。美國就代替著西班牙的勢力而統治它們。古巴以及波爾多黎各島，都歡迎美國幹預他們的內政，但菲律賓島卻毫不躊躇地要求完全自由。這是出乎美國意料之外的。它們就對菲律賓的獨立運動，施以嚴重的壓迫。菲律賓獨立軍領袖阿奎那度就把抗拒西班牙的軍隊轉而向美國血戰了。一個久處在殖民地地位的菲律賓島和強大的美國抗戰，當然是不能取勝的，原因是缺少新式的軍械，阿奎那度不得已通電亞洲各國求援，並密派代表彭西到日本購取軍械。彭西對於孫先生很是敬仰的，並且知道他和日本民黨有關係，就托了一個香港朋友介紹見孫先生，並以購械全權委托孫先生。這是顯然的，大家都是為民族獨立而革命，因此孫先生一見了彭西，就表示十萬分的同情，對於購械的委托，毫不推諉地接受了。那時孫先生對於國內軍事的規劃，一無成就，所以一聽到菲律賓獨立軍的求援，認為是一個絕好機會，就主張率領興中會會員投人菲島獨立軍，幫助他們去反抗美國，等到菲島的獨立運動成功了，再由菲人協助中國完成革命。這是何等遠大的目光，菲律賓代表和中日同誌聽了孫先生的提議，大家都一致地讚同。於是孫先生履行代購軍械的約定，和宮崎寅藏商量辦法了：
“你能替菲律賓設法購軍械。並且安全地送到那邊嗎？”
宮崎是一個熱血豪俠的人，聽了孫先生的囑托，就慨然接受了這個使命。但他對於這事情，是完全外行，就轉商於犬養毅，犬養毅告訴他說，私運軍火，必須要避開警吏的注意，都不是我們所能做的，但商人貪利忘義，是不能隨便托他的，必須找忠實而有肝膽，並且具有商人手腕的人去辦才好。後來就介紹中村彌六擔任這件事。
人選既經決定，孫先生就負起間接的使命和他接洽，但為避免警吏的注目。由宮崎寅藏和平山周做傳達消息的機關。同時孫先生為要和彭西接洽便利起見，就從東京又搬回橫濱來住，因為彭西是住在橫濱的。經過了許多周折。中村彌六從大倉會社購到了大批的軍械，又向三井會社雇了一隻布簾丸輪船，準備載運到小呂宋去，搭船同去的有日本誌士二人，就是高野和及林。但不幸這輪船離開日本，到了上海外的洋麵，忽然沉沒。平山周和原楨本來也想到菲島去從軍的，原楨原是一個陸軍大尉，他辭了職準備去的，結果因事中止，竟免去這個危險。菲律賓代表以及菲律賓的獨立軍，得到這個不幸的消息，當然是悲傷極了，孫先生也為了這件事非常懊喪，被壓迫民族的命運，是同樣的可憐，孫先生內心的煩悶和焦急，是可以想像得到的。
在這黯淡的境遇中，透露了一絲光明的，便要算是長江閩粵各會黨一致並入興中會的一件大事了。這是孫先生經過許多籌劃和布置而成就的一個結果。原來當孫先生和保皇黨離合不定的時候，早就注意到宣傳政策和切實聯絡會黨的計劃。所以一麵命陳少白回香港創辦《中國日報》，宣傳革命主義，同時，招募同誌和聯絡會黨，一麵命平山周到長江一帶去聯絡哥老會。因為平山周在中國北方，曾經認識了一個湖南哥老會首領畢永年，畢永年是和保皇黨人有往來的。這時候平山周就要他到日本去見孫先生，保皇黨恐怕他為孫先生所利用，就向他哄騙說：“哥老會立刻要起事了，你趕快回國吧。”他很相信地就回到上海，但後來知道並沒有這些事，就和平山周到湖南的長沙、瀏陽、衡陽一帶去，遇見了很多哥老會頭目李雲彪、楊鴻鈞、張堯卿等。那時陳少白在香港早已加人了三合會，龍頭又封他做白扇，鄭士良也奉了孫先生的命令，在香港設立機關，招待會黨，於是由香港發動，要畢永年率領長江一帶的會黨到香港來大會合。不久，畢永年就率領各頭目到香港來，於是集合兩廣福建長江一帶會黨首領於一堂，歃血為盟，一致公推孫先生為會長，並鑄一印信，以昭鄭重。這次大會，宮崎也參加的，就由會眾推他和少白把印信帶到日本去送呈孫先生，這是中國革命史上一個最顯著的異數，各地最複雜的會黨竟能聯絡起來，革命的聲勢陡然增加了不少，而統一指揮的就是孫先生。