孫先生這一次到日本，大約是在紀元前七年（1905年）的秋天。這時候，日本留學界的情形比從前大不相同了，幾乎都是從各地亡命而來的革命同誌，最著名的就是華興會的黃克強、宋教仁、陳天華等：廣東同誌胡漢民等也在東京法政學校肄業。黃克強，初名黃珍，號慶午，後改名興，別號克強。是湖南善化縣人，湖北兩湖書院的高才生，以官費留學日本。紀元前九年（1903年）俄國侵占東三省的事情發生，國內外學界部非常憤慨，克強就首先發起拒俄義勇隊。紀元前八年更組織華興會，湘籍留學生，大多數加入。他們一麵努力向國內學界鼓吹，一麵聯絡會黨，並在長沙明德學校中，盡量宣傳，更設立東文講習所，作運動的機關，一時國內外學界加入的，漸次增至四五百人：他們另外又設立同仇會，專為聯絡會黨機關；哥老會員加入的近十萬人，聲勢在紀元前十二年（1900年）唐才常一役之上。他們預定趁紀元前八年（1904年）九月西太後萬壽節日，分長沙、嶽州、常德、衡州、寶慶五路起事。宋教仁也在此時，跟著黃克強等回湘活動，擔任常德方麵發難的任務。不料在萬壽節的十日前，事機便泄露了，湘撫嚴密查拿，克強以聖公會牧師黃吉庭及曹亞伯衛護出險，逃往上海。宋教仁這時剛到長沙，一聽到事情有變了，也逃往上海。他到了上海，黃克強和陳天華、張繼、章士釗等十餘人，又因萬福華槍擊王之春案的嫌疑，正在被捕房拘究，因此就足不停留地一直到日本。不久，黃克強和陳天華等因得龍璋、袁海觀的營救，也避往日本。於是黃宋等在留日學界，特別露頭角，組織一種雜誌，名日《二十世紀之支那》。
這是孫先生未到日本以前的形勢。那時宮崎寅藏等見到湖南革命同誌的增多，也很留心，他們極力主張華興會和興中會應當密切地聯合起來，使革命力量集中。因此宮崎常常和克強、教仁接洽。說孫先生是誌趣清潔，心地光明，現今東西洋再沒有這樣一個偉大的人物了。克強、教仁等對於孫先生因此非常敬仰。等到先生一回到日本，東京和橫濱道上往來的各省留學生頓時非常忙碌。那時孫先生還是繼續住在橫濱，奔走最多的要算是程家檉了，他也是主張華興會並人興中會另組革命團體的一個，因此由他介紹，請孫先生到東京《二十世紀之支那》社和宋教仁會晤，討論這個重大問題。
這是七月二十八日的事情，孫先生應程家檉的邀請。和宮崎從橫濱到東京來看宋教仁了。這時陳天華也在《二十世紀之支那》社，大家見麵了，就談到本問題，孫先生先問教仁這裏同誌有多少？教仁還沒有答複，陳天華就把前年長沙的風潮說了一下，又說到他們革命的方略。孫先生聽了就很懇切地縱論現今大勢和革命方法，最後更鄭重地說：
“中國現在，不必憂各國的瓜分，但憂自己的內訌。如果這一省欲起事，那一省也欲起義，大家不相聯絡，各自為謀，結果便造成秦末二十餘國的爭鬥，和元末朱、陳、張的變亂。這時候各國乘機幹涉，中國就可以立刻覆亡。所以現在我們革命形勢中的問題，就在怎樣地互相聯絡，使革命的力量，切實地團結起來。”
這確是當時革命形勢中的病態。要不是像孫先生富有這樣偉大的領袖天才，把各地革命同誌整個團結起來，中國革命的口號。雖是已經喊了出來，不曉得現在已變成了怎樣一個局麵呢？因此，孫先生這一次在歐洲結合許多同誌，是重組革命團體的初步，現在到日本來，更想擴充興中會變成一個整個容納各方麵革命分子的團體，這是孫先生憑多年經驗對於革命運動更有進步的表現。
宋教仁等對於孫先生的意見，非常讚成，孫先生同時又和黃克強商議，黃克強也很願意重組一個革命團體。因此，就在七月三十日假東京赤坡區檜町黑龍會舉行籌備會。到會的各省留學生七十餘人，除甘肅一省因無留學生，沒有人來，其餘十七省的都有。日本同誌宮崎寅藏和末永節也來參加。
開會的鈴響了，孫先生就首先起來說明開會宗旨，並提議組織革命團體，定名為中國革命同盟會。大家對於組織革命團體是一致讚同的，但對於名稱有很多意見，有的主張稱為對滿同盟會。孫先生說革命黨的宗旨，不專在排滿，應當兼顧到廢除專製和創立共和二大意義，所以不能單純地說是排滿。大家都明了這革命團體的宗旨了，但這是一個秘密組織，如果把革命二字很明顯地提了出來，恐怕在實際行動上有許多妨礙，因此討論的結果，決定簡稱為“中國同盟會”。孫先生隨著提出宣誓詞請大家執行宣誓。誓詞的內容，和在歐洲時所用的差不多，但有些人對於“平均地權”四個字，大起疑問，要求孫先生把它取消，孫先生詳詳細細地解釋了一番，大家就毫無異議。因此黃克強提議，請讚成的就書立誓約，當眾宣誓，於是大家都實行宣誓，由孫先生領導先開始，誓詞的原文是這樣：