法國武官的調查工作，雖告失敗，但革命的聲勢已經比從前格外伸張了，孫先生趁著在日本有許多同誌可以討論的機會。於是決定草訂革命方略，把革命進行的大綱和革命軍發動時對外關係、軍隊編製、籌餉、囤糧、安民、招降等等要點，都規定在這裏，成為一本革命黨人的必備秘本。這是孫先生革命理想和行動綱領具體完成的開始，是最有意義的一件事。同盟會本部許多同誌都很讚成這個提議，於是開始討論草訂內容的辦法。第一關於革命軍發動時發號施令的機關，主張必須組織軍政府，這是大家一致同意的。第二關於革命軍發動時應該有代表一種新的革命的旗幟，以有別於滿清政府的黃龍旗，卻發生了許多分歧的意見，孫先生的主張，是要沿用興中會的青天白日旗，他說：
“革命軍的旗幟，決不能忘掉最先流血的先烈的精神；青天白日旗是先烈陸皓東所發明的，興中會諸先烈為了這旗而流血的，不知有多少，我們應該永遠留作紀念。”
“可是這旗幟的形式，太不美觀了，並且和日本的旭日旗相近，最易引起誤會的。”黃克強首先表示異議。
“青天白日的顏色，非常鮮明，是表示光明正照的意義，還不美觀麼？如果和日本旗稍近，可以再加上一種紅色，成為青天白日滿地紅的三色旗，也是舉世共曉的民主主義的旗幟。總之，這旗是革命軍的唯一的標識，我們必須要永遠采用的。”
“如果以興中會的旗來代替同盟會的旗，那末我們在湖南起義時也曾用過一種旗，我們也可以說這是華興會的革命標識，要同盟會來采用它，因為這旗也曾有人為它流過血。”克強似乎帶了些意氣這樣說。
“我們平均地權的宗旨，是和古代井田的意思差不多，我們還是用井字來做革命的標識吧！”廖仲愷想緩和兩方麵的意見，這樣提議著。
“用金瓜斧鉞式，以發揚漢族的精神，也可要得。”又是一種調和的提議。
“那還是用十八星式吧，以表示十八行省。”
“如果因為三色太單調，可以增加為五色。似乎更合乎中國曆史上的習慣，所以我們不妨采用五色旗。”
這樣複雜而分歧的意見，大家都不能解決了。這是很明顯地還是同盟會未成立前各地革命誌士各自為政的痕跡的遺留，孫先生為顧全大局起見，不想以口舌來爭辯，隻有拿努力來表現到事實去。章炳麟、劉揆一等也沒法調解，主張把這個問題保留起來，暫時不討論，這一場辯論因此結束，但是在革命史上終於留下了一個遺憾，雖是此後潮、惠、欽廉、鎮南關諸役起義，都用青天白日旗，克強也親身參加，率領英勇的同誌衝鋒陷陣，對於這旗也表示默認了，然而民國元年臨時政府規定國旗，反而沒有采用它。這不是顯示著同盟會同誌的易於為環境所轉移麼？所以這一次討論，大家對於孫先生意見，不肯尊重。不能不說是革命史上的一個遺憾！
國旗問題既然擱置起來了，但孫先生主要目的。是在編訂革命方略，所以辯論終結了，就開始這革命運動綱領的規劃，幫助孫先生這一個重大工作的，是胡漢民和汪精衛。在這一個方略中，孫先生當時全部的革命理想和計劃都已充分地表現出來了。全書共有十三節：一、軍政府宣言；二、軍政府與各國民軍之關係條件；三、軍隊之編製；四、將官之等級；五、軍餉；六、戰士賞恤；七、軍律；八、略地規則；九、囤糧；十、安民布告；十一、對外宣言；十二、招降滿洲將士布告；十三、掃除滿洲租稅厘捐布告。關於革命發動後的各方麵，都很詳細地規劃妥當。《軍政府宣言》是一篇革命的具體綱領，第一段是闡明革命的意義和軍政府的責任，說：
今者國民軍起，立軍政府，滌二百六十年之膻腥，複四千年之祖國，謀四萬萬人之福祉，此不獨軍政府責無旁貸。凡我國民皆當引為己責者也。維我中國開國以來，以中國人治中國，雖間有異族篡據，我祖我宗當能驅除光複，以貽後人。今漢人倡率義師，殄除胡虜，此為上繼先人遺烈，大義所在，凡我漢人，當無不曉然。惟前代革命，如有明及太平天國，隻以驅除光複自任，此外無所轉移。我等今日與前代殊，於驅除韃虜，恢複中華之外，國體民生，尚當變更。雖經緯萬端，要其一貫之精神，則為自由、平等、博愛；故前代為英雄革命，今日為國民革命。所謂國民革命者。一國之人皆有自由、平等、博愛之精神，即皆負革命之責任，軍政府特為其機關而已。自今以往，國民之責任，即軍政府之責任，軍政府之功，即國民之功。軍政府與國民同心戮力，以盡責任。