萍瀏起義失敗以後，民氣的激揚，已不可複抑。滿清政府知道這是由居留東京革命黨人鼓動而起，因此命出使大臣楊樞力求日本政府驅逐革命黨重要人物出境，使他們無活動餘地，日本政府為要討好於滿清政府並希圖從中索取權利起見，竟答應了，在紀元前五年（1907年）一月，正式迫孫先生離境。這是孫先生的家常便飯，十二年前第一次廣州起義失敗後，香港政府就有禁止五年入境的命令，到紀元前十二年（1900年），已五年滿期。孫先生上岸了一下，又重申前令，革命黨人的生活，是常常遭受人家威脅的。但這時孫先生活動的範圍，比從前更廣大了，因此對於日本放逐的命令，毫不在意。同時孫先生因為萍瀏起義失敗以後，必須要繼續不斷地從事實際行動，使滿清政府疲於奔命，而且上一年早已派黃克強到過廣西和桂林巡防營統領郭人漳遊說反正，現在郭人漳的軍隊，剛由廣西調到廣東的羅定，正是活動的絕好機會。另一方麵，在潮州黨人的運動，已經成熟，準備起事的報告，正在這時到達，潮州的事情，是由許雪秋主持的。雪秋自在新加坡加盟，奉了孫先生命令回來了，積極進行，時機更熟，孫先生也派了喬義生、方瑞麟、郭守毅、張煊、方次石、方漢城、梁鳴九，及日本同誌萱野長知、池亨吉等前往襄助，於是決定一月七日發動，分兩路起事：一路從浮山進取郡城；一路從黃岡進取汕頭。第一路有郡城內的十八館同誌為內應，第二路由惠來、陸豐、揭揚、豐順等地同誌，準備響應。其他總務，財政，外交等事宜，也都派定了負責的同誌。這樣決定了，就在七日晚上發難，許雪秋、方瑞麟、謝良牧、李次溫等都騎了馬到湘子橋邊，靜候義軍到臨。但浮山一路發動後，數百同誌走到澄福鋪，忽然風雨大作，各鄉同誌不能如約集合，隻在大雨淋漓中旋聚旋散，不能到達潮州城。雪秋等候至天明，看見毫無動作，就悄然而散，黃岡一路也停止發動，這次的事情，就這樣流產而失敗了。雪秋於是一麵通告各同誌暫停動作，一麵把經過報告孫先生。孫先生接到了報告，就答複道：“以後潮屬舉事，須與惠州欽、廉同時並起，以牽製清軍，萬勿孟浪從事，徒傷元氣。”因為孫先生早有準備西南大革命的成算，所以要雪秋等待機再動，一麵也就決心離開日本回到南方來了。
這時候孫先生很窮困，竟沒有方法籌集一筆旅費，正好有一個日本朋友鈴木五郎仗義疏財。他是一個造船發財的人，宮崎和他非常熟識，就運動他幫助了一萬四千塊錢。孫先生有了這一筆款，就很有把握了，於是拿二千元交給《民報》社作為出版費用，其餘都留作同誌的路費。但《民報》社一部分同誌，對於孫先生這種辦法，竟發生許多誤會，因此起了種種糾紛，我們留待以後再說。
這次跟孫先生一路去的，有黃克強、胡漢民、汪精衛等，二月初一日到香港。孫先生派克強、精衛留駐下來，準備到郭人漳營中去遊說。克強住在一家日本人開設的鬆原旅館，是要避免外人的注目。但不久有一個同誌張伯喬從廣州來報告消息，說人漳又調駐欽州，並且省城的當局已探得克強的行蹤，要求港督引渡。同時鬆原旅館也忽然有幾個清吏派來的偵探窺伺；克強知道一時不易著手進行，因此派胡毅生跟人漳到欽州，相機行事，自己就回到日本。精衛和漢民也搬到普慶坊機關部去暫住，於是許多同誌，如許雪秋、劉師複、鄧子瑜、廖平子等都來接洽，經過幾次計議，他們都先後分赴廣州、汕頭、歸善、欽州各地去積極進行。孫先生也帶了胡漢民到新加坡轉往安南，經營粵、桂、滇軍事。
孫先生坐的是日本船。先到新加坡，耽擱了幾天。負責潮州軍事的幾位同誌如黃乃裳、許雪秋、陳芸生、蕭竹漪等，也都先後到新加坡晚晴園來，向孫先生報告一切，麵領機宜以後，就回去分頭工作。孫先生又和張永福、林義順、陳楚楠等會麵幾次，準備趕赴河內布置一切。臨行時交下密電碼、通訊暗號及通訊地址等。
在革命運動中，通訊是一件很重要的技術，關於革命起義的情報，軍事機宜的指示，軍械軍餉的籌劃，和其他一切活動情形，都需要通訊來聯絡和指揮。孫先生在這一個重要技術上，也費了不少腦筋。三年以前，紀元前七年（1905年）孫先生匆匆過此時，曾和張永福等約了一個密電，那是很簡單的，隻是就已有的電碼，稍為變通它的番號罷了。當日約定的原則是：來電照加一〇三，去電照減一〇三，如收到來電是二一二三，就應該加上一〇三，即二二二六號。是代表電碼上的一個什麼字。如果要發二五九六這個字，則須減去一〇三，用二四九三這個假號數發出去。這種辦法，用現在的眼光來看，似乎和明碼一般，完全不能保持什麼秘密，但在那時，也有它的效力。
孫先生這次在新加坡，又自己發明了一種新的電碼密本，親自編寫，印發應用。以後就成為同盟會在紀元前四年左右通用的密本。全部密碼共計二十六頁，每頁用一個英文字母代表，但不必依次排列。每頁之內，各分十行，每行二十字，全頁二百字。二十六頁統計，除少數空格之外，共約五千多字，普通所用的字數，大體已夠。至於它的用法，大致如次：
每麵十行，各以一個字母代表。由左至右，分寫上ABC……J等。每行二十字，同樣各以一個字母代表，由上至下，分寫為ABC……T。因為當時收發電報，多在海外，故以英文為主。應用的辦法，是以三個字母歸為一組。把它看成一個單字，再查電本。第一個字母，代表頁數，A字母查A麵，Y字母查Y麵。第二個字母，代表橫的各列，如G字母在第七行，S字母在第十九列。第三個字母，代表直的各行，照中國習慣由右至左的數法，B字母在第九行，H字母在第三行。拿目前通用的密碼本來說，即是先橫後直的意思。不過目前的中文電報，是以四個號碼組成一個單字，前兩個號碼代表頁數；而這個辦法則以三個密碼（字母）組成一個單字，把第一個號碼（字母）代表頁數罷了。當時的原電，現存的已少，我們曾經在張永福所著《南洋與創立民國》中，見到一張影印的電稿，茲將原文列出，並舉例說明於下（同時亦可大略推知密碼全部）：
原電係以五個字母組在一個單字，共計十二字。
Keamn Wesehrlhgy Jrjmj gdaxh hmina emieb retqh rrhiy exreh bhciz myfxo。
但把每三個字看成一組，當做一個單字來算的話，則共有二十字。如：
Kea mnw eae hrl hgy jrj mjg dax hhm ina emi ebr etq hrr hiy exrehb hci zmy fxo。
按密碼本翻出來，乃是（XX君昨晚由西貢搭法公司來星望落船招待孫。）
為什麼發電時用五個字母為一組，而譯電時又用三個字母為一組呢？這除了關於秘密的作用以外，還有一個節省電費的好處。照當時電報局的通例，明碼每字不得超過十個字母，急電或緩電相同，密碼則隻以急電為限，而每字不得超過五個字母。因此，孫先生為達迅速和節省的目的，便決定了這個辦法。比如上麵所舉的例，電報隻需付出十二個字，卻可以收到二十個字，幾乎能節省一半。如果秘密泄漏，又可隨時另行約定。更改頁數的字母，和將橫直字母的次序改換。