對於樓蘭城的消失，最盛行的說法是由絲綢之路的變遷造成。兩晉之後，絲綢之路改走北道，中原在樓蘭的駐兵和屯田事業也從此向北轉移，所以，在這種情況下，樓蘭古城便慢慢被廢棄，最終銷聲匿跡。
也有人認為是戰爭摧毀了樓蘭城。作為重地，曆史上匈奴、吐蕃、月氏等國都曾統治樓蘭。在樓蘭城周邊的多處墓地可以看出，在同一區域同一時期的墓地葬有不同的人種。有可能是樓蘭被占領後，占領者實行了屠城，然後撤離，樓蘭因此慢慢被風沙湮沒。
還有兩種針鋒相對的猜測，一為樓蘭毀於幹旱，一為樓蘭毀於洪水。持前種觀點的人認為，樓蘭為絲綢之路的必經之地，漢、匈奴及其他遊牧國家，經常在樓蘭國土上挑起戰爭，使水利設施和植被受到嚴重破壞，公元3世紀後，流入羅布泊的塔裏木河下遊河床被風沙淤塞。據《水經注》記載，東漢以後，樓蘭嚴重缺水。敦煌的索勒率兵1000人來到樓蘭，又召集鄯善、焉耆、龜茲三國兵士3000人，不分晝夜橫斷注濱河引水進入樓蘭緩解了樓蘭缺水困境。但在此之後，盡管樓蘭人為疏浚河道作出了最大限度的努力和嚐試，但樓蘭古城最終還是斷水了。水資源的缺乏使得人們的衛生狀況惡化，抵抗力減弱，於是瘟疫爆發，樓蘭古城居民為了生存隻得棄城出走，留下死城一座。在肆虐的沙漠風暴中，樓蘭終於被沙丘湮沒了。這種說法的依據是，國內外探險者在樓蘭古城的廢墟中不僅找到了大量珍貴的文獻，還有各種財物，看來樓蘭古城是突然間被廢棄的，但是這裏卻沒有戰爭的痕跡。也許，隻有瘟疫才能造成十室九空的景象，才能讓人不顧一切地逃離。
與此相對的猜測是樓蘭古城毀於洪水。有人認為，在1600年前羅布泊窪地及其周邊有大麵積的森林，種類繁多的植被，飛禽猛獸出沒於此，生態環境與現在相差極大。這一時期，塔裏木河、孔雀河等河流水源充足，孔雀河與樓蘭古城平行且隻有22公裏左右，若是樓蘭城缺水，完全可以引孔雀河水入城。樓蘭古城消失的真正原因是，樓蘭處於絲綢之路的要衝，為兵家必爭之地。戰爭導致大片森林被砍伐，同時因地理位置優越，人口的增加使屯田開荒需要大量燒荒，手工作坊、民用炊火都要砍伐大量的林木。過度的采伐使自然環境遭到嚴重的破壞，致使水土流失淤積河道、湖泊，河床抬高、湖深淤淺。而樓蘭古城建在高地平台上部，城外被水環繞。樓蘭城的毀滅可能是當時某一段時期裏羅布泊抬升湖水，導致水位上漲，向西蔓延樓蘭城，同時樓蘭城及周邊地殼下沉，孔雀河與塔裏木河等河流下遊注入到樓蘭城致使樓蘭古城毀滅。
不管是何種原因導致繁華一時的樓蘭古城成為沙漠中的廢墟，不可逆轉的現實是，輝煌的樓蘭古城永遠地從曆史舞台上消失了。漫漫黃沙遮蓋了昔日綠洲上的城市，人們隻能從那殘存的遺跡中，追憶那流傳千古不絕於世的神奇傳說，魂牽夢縈那沉睡千年的驚世容顏……
死亡之海中的"東方龐貝"
在被人們稱之為"死亡之海"的塔克拉瑪幹沙漠腹地有大片古老王國的遺址，據史書記載，在西漢時期這裏一共大大小小林立著36個王國，其中在尼雅地區就有一個非常著名的國家。《漢書?西域傳》曾這樣記載：這裏離長安有八千八百二十裏，住著四百八十戶人家，養著士兵五百人，這就是西域三十六國之一的精絕國。這個遙遠的精絕，有官有民，有兵有將，儼然是絲綢之路上機構完整的要塞。但是到了公元4世紀左右這個國家突然神秘地消失在了曆史的塵埃當中，它究竟是一個什麼樣的國家，又為什麼會神秘地消失，在西方世界人們為什麼會把它稱之為是東方的龐貝呢？
2000年來，精絕國掩埋在茫茫沙海中，它的輝煌和廢棄一直是縈繞在人們心頭的未解之謎。
大漠掩蓋的諸多謎團
1901年，被譽為偉大的考古學家、探險家，同時也是絲綢之路上的盜賊和魔鬼的匈牙利裔英國人斯坦因在英國政府的資助下，對新疆地區開始了全麵的考察活動，在發現了深埋地下的於闐古國國都，並掠走大量文物後，他來到了小縣城尼雅。本想做些必要的修整，然而就在回來的第一天，他無意中發現，一位磨坊主人藏有帶字的木板，具有深厚文字功底的他一眼就辨認出木板上的字是失傳已久的印度孔雀王朝時代的古文字--佉盧文。