令人不解的是，“阿波丸”一到東南亞就進入嚴格保密狀態。隻有在夜色降臨時，在日本憲兵監視下，才把貨物運到船艙裏。滿載著神秘貨物和眾多乘客，3月28日，“阿波丸”離開新加坡，踏上回國的航程。
4月1日23時，“皇後魚”號潛艇發動攻擊，3分鍾後“阿波丸”沉沒。據惟一的幸存者下田勘一郎回憶，當晚三菱銀行分行經理的夫人平安生下一個女嬰，這個嬰兒竟成了“阿波丸”最小的遇難者。據介紹，攻擊之後有很多日本人浮上水麵，但他們拒絕美國潛水艇援救，與船偕亡。
2008人從此沉入深深的海底，裏麵有罪行累累的戰犯，有高級專業技術人員，還有老人、婦女和嬰兒。太平洋發生了曆史上最大的海難！
D沉船引來風波！
對於這次攻擊，在美軍軍事法庭上，拉福林辯解說：當時由於濃霧籠罩，能見度幾乎為零，據聲呐顯示的信號判斷，這是一艘軍艦。此外，9個小時前“海狐”剛攻擊過敵運輸船，因此以為是日軍要進行報複。
日方則認為，“阿波丸”是按照規定路線行駛的，這是一次蓄意的攻擊行為，應該賠償日方一切損失。
最後，美國政府承認對擊沉“阿波丸”負有責任。對於賠償問題，美國政府希望在戰爭結束後以戰勝國身份再解決，以取得更多主動權。
1945年4月，美軍開始衝繩島戰役，日本南大門被打開。8月10日，也就是日本宣布無條件投降的前5天，日本政府向美國提出索賠要求：賠償現金72萬美元，向日本賠償同類船隻以替代“阿波丸”。在討價還價聲裏，隨著yuanzidan一聲巨響，二戰結束。8月15日，日本宣布無條件投降。
戰敗的日本經濟處於崩潰邊緣。然而1949年4月14日，日本首相吉田茂卻代表日本政府在協議書上簽字，宣布正式放棄因“阿波丸”被擊沉而產生的各項要求。
日方不但放棄了索賠權利，並自己出錢撫恤死難者家屬。拉福林則因“阿波丸”違約裝載戰略物資而免予起訴，後來他成為海軍司令。
“阿波丸”事件中惟一的幸存者下田勘一郎，始終對那天夜裏所發生的真相保持沉默。
關於“阿波丸”事件的調查，從此很少被雙方提起，而民間探求“阿波丸”之謎的呼聲卻從未停止過。“阿波丸”是如何沉沒的？它究竟裝載了什麼？日方為什麼突然宣布放棄索賠要求？謎底或許就在牛山島附近幾十米深的藍色水下。
E巨輪沉沒之謎！
1945年4月1日午夜，作為一艘有盟軍安全保障的日本萬噸巨輪，有什麼理由在這片漆黑而危險的海域全速行駛呢？
按照日美雙方約定，“阿波丸”的圖紙已事先通報給了美軍，而且“阿波丸”當時打開了夜航燈，拉福林有什麼理由判斷它是一艘即將發動攻擊的日本軍艦呢？
拉福林的報告提到，攻擊“阿波丸”的魚雷是從艇尾的魚雷發射管發射的，這意味著如果“皇後魚”號從後麵追趕“阿波丸”的話，需要掉轉艇身才能攻擊，這合乎邏輯嗎？“皇後魚”號潛艇是二戰期間美軍群狼戰術中最凶猛的頭狼。以它多次作戰的豐富經驗，怎麼會發生判斷上的失誤呢？
“阿波丸”事件，遠沒有文件上看起來那麼簡單。讓我們再次回到1945年4月1日的午夜。
“阿波丸”上，濱田船長向盟軍彙報航程。客艙裏，大家正在為新生嬰兒慶祝，忙碌一天的廚師下田勘一郎走到甲板上想透口氣。就在這時，攻擊發生了。據他回憶：“阿波丸”一離開新加坡，就有美軍飛機低空飛行，第二天美軍潛艇開始跟蹤。
如果他的話屬實，拉福林的解釋不足以令人信服。
二戰期間，美軍潛艇執行任務都是由情報部門統一提供情報，艦長獨立指揮。1945年3月10日，“皇後魚”號和僚艇“海狐”號執行前往台灣海峽的攻擊巡邏任務。然而半個月裏它沒有攻擊任何船隻，直到4月1日，“海狐”號在牛山海域攻擊了一艘日本運輸船隻。隨後，“皇後魚”號潛艇對“阿波丸”進行攻擊。難道這一切都是巧合嗎？
F實施自殺爆炸？
在上一次航行中，“阿波丸”曾被美軍潛艇魚雷擊中前艙，依然帶傷完成任務。但這一次，4顆魚雷令它在短短3分鍾內沉沒，巨大的差異令人懷疑。
日本原陸軍中將稻田正純是當時負責“阿波丸”在東南亞地區運送貨物和乘客的最高長官。1973年3月，他提供了一個重要線索：“阿波丸”從日本駛往新加坡時，可能配備了自爆裝置！如果他的說法可信，那麼“阿波丸”沉沒極可能是自爆行為。為這一說法提供旁證的是拉福林報告中對於落水者拒絕營救的描述。如果不是為了掩藏不可告人的秘密，他們又為什麼拒絕美軍營救呢？