殷仲堪緊急向楊全期求援，楊全期稱沒有軍糧。殷仲堪謊稱”江陵軍糧充裕，騙得楊全期人馬前來助戰。可是，江陵根本沒有糧食，襄陽的人馬隻能勉強喝上稀粥，這樣就無戰鬥力可言。楊全期認為無糧隻能速戰，便主動向桓玄發起進攻。結果招致兵敗被殺，首級被割下在京師相傳示眾。殷仲堪城中也已無糧，獲悉楊全期敗亡，他連夜棄城而逃，直奔長安方向，路途中為桓玄軍擒獲，桓玄逼令他自殺。
司馬元顯見桓玄相繼擊滅楊全期和殷仲堪，越發感到形勢緊迫，抓緊招兵買馬，下令征發江東免奴者當兵，是為樂屬軍。農民不願人伍，其中的孫恩便集聚百餘人逃到海島上，決心為他們的道首孫泰報仇。隆安三年099〉十月，樂屬軍發生騷亂，孫恩乘機登岸，向會稽城發起攻擊。刺史王凝之，本是大書法家王羲之的兒子，但他也信奉天師道，亂民打來，他還在密室中念咒叩拜神仙，聲稱要請天兵天將。結果孫恩等輕易地攻陷會稽，王凝之身首異處。
孫恩聲勢大振，十數天內，三吳亂民群起響應，東晉地方官紛紛棄城而逃，孫恩的部眾已達數十萬人，他被推舉為征東將軍，率眾直指京師建康，東晉政權已是危在旦夕。司馬元顯宣布全城戒嚴，並命令謝琰和劉牢之領兵平亂。旬日之內，謝琰收複了吳興和吳郡，劉牢之攻過錢塘江，收複了會稽。孫恩的人馬所剩無幾，再次退回了海島。劉牢之則縱兵大殺大搶，鬧得錢塘江一帶十室九空，幾乎見不到人的蹤跡。朝廷見此情景，即委派謝琰為會稽太守。認為由他鎮守在此，可無東顧之憂。可是，謝琰不修武備，自持甚高。副將勸他：“謝大人，當加固城防，派人在海邊設哨，提防孫恩登陸。”
謝琰不以為然：“區區孫恩幾個毛賊，已經落荒到海島，焉敢登岸再戰。他如來，本官正好把他全殲。漫說他不多潰兵，苻堅百萬大軍，不還是在淝水被本官殺得大敗虧輸。”
隆安四年（奶))五月，孫恩探得謝琰無備，大清早率軍登岸，輕裝疾進到了城下。城內官軍尚未吃早餐，謝琰故作鎮靜，下令先殺賊後用飯。他即領兵出戰，結果兵敗被殺。錄尚書事司馬元顯，下令讓劉牢之再度出山，剿滅賊寇。劉牢之已是沒有出戰之心，他派副將劉裕領兵出征。劉裕勇猛善戰，連戰連捷，孫恩節節敗退，再次逃到荒島之上。此番劉裕在海邊設防，不許陸島接觸，斷絕了海島上的食品藥品供應。沒有給養，又值海上瘟疫流行，孫恩部下得不到治療，病死大半。無奈之下，孫恩硬著頭皮，於元興元年（々()三月強行登岸作戰，嚴陣以待的劉裕正好殺個痛快。孫恩大敗，部下死傷殆盡，他受傷後投水自殺。下餘少數殘兵，由他的妹夫盧循帶領得以潰逃。
剿滅了孫恩之後的司馬元顯，深深感受到桓玄的威脅迫在眉睫。恰好張德順感到在桓玄處不被重用，而又改投司馬元顯謀取差事。司馬元顯便問計於他：“張先生，桓玄擁兵狂妄，當如何將其平滅？”
“尚書大人，桓玄剛剛奪得荊州，境內所轄民眾不服，正忙於安撫人心。如果乘此機會，以劉牢之為先鋒，你親率大軍繼後，定可打敗桓玄，取回江陵。”張德順條理清晰地分析道。
司馬元顯深以為然，於是在元興元年（恥)正月，以皇帝名義發布詔書，列數桓玄的罪狀，任司馬元顯為大都督，劉牢之為先鋒，司馬尚之為後衛，組建起征討軍，向荊州發起進攻。
桓玄聞報大驚，急忙囤積糧草，修繕城池，忙得手忙腳亂，仍然心中沒底，唯恐守衛有失。
長史卞範之卻不以為然：“大將軍自從滅掉殷仲堪以來，遠近無不懼懾大人的威名。司馬元顯不過乳臭未幹的毛孩子，他殺王恭，不過是誘降劉牢之而獲勝，他本人沒有任何本事。大將軍若在荊州坐等司馬元顯的進攻，實為下下之策，莫如主動進攻，攻打建康，則司馬元顯土崩瓦解之勢可待。又何必苦等敵軍人境，而自取其困呢。”
桓玄如茅塞頓開，立即照辦，留下其兄桓偉留守江陵，同時向國內廣發檄文，曆數司馬元顯的眾多罪行，然後統領大軍東下。