林毅進城之後，鄭芝龍早就把他的皇宮給林毅騰出來了。林毅搬到裏麵辦公。
接下來，林毅交給鄭芝龍一項特殊的任務。
這時有人把劉國軒從福寧監獄押過來了。鄭芝龍，鄭成功，鄭鴻逵攔住囚車見到了劉國軒，劉國軒愕然……
未幾劉國軒光著膀子，跪倒在林毅麵前負荊請罪。
林毅哈哈大笑把他拉了起來，“本臨國也赦免你無罪，破格加封你為福州總兵之職。願你能夠摒棄前嫌，再立新功。”
劉國軒幾乎不敢相信自己的耳朵，然後感激涕零，跪倒在地，磕頭不止，半句話也說不出來了……
數日之後，鄭芝龍帶著他的老婆孩子，一家人等到南安府上任，做起了名副其實的南安王。他櫻花國的妻子田川氏，得報後帶著鄭芝龍的母親丫鬟婆子等等一大家子高高興興地到南安府外迎接。
鄭成功帶著田川真紀子，和鄭鴻逵，鄭芝莞等人也來送行，一家人團聚了。
隻是經過這一次突變，鄭芝龍的身體染上了難以治愈的疾病，此後大部分時間都在南安養病，一直到數年之後壽終正寢。
鄭成功，鄭鴻逵等人送走了鄭芝龍之後，返回福州繼續勤王王。
現在福州當然也不稱福京了，林毅仍然把她改成福州。
隻是鄭芝龍修建的這座皇宮規模及豪華雖然比不上燕京、南京，但跟李自成和張獻忠的西京還有一比的，住在這裏也覺得舒適和新鮮。
接下來開始出榜安民，將鄭家在福州的財產充公清算，連南軍的其他戰利品，統一入庫，然後再分配。
城內城外的數萬南軍，也都接受了改編，根據自願原則，願意當兵的，繼續留下吃糧當兵，那些被搶抓過來的不願意當兵的就地遣散，讓他們回鄉。留下的願意這些當兵的南軍兵將，然後進行再挑選，合格者統一發給大明的軍裝和刀槍，從今以後他們就是大明朝的正式軍人了，糧餉按規定照發。
那些不合格的兵將就地遣散，勸其回鄉。
鄭芝龍手下的那些所謂的文武百官，雖然沒有治他們的罪，當然也不可能讓他們全都官複原職了，這些人登記造冊，先在原衙門待命，等大明京師內閣那邊委派官員走馬上任後，統一整頓吏治，再決定其任免去留。
這些南軍將士和官員真是沒想到如此便宜，不管是被遣散的，還是留下來接受改編成明軍的，都覺得撿了天大的便宜，要知道造反是抄家滅門之罪，砍腦袋坐大牢是最輕的。現在全都既往不咎了，無論是繼續留下吃糧當兵還是遣散還鄉，這簡直就是天大的便宜！
因此數萬南軍將士，包括文武百官在內，無不感念這位大明臨國龍恩浩蕩。
福建周圍80萬明軍，加上收編的南軍將士，在這一帶勤王的將近百萬大軍。
至此，鄭芝龍建立的大南帝國徹底消亡了。消息傳到了大明的京師燕京和陪都南京，轟動朝卻。
燕京內閣六部的官員，無不整冠抖袍望福建方向頂禮膜拜，包括太子朱糍良等人在內。
鄭芝龍投降了，南疆也平定了，數年之前還是內憂外患，千瘡百孔，瀕臨滅亡的大明朝，現在又成了一個生機勃發、朝廷統一行使主權的天朝大國。疆域之遼闊、萬民之頌揚完全可以與太祖和成祖時期相提並論。
沉舟側畔千帆過，病樹前頭萬木春！
短短的幾年如此豐功偉績，誰人能與之比肩？恐怕太祖在世、成祖重生也會自歎弗如的。
京師的內閣高宏圖等人暗中已經開始策劃，為監國大人林毅張羅登坐殿之事了。他們認為，監國班師凱旋之後，此事必然提上日程，早作運籌，早做打算為上……
鄭芝龍之事完了，但是林毅知道，鄭芝龍雖然投降了，戰爭並沒有結束。
接下來他開始厲兵秣馬，運籌驅逐台灣紅毛子收複寶島的戰事。這些紅毛子這些年賴在台灣不走，奴役當地的人民，壞事做絕，喪盡天良，扶殖朝廷反動勢力對抗大明朝廷，所犯罪行罄竹難書，是該跟他們清算一下的時候了。